AMR (paquete R)

AMR es un paquete gratuito y de código abierto para el lenguaje de programación R , diseñado para simplificar el análisis de datos de resistencia a los antimicrobianos (RAM).

Su objetivo ha sido proporcionar un estándar para el análisis de datos de RAM limpios y reproducibles, lo que permite la vigilancia y la evaluación de tratamientos tanto en entornos clínicos como de investigación. Desde su primera publicación en CRAN a principios de 2018, el paquete se ha descargado en más de 175 países, según los registros de descargas de CRAN . ^{[ 1 ]} Se ha adoptado en entornos de microbiología clínica, veterinaria y ambiental en todo el mundo. ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]}

Los estudios que han empleado el paquete incluyen la vigilancia nacional de infecciones del torrente sanguíneo pediátricas, ^{[ 3 ]} el análisis de la carga de RAM en toda la población, ^{[ 4 ]} la vigilancia de SARM en animales de compañía en prácticas veterinarias, ^{[ 5 ]} la detección de genes de resistencia ambiental en productos frescos, ^{[ 6 ]} y una perspectiva sobre las herramientas de vigilancia clínica de la RAM. ^{[ 7 ]}

El paquete se desarrolló inicialmente en la Universidad de Groningen y el Centro Médico Universitario de Groningen (UMCG), en los Países Bajos. ^{[ 8 ] [ 1 ]}

El trabajo se publicó como artículo revisado por pares en el Journal of Statistical Software y constituyó la base de dos tesis doctorales en la Universidad de Groningen. ^{[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]} Según CRAN , el paquete no tiene dependencias externas y es compatible con versiones de R desde R-3.0 (abril de 2013) en adelante. ^{[ 2 ]}

La resistencia a los antimicrobianos es reconocida por la Organización Mundial de la Salud como una de las principales amenazas para la salud pública a nivel mundial. Los laboratorios realizan pruebas rutinarias a los microorganismos para detectar la resistencia a los agentes antimicrobianos, y los datos resultantes deben notificarse y analizarse en diversos niveles, desde hospitales locales hasta redes de vigilancia internacionales. A pesar de la existencia de estándares internacionales para las pruebas y la notificación, antes del paquete de medidas contra la resistencia a los antimicrobianos, existía una falta de herramientas estandarizadas de código abierto para procesar y analizar estos datos de manera reproducible. Los datos de los sistemas de información de laboratorio a menudo requieren una limpieza y validación sustanciales antes del análisis, y una interpretación significativa depende de datos de referencia actualizados, como la taxonomía microbiana y las directrices de puntos de corte clínicos. ^{[ 8 ]}

El paquete AMR se desarrolló para cerrar esta brecha, proporcionando un conjunto de herramientas integradas que incorpora directrices internacionales relevantes y datos de referencia directamente en el flujo de trabajo de análisis. ^{[ 8 ]}

El paquete ofrece herramientas para varias tareas centrales en el análisis de datos de AMR. ^{[ 8 ] [ 2 ]}

Incluye una base de datos taxonómica integrada de especies microbianas, que se basa en fuentes como la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN), el Sistema Mundial de Información sobre la Biodiversidad (GBIF) y MycoBank , lo que permite a los usuarios buscar y estandarizar nombres y propiedades de microorganismos. ^{[ 8 ]}

Se incluye un conjunto de datos completo de agentes antimicrobianos y antivirales, vinculado a sistemas de codificación internacionales como la clasificación ATC , EARS-Net , PubChem , LOINC y SNOMED CT . ^{[ 2 ]}

Las directrices de puntos de corte clínicos del Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio (CLSI) y del Comité Europeo de Pruebas de Sensibilidad Antimicrobiana (EUCAST) están integradas, abarcando varios años de directrices publicadas e incluyendo puntos de corte veterinarios y valores de corte epidemiológicos. Esto permite interpretar las mediciones de laboratorio brutas, como los valores de concentración mínima inhibitoria y los diámetros de difusión en disco, en categorías de sensibilidad estandarizadas. ^{[ 8 ]}

Las funciones adicionales permiten determinar los primeros aislamientos por paciente, generar antibiogramas (incluido WISCA ), identificar organismos multirresistentes y calcular y visualizar las proporciones de resistencia. El paquete puede importar datos en cualquier formato, incluidas las exportaciones del software WHONET de la OMS . ^{[ 8 ] [ 1 ]}

Todos los conjuntos de datos de referencia están disponibles para su descarga gratuita en múltiples formatos, incluidos Microsoft Excel , Apache Parquet , SPSS , Stata y texto plano, lo que los hace accesibles también a usuarios fuera del ecosistema R. ^{[ 2 ]}

AMR introduce varios tipos de datos nuevos (denominados clases S3) en R, que incluyen mo(códigos de microorganismos), ab(códigos de fármacos antimicrobianos), sir(resultados de interpretación de susceptibilidad), mic(concentraciones mínimas inhibitorias) y disk(diámetros de difusión en disco). Estas clases admiten validación, coerción inteligente e integración con flujos de trabajo comunes de R. ^{[ 8 ]}

También está disponible un envoltorio de Python que ejecuta el paquete AMR de R de forma nativa en Python . El paquete de Python sigue la misma numeración de versiones y se compila automáticamente junto con el paquete de R. ^{[ 1 ]}

El paquete AMR está licenciado bajo la Licencia Pública General GNU v2.0 (GPL-2). ^{[ 2 ]}

• R (lenguaje de programación)
• Resistencia antimicrobiana
• Comité Europeo de Pruebas de Sensibilidad Antimicrobiana
• Instituto de Normas Clínicas y de Laboratorio

• Sitio web oficial
• AMR en GitHub
• AMR en CRAN