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Acrydite es un fosforamidito que permite la síntesis de oligonucleótidos con un grupo metacrilato en el extremo 5' (menos comúnmente en el 3' o interno). Se han probado oligonucleótidos de acrilato, pero el grupo acrilo no es estable durante el almacenamiento. Los oligonucleótidos modificados con Acrydite pueden reaccionar con nucleófilos como los tioles ( química de adición de Michael ), lo que constituye la base de la química ez-rays que se utilizó para microarrays . Más importante aún, los oligonucleótidos modificados con Acrydite pueden incorporarse, estequiométricamente, en hidrogeles como la poliacrilamida , utilizando la química estándar de polimerización por radicales libres , donde el doble enlace en el grupo Acrydite reacciona con otros compuestos que contienen dobles enlaces activados , como la acrilamida .
Historia
La idea del ADN modificado con acrilamida fue desarrollada por T. Christian Boles mientras trabajaba en Mosaic Technologies, una empresa de biotecnología ya desaparecida ubicada en Waltham, Massachusetts. La propiedad intelectual, junto con una tecnología de microarrays ("ez-rays"), fue licenciada a Matrix Technologies, de Hudson, Nuevo Hampshire, que ahora forma parte de Thermo Scientific. Los oligonucleótidos modificados con acrilamida se pueden obtener de proveedores como Integrated DNA Technologies (IDT).
Hybrigel
El primer uso de Acrydite fue en una tecnología llamada Hybrigel. [ 1 ] En Hybrigel, los oligos modificados con Acrydite se incorporan a un sistema estándar de gel de poliacrilamida; a medida que el ácido nucleico monocatenario complementario pasa por los oligos de Acrydite inmovilizados, el ADN complementario queda capturado. La tecnología tipo Hybrigel se utiliza ampliamente como sistema de purificación de ADN, como en una tecnología de secuenciación de ADN desarrollada en Berkeley. [ 2 ] La tecnología Acrydite también puede utilizarse para purificar ADN, como en la prueba Pre-gen para el cáncer de colon [ 3 ] desarrollada por Exact Sciences.
Polonias
Mitra y Church en la Facultad de Medicina de Harvard [ 4 ] desarrollaron una nueva tecnología de secuenciación de ADN basada en sondas modificadas con Acrydite; esta tecnología es utilizada por Agencourt.
Acrydita y PCR
Sorprendentemente, el grupo Acrydite sobrevive a la PCR , por lo que se pueden preparar productos de PCR modificados con Acrydite y utilizarlos como oligonucleótidos. Sin embargo, como suele ocurrir con polímeros más largos que la longitud de persistencia , el acoplamiento de los productos de PCR modificados con Acrydite es ineficiente, ya que los extremos de las moléculas no son accesibles.
Acridita y proteína
Los oligonucleótidos modificados con acrilato se han utilizado para estudiar las interacciones proteína-ADN [ 5 ].
Polímeros de impronta molecular funcionalizados con acridita y aptámeros
Los aptámeros modificados con acridita (y también los aptámeros que contienen modificaciones internas de acrilamida) se han utilizado para fabricar AptaMIPs, polímeros de impresión molecular que emplean aptámeros polimerizables como monómeros para la impresión. Los AptaMIPs muestran propiedades de unión al objetivo mejoradas en comparación con los MIPs tradicionales. [ 6 ]
Acrydita y computación de ADN
Los experimentos de Braich et al. que resuelven el problema de satisfacibilidad han demostrado que Acrydite puede utilizarse en computación de ADN para implementar la operación de extracción. [ 7 ] [ 8 ] Anteriormente, se utilizó un sistema de perlas magnéticas de biotina-avidina para este propósito.
Referencias
- ↑ BioTechniques. 1998 Sep;25(3):516-21. Tipificación de mutaciones mediante electroforesis y sondas Acrydite inmovilizadas en gel. Kenney M, Ray S, Boles TC.
- ↑ Proc Natl Acad Sci USA 2006 9 de mayo; 103(19): 7240–7245. Bioprocesador microfabricado para secuenciación de ADN Sanger integrada a escala de nanolitros
- ↑ Flagship Ventures Archivado el 17 de octubre de 2006 en Wayback Machine
- ↑ Nucleic Acids Res. 15 de diciembre de 1999;27(24):e34.Amplificación localizada in situ y replicación por contacto de muchas moléculas de ADN individuales. Mitra RD, Church GM.
- ↑ BioTechniques. 2002 Abr;32(4):808-10, 812, 814-5. Captura de complejos unidos al ADN mediante acrilamida: purificación electroforética de factores de transcripción.
- ↑ Poma, Alessandro; Brahmbhatt, Heli; Pendergraff, Hannah M.; Watts, Jonathan K.; Turner, Nicholas W. (2015). "Generación de nanopartículas poliméricas híbridas novedosas con aptámeros e impronta molecular". Advanced Materials . 27 (4): 750– 758. Bibcode : 2015AdM....27..750P . doi : 10.1002/adma.201404235 . hdl : 2086/16991 . PMID 25413444 . S2CID 27785428 .
- ↑ Ravinderjit S. Braich; et al. (2001). "Solución de un problema de satisfacibilidad en una computadora de ADN basada en gel" (PDF) . Computación de ADN . Notas de clase en ciencias de la computación. Vol. 2054. págs. 27–42 . doi : 10.1007/3-540-44992-2_3 . ISBN 978-3-540-42076-7. Archivado del original (PDF) el 05-12-2006 . Consultado el 28-03-2006 .
- ↑ Ravinderjit S. Braich; et al. (2002). "Solución de un problema 3-SAT de 20 variables en una computadora de ADN" . Science . 296 ( 5567): 499– 502. Bibcode : 2002Sci...296..499B . CiteSeerX 10.1.1.69.7051 . doi : 10.1126/science.1069528 . PMID 11896237. S2CID 94262 .
- Carboxamidas
- Organofosfatos
