Copa del Emperador de 1998

• Omiya Ardija 1–0 TDK
• Mitsubishi Nagasaki SC 0–4 Universidad de Chuo
• FC Primeiro 1–0 Escuela secundaria de Yamagata de la Universidad de Nihon
• Escuela secundaria Gifu Kogyo 1–2 Escuela secundaria Kagoshima Jitsugyo
• Kawasoe Club 0–6 Ventforet Kofu
• Nippon Steel Corporation Oita FC 1–3 Universidad Doto
• Universidad de Juntendo 0–1 Otsuka Pharmaceuticals
• Club Sanwa 1–4 Escuela Secundaria Municipal de Tokushima
• Fábrica eléctrica Matsushita FC 0–5 Denso
• Escuela Secundaria Maebashi Ikuei 0–7 Universidad de Tsukuba
• Universidad de Chukyo 1–4 Gas de Tokio
• Universidad de Tokai 0-0 (PK 3-0) Teihens FC
• Kagawa Shiun Club 1–9 Kawasaki Frontale
• Niigata Shukyu-Kai 0–2 YKK AP SC
• Astros de Nirasaki 2-3 Brummell Sendai
• Universidad Tokuyama 2–4 ​​Universidad de Kansai
• Universidad Kwansei Gakuin 3–2 Universidad Shizuoka Sangyo
• Teijin SC 0–6 Universidad Kokushikan
• Iwami FC 1–9 Montedio Yamagata
• Universidad Meiji 5-0 Nippon Steel Corporation Kamaishi FC
• Universidad Tenri 2–3 Honda
• Escuela Secundaria Hosho 4–1 Ueda Gentian
• Koga Club 0–9 Oita Trinita
• Universidad Kyushu Sangyo 1–2 Universidad Ritsumeikan
• Kyoiku Kenkyusha 0–4 Albirex Niigata
• Universidad Hannan 3–2 Escuela Secundaria Hatsushiba Hashimoto
• Gainare Tottori 0–3 Sagan Tosu
• Tochigi SC 3–2 Escuela Secundaria Kumamoto Ohzu
• Universidad de Fukuyama 2–2 (PK 4–3) Profesores de Fukui
• Sony Sendai 2–1 Aster Aomori
• Mito HollyHock 4–2 Mitsubishi Motors Mizushima
• Himawari Leche Nangoku SC 2–7 Universidad Komazawa

• Omiya Ardija 2–0 Universidad de Chuo
• Consadole Sapporo 1–0 FC Primeiro
• Escuela secundaria Kagoshima Jitsugyo 0–7 Vissel Kobe
• Ventforet Kofu 6–1 Universidad de Doto
• Otsuka Pharmaceuticals, 4-2 Escuela Secundaria Municipal de Tokushima
• Denso 1–3 Universidad de Tsukuba
• Tokio Gas 2–0 Universidad Tokai
• Kawasaki Frontale 1–0 YKK AP SC
• Brummell Sendai 2–1 Universidad de Kansai
• Universidad Kwansei Gakuin 3–1 Universidad Kokushikan
• Montedio Yamagata 1–0 Universidad Meiji
• Honda FC 4-0 Escuela Secundaria Hosho
• Oita Trinita 2–1 Universidad Ritsumeikan
• Albirex Niigata 3–1 Universidad Hannan
• Sagan Tosu 4–0 Tochigi SC
• Kyoto Purple Sanga 9-0 Universidad de Fukuyama
• Sony Sendai 0–5 Avispa Fukuoka
• Mito HollyHock 4–3 Universidad de Komazawa

• Júbilo Iwata 2–0 Omiya Ardija
• Consadole Sapporo 2–1 Vissel Kobe
• Cerezo Osaka 4–6 Ventforet Kofu
• Yokohama Flügels 4–2 Productos farmacéuticos Otsuka
• Astas de Kashima 3–1 Universidad de Tsukuba
• Bellmare Hiratsuka 2–1 Tokio Gas
• Sanfrecce Hiroshima 2–1 Kawasaki Frontale
• Yokohama Marinos 0–1 Brummell Sendai
• Nagoya Grampus Ocho 3–1 Universidad Kwansei Gakuin
• Gamba Osaka 1–2 Montedio Yamagata
• JEF United Ichihara 0–2 Honda FC
• Verdy Kawasaki 1–0 Oita Trinità
• Diamantes rojos Urawa 4–1 Albirex Niigata
• Kashiwa Reysol 3–1 Sagan Tosu
• Sanga Púrpura de Kioto 2–3 Avispa Fukuoka
• Shimizu S-Pulse 5–0 Mito HollyHock

• Júbilo Iwata 3–2 Consadole Sapporo
• Ventforet Kofu 0–3 Yokohama Flügels
• Kashima Antlers 3-0 Bellmare Hiratsuka
• Sanfrecce Hiroshima 3–0 Brummell Sendai
• Nagoya Grampus Eight 3–2 Montedio Yamagata
• Honda FC 1–3 Verde Kawasaki
• Urawa Red Diamonds 3–1 Kashiwa Reysol
• Avispa Fukuoka 2–3 Shimizu S-Pulse

• Júbilo Iwata 1–2 Yokohama Flügels
• Kashima Antlers 2–1 Sanfrecce Hiroshima
• Nagoya Grampus Eight 2–1 Verdy Kawasaki
• Diamantes Rojos Urawa 0–1 Shimizu S-Pulse

• Yokohama Flügels 1–0 Kashima Antlers
• Nagoya Grampus Eight 1–2 Shimizu S-Pulse

• Yokohama Flügels 2–1 Shimizu S-Pulse

Yokohama Flügels ganó el campeonato.

Este fue el último partido del Flügels como club, ya que se fusionó con el Yokohama Marinos . Como resultado, el Shimizu ocupó su lugar en las siguientes competiciones de la Xerox Super Cup y la Recopa Asiática .