AceDB

AceDB es una base de datos biológica para el manejo de datos genómicos. Fue desarrollada por Richard M. Durbin y Jean Thierry-Mieg en 1989. ^{[ 1 ]} AceDB significa base de datos de C. elegans . Aunque AceDB se creó inicialmente como una base de datos específica para el nematodo, también ha llegado a referirse al software de la base de datos en sí, que se ha utilizado para almacenar información de otras especies. Según su sitio web, AceDB proporciona un núcleo de base de datos personalizado con un modelo de datos no estándar diseñado con flexibilidad en mente. Por ejemplo, existe una instancia de AceDB para el organismo Pristionchus pacificus llamada AppaDB. ^{[ 2 ]} Gran parte de la funcionalidad de AceDB para C. elegans se ha puesto a disposición a través de la base de datos WormBase . ^{[ 3 ]}

Características incluidas:

una interfaz gráfica de usuario con muchas pantallas y herramientas específicas para datos genómicos
software de código abierto
Paquete que implementa una interfaz de navegador web simple que permite acceder a la base de datos desde cualquier lugar.
Se integra fácilmente con Perl, Java y CORBA.
Herramientas para el análisis comparativo del genoma, incluyendo The Oxford Grid, The Pairwise Chromosome Map, The One-to-Many Chromosome Map, The Species Grid y Translocation Grid.
capacidad integrada para manejar datos filogenéticos
Se conecta fácilmente con aplicaciones externas.
Desarrollado para ejecutarse bajo el sistema operativo Unix, utilizando X-Windows para gráficos, con una copia local de los archivos de la base de datos.

El desarrollo de AceDB parece haberse detenido, ya que la interfaz sigue utilizando tecnología antigua y muchos de los sitios que la utilizaban originalmente se han actualizado a software más reciente.

Referencias

↑ Eeckman FH, Durbin R (1995). "ACeDB y macaco". Methods Cell Biol . 48 : 583–605 . doi : 10.1016/s0091-679x(08)61405-3 . PMID 8531744 .
^ Srinivasan J, Otto GW, Kahlow U, Geisler R, Sommer RJ (enero de 2004). "AppaDB: una base de datos AcedB para el organismo satélite nematodo Pristionchus pacificus" . Ácidos nucleicos Res . 32 (Problema de la base de datos): D421–2. doi : 10.1093/nar/gkh057 . PMC 308791 . PMID 14681447 .
↑ Stein L, Sternberg P, Durbin R, Thierry-Mieg J, Spieth J (enero de 2001). "WormBase: acceso en red al genoma y la biología de Caenorhabditis elegans" . Nucleic Acids Res . 29 (1): 82–6 . doi : 10.1093 / nar/29.1.82 . PMC 29781. PMID 11125056 .

Enlaces externos

https://www.sanger.ac.uk/science/tools/acedb (versión histórica)
https://github.com/ncbi/AceView (código actual)

[pmid8531744-1] Eeckman FH, Durbin R (1995). "ACeDB y macaco". Methods Cell Biol . 48 : 583–605 . doi : 10.1016/s0091-679x(08)61405-3 . PMID 8531744 .

[pmid14681447-2] Srinivasan J, Otto GW, Kahlow U, Geisler R, Sommer RJ (enero de 2004). "AppaDB: una base de datos AcedB para el organismo satélite nematodo Pristionchus pacificus" . Ácidos nucleicos Res . 32 (Problema de la base de datos): D421–2. doi : 10.1093/nar/gkh057 . PMC 308791 . PMID 14681447 .

[pmid11125056-3] Stein L, Sternberg P, Durbin R, Thierry-Mieg J, Spieth J (enero de 2001). "WormBase: acceso en red al genoma y la biología de Caenorhabditis elegans" . Nucleic Acids Res . 29 (1): 82–6 . doi : 10.1093 / nar/29.1.82 . PMC 29781. PMID 11125056 .

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