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Matemáticas Aplicadas

Applied Maths NV, una empresa de bioMérieux con sede en Sint-Martens-Latem , Bélgica , es una empresa de bioinformática que desarrolla software para las biociencias. Historia Ap...

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Applied Maths NV, una empresa de bioMérieux con sede en Sint-Martens-Latem , Bélgica , es una empresa de bioinformática que desarrolla software para las biociencias.

Historia

Applied Maths se fundó en 1992 y obtuvo reconocimiento mundial con el software GelCompar, utilizado como herramienta estándar para la normalización y el análisis comparativo de patrones de electroforesis ( PFGE , AFLP , RAPD , REP-PCR y variantes, etc.). [ 1 ] [ 2 ]

GelCompar II se lanzó en 1998 para gestionar la creciente cantidad de información tras el éxito y la expansión de la electroforesis y otras técnicas de huella genética en diversos campos de aplicación en microbiología , virología y micología . Tras la introducción de los conceptos de taxonomía polifásica [ 3 ] y la creciente necesidad de combinar información genotípica , fenotípica , de electroforesis y de secuencias, Applied Maths lanzó en 1996 el paquete de software BIONUMERICS, que aún hoy es una plataforma para la gestión, el almacenamiento y el análisis (estadístico) de todo tipo de datos biológicos. [ 4 ] BIONUMERICS y GelCompar II son utilizados por varias redes en todo el mundo, como PulseNet y CaliciNet, para compartir e identificar información de cepas. [ 5 ] [ 6 ]

En enero de 2016, Applied Maths fue adquirida por bioMérieux . [ 7 ] En octubre de 2021, la empresa anunció la eliminación gradual de su software insignia BIONUMERICS para finales de 2024. Applied Maths se fusionó con bioMérieux en junio de 2023.

Productos

BIONUMERICS : BIONUMERICS es un paquete comercial de 4 configuraciones utilizado para el análisis de todas las aplicaciones principales en bioinformática (microbiana): geles de electroforesis 1D ,perfiles cromatográficos y espectrométricos , caracteres fenotípicos , microarrays , secuencias de ácidos nucleicos , secuencias de genoma completo , etc.

GelCompar II : GelCompar II es un conjunto de 5 módulos desarrollados para el análisis de patrones de huellas dactilares, que abarca la normalización, la importación a una base de datos relacional y el análisis comparativo. [ 8 ]

BNServer : BNServer es la plataforma web que generalmente se instala entre una base de datos centralizada y clientes distribuidos que utilizan BIONUMERICS, GelCompar II o un navegador web para intercambiar información biológica y resultados de análisis. BNServer se utiliza desde la década de los noventa en la detección de brotes alimentarios. [ 9 ]

EPISEQ CS: un software basado en la nube para el análisis de brotes microbianos clínicos.

EPISEQ 16S: un software basado en la nube para estudios de perfilado del microbioma basado en el gen del ARNr 16S .

EPISEQ SARS-CoV-2: un software basado en la nube para la identificación de variantes del SARS-CoV-2 .

Recepción

Más de 20.000 artículos de investigación revisados ​​por pares mencionan el uso de los paquetes de software de matemáticas aplicadas BIONUMERICS o Gelcompar II. [ 10 ]

Referencias

  1. ↑ Dijkshoorn L., Towner KJ, Struelens M., 2001. Nuevos enfoques para la generación y el análisis de datos de tipificación microbiana. Elsevier, ISBN 0-444-50740-X, ISBN 978-0-444-50740-2.
  2. ↑ Vauterin L. y P. Vauterin. 1992. Comparación objetiva asistida por computadora de patrones de electroforesis para la agrupación e identificación de microorganismos. Eur. Microbiol. 1:37-41.
  3. ↑Vandamme et al., Taxonomía polifásica, un enfoque consensuado para la sistemática bacteriana. Microbiol. Mol. Biol. Rev. Junio ​​de 1996, vol. 60, n.º 2, 407-438.
  4. ↑ Vauterin L, Vauterin P. Bases de datos y análisis integrados. En: Identificación molecular, sistemática y estructura poblacional de procariotas (ed. Erko Stackebrandt). Springer, 2006. ISBN 978-3-540-23155-4
  5. ↑ Hunter SB, Vauterin P, Lambert-Fair MA, Van Duyne MS, Kubota K, Graves L, Wrigley D, Barrett T, Ribot E (2005). "Establecimiento de una cepa estándar de tamaño universal para su uso con los protocolos estandarizados de electroforesis en gel de campo pulsado PulseNet: conversión de las bases de datos nacionales al nuevo estándar de tamaño" . J. Clin. Microbiol . 43 (3): 1045– 1050. doi : 10.1128/JCM.43.3.1045-1050.2005 . PMC 1081233. PMID 15750058 .  
  6. ↑ Vega E.; Barclay L.; Gregoricus N.; Williams K.; Lee D.; Vinjé J. (2011). "Nueva red de vigilancia para brotes de gastroenteritis por norovirus, Estados Unidos" . Emerg Infect Dis . 17 (8): 1389– 95. doi : 10.3201/eid1708.101837 . PMC 3381557. PMID 21801614 .  
  7. ↑ bioMérieux adquiere Applied Maths y mejora sus capacidades bioinformáticas con conocimientos y soluciones de vanguardia para el uso inteligente de datos biológicos complejos.
  8. ↑ "Vídeos tutoriales para BioNumerics y GelCompar II | BIONUMERICS" . www.bionumerics.com . Consultado el 19 de junio de 2023 .
  9. ↑ Swaminathan B, Gerner-Smidt P, Ng LK, Lukinmaa S, Kam KM, Rolando S, Gutiérrez EP, Binsztein N., 2006. «Construyendo PulseNet International : Un sistema interconectado de redes de laboratorios para facilitar el reconocimiento y la respuesta oportuna de la salud pública ante brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos y enfermedades emergentes transmitidas por los alimentos». Patógenos y enfermedades transmitidas por los alimentos. Primavera de 2006, 3(1): 36-50. doi : 10.1089/fpd.2006.3.36
  10. ↑ Artículos científicos que utilizan productos de software de Matemáticas Aplicadas. Consultado el 11 de octubre de 2023.
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