HERRAMIENTAS DE ADMINISTRACIÓN

ADMIXTOOLS (o AdmixTools ) es un paquete de software que se utiliza principalmente para analizar la mezcla genética en genética de poblaciones . La versión original fue desarrollada como un conjunto de programas C independientes por Nick Patterson y sus colegas y publicada en 2012. ^{[ 1 ] [ 2 ]} Una versión reimplementada, ADMIXTOOLS 2, fue desarrollada como un paquete R por Robert Maier y sus colegas y publicada en 2023. ^{[ 3 ] [ 4 ]}

La mayoría de los programas ADMIXTOOLS se basan en ajustar modelos demográficos a las estadísticas f , que se calculan a partir de las frecuencias alélicas de la población . ^{[ 5 ]}

qpGraph es un programa de software que forma parte del paquete de software ADMIXTOOLS ^{[ 2 ]} desarrollado por Patterson et al. (2012). qpGraph evalúa modelos basados ​​en grafos de relaciones poblacionales con mezcla genética . ^{[ 1 ]} Estima las probabilidades de grafos con una topología fija, ^{[ 6 ] [ 7 ]} mientras ajusta los parámetros del grafo para que se ajusten a las estadísticas f observadas. ^{[ 8 ]}

ADMIXTOOLS 2 añade funciones para encontrar topologías de grafos optimizadas, similares a programas como Treemix ^{[ 9 ]} y OrientAGraph. ^{[ 10 ]}

Las herramientas estadísticas relacionadas en el paquete de software ADMIXTOOLS incluyen qpAdm , ^{[ 11 ]} qpfst , qpF4ratio , qp3Pop , qpBound, qpDstat y qpWave . ^{[ 12 ]} qpDstat y qpWave prueban si las poblaciones forman clados , mientras que qpAdm estima las proporciones de ascendencia. ^{[ 4 ]} qpAdm se usa a menudo junto con CP/NNLS . ^{[ 13 ] [ 14 ]}

• SplitsTree
• Dendroscopio
• Lista de software filogenético

• AdmixTools en GitHub
• AdmixTools 2 en GitHub
• Paquete de software qpGraph en Bioconductor 3.8. doi : 10.18129/B9.bioc.qpgraph
• admixr – Paquete de R para análisis reproducibles mediante ADMIXTOOLS