En química y aprendizaje automático , el dominio de aplicabilidad (DA) de un modelo de relación cuantitativa estructura-actividad (QSAR) define los límites dentro de los cuales se consideran fiables las predicciones del modelo. Representa el espacio químico, estructural o biológico cubierto por los datos de entrenamiento utilizados para construir el modelo. En esencia, el DA tiene como objetivo determinar si un nuevo compuesto se encuentra dentro del ámbito de aplicabilidad del modelo, asegurando que se cumplan los supuestos subyacentes del mismo. Las predicciones para compuestos dentro del DA generalmente se consideran más fiables que las que se encuentran fuera, ya que el modelo es válido principalmente para la interpolación dentro del espacio de datos de entrenamiento, en lugar de la extrapolación . Por ejemplo, el documento de orientación de la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económicos (OCDE) sobre la validación de modelos (Q)SAR establece que, para tener un modelo (Q)SAR válido para fines regulatorios, el dominio de aplicabilidad debe estar claramente definido. [ 1 ]
Algoritmos
Aunque no existe un único algoritmo universalmente aceptado para definir el dominio de aplicabilidad, se emplean varios métodos comúnmente para caracterizar el espacio de interpolación. [ 2 ] [ 3 ] Los métodos geométricos y basados en rangos, como la caja delimitadora y la envoltura convexa, los métodos basados en distancias, como la distancia euclidiana o de Mahalanobis, y las estrategias basadas en la distribución de densidad de probabilidad se utilizan comúnmente en tareas de quimioinformática. [ 4 ] Otro enfoque sistemático se centra en definir regiones de interpolación eliminando valores atípicos y utilizando un método de muestreo ponderado por núcleo para estimar la distribución de densidad de probabilidad. Para los modelos QSAR basados en regresión, una técnica ampliamente utilizada para evaluar el AD estructural se basa en valores de apalancamiento, calculados a partir de los elementos diagonales de la matriz sombrero de los descriptores moleculares. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Más recientemente, un estudio de evaluación comparativa riguroso sugirió que la desviación estándar de las predicciones del modelo ofrece el enfoque más fiable para la determinación del AD. [ 8 ] Para investigar la AD de un conjunto de entrenamiento de sustancias químicas, se pueden analizar directamente las propiedades del espacio de descriptores multivariados de los compuestos de entrenamiento o de forma más indirecta mediante métricas de distancia (o similitud de Tanimoto). Al utilizar métricas de distancia, se debe tener cuidado de utilizar un espacio vectorial ortogonal y significativo. Esto se puede lograr mediante diferentes métodos de selección de características y análisis sucesivo de componentes principales .
Aplicaciones más amplias
El concepto de dominio de aplicabilidad se ha expandido más allá de su uso tradicional en QSAR para convertirse en un principio general para evaluar la fiabilidad de los modelos en ámbitos como la nanotecnología, la ciencia de los materiales y la toxicología predictiva. En nanoinformática , la definición de dominio de aplicabilidad se utiliza en la predicción de propiedades y toxicidad de nanomateriales, ya que la escasez y la heterogeneidad de los datos requieren la definición de los límites del modelo. Por ejemplo, la evaluación del dominio de aplicabilidad en nano-QSAR ayuda a determinar si un nuevo nanomaterial diseñado es suficientemente similar a los del conjunto de entrenamiento como para justificar una predicción. [ 9 ]
Notas
- ↑ Documento de orientación sobre la validación de modelos de relación estructura-actividad (cuantitativos) [(Q)SAR] . Serie de la OCDE sobre pruebas y evaluación. OCDE. 3 de septiembre de 2014. doi : 10.1787/9789264085442-en . ISBN 978-92-64-08544-2.
- ↑ Netzeva T, Worth A, Aldenberg T, Benigni R, Cronin M, Gramatica P, Jaworska J, Kahn S, Klopman G, Marchant C, Myatt G, Nikolova-Jeliazkova N, Patlewicz G, Perkins R, Roberts D, Schultz T, Stanton D, van de Sandt J, Tong W, Veith G, Yang C: Estado actual de los métodos para definir el dominio de aplicabilidad de las relaciones estructura-actividad (cuantitativas). Altern Lab Anim 2005, 33: 1-19
- ↑ Jaworska J, Nikolova-Jeliazkova N, Aldenberg T: Estimación del dominio de aplicabilidad QSAR mediante la proyección del espacio de descriptores del conjunto de entrenamiento: una revisión. Altern Lab Anim 2005, 33(5):445-459
- ^ Sahigara, Faizán; Mansouri, Kamel; Ballabio, Davide; Mauri, Andrea; Consonni, Viviana; Todeschini, Roberto (25 de abril de 2012). "Comparación de diferentes enfoques para definir el dominio de aplicabilidad de los modelos QSAR" . Moléculas . 17 (5): 4791– 4810. doi : 10,3390/moléculas17054791 . PMC 6268288 . PMID 22534664 .
- ↑ Atkinson AC, Gráficos, transformaciones y regresión, Clarendon Press, Oxford, 1985, pág. 282
- ↑ Tropsha A, Gramatica P, Gombar VK, La importancia de la seriedad: la validación es fundamental para la aplicación e interpretación exitosas de los modelos QSPR. QSAR Comb.Sci. 2003, 22: 69-77
- ↑ Gramatica P, Principios de validación de modelos QSAR: QSAR interno y externo Comb.Sci. 2007, 26(5): 694-701
- ↑ Tetko IV, Sushko I, Pandey AK, Zhu H, Tropsha A, Papa E, Oberg T, Todeschini R, Fourches D, Varnek A. Evaluación crítica de modelos QSAR de toxicidad ambiental contra Tetrahymena pyriformis: enfoque en el dominio de aplicabilidad y sobreajuste por selección de variables. J Chem Inf Model. 2008 Sep;48(9):1733-46.
- ^ Yan, Xiliang; Yue, Tongtao; Winkler, David A.; Yin, Yongguang; Zhu, Hao; Jiang, Guibin; Yan, Bing (12 de julio de 2023). "Conversión de datos de nanotoxicidad en información mediante simulación e inteligencia artificial". Reseñas químicas . 123 (13): 8575– 8637. doi : 10.1021/acs.chemrev.3c00070 . PMID 37262026 .
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