Base de datos de autofagia

Las bases de datos de autofagia tienen como objetivo proporcionar una lista completa de genes y proteínas relacionados con la autofagia , ya sea que se identifiquen como ortólogos u homólogos de otras proteínas potencialmente relacionadas. Se pueden almacenar muchos tipos de información, incluidas secuencias, funciones y estructuras 3D, lo que las hace accesibles en un formato que permita realizar búsquedas. La información disponible en una sola fuente, utilizando un formato que permita realizar búsquedas, simplificaría el trabajo para futuros investigadores. Estas fuentes ayudarían a lograr este objetivo al proporcionar referencias publicadas recientemente sobre la autofagia junto con categorías como calificaciones de usuarios, una lista de revisiones informativas y resultados de un análisis original. Como la autofagia puede desempeñar un papel en una serie de enfermedades humanas, como las del corazón, el hígado y los riñones, es esencial comprender mejor sus mecanismos. Simplificar el proceso de investigación con alguna base de datos proporcionaría entonces una ventaja científica. ^[2]

[Para obtener información completa, consulte Autofagia ].

La autofagia es el proceso por el cual las células de un organismo destruyen componentes propios no funcionales o innecesarios. ^[3] Específicamente, la autofagia es un proceso catabólico que implica la degradación de los componentes propios de una célula a través de la maquinaria lisosomal . ^[1] La autofagia también es crucial para casos de inanición y eliminación de materiales celulares potencialmente peligrosos, lo que indica su necesidad para mantener la vida. ^[1] Como se ve en la figura asociada Autofagia , los productos celulares son degradados por componentes celulares destructivos, como los lisosomas, para producir nuevos materiales para que la célula los use. La investigación sobre la autofagia y sus procesos relacionados se ha disparado en los últimos años, sin embargo, muchos de estos procesos no se comprenden completamente y no se han encontrado homólogos en diferentes especies para muchas de estas proteínas. ^[1] Sus mecanismos moleculares no se han dilucidado por completo, a pesar de los dramáticos avances en el campo como lo evidencian los cientos de genes y proteínas relacionados con la autofagia informados. ^[1] Como tal, se demostró la necesidad de una base de datos para caracterizar las proteínas y componentes de la autofagia humana y/o sus homólogos, así como los ortólogos en otras especies.

La base de datos de autofagia es un producto del Instituto Nacional de Genética (NIG) ^[4] El NIG fue fundado en junio de 1949 por el Ministerio de Educación, Ciencia, Deportes y Cultura, y el profesor Kan Oguma fue elegido como el primer director. ^[4] Con el tiempo, se han añadido muchos departamentos para diversas aplicaciones, como genética , genómica , investigación del ADN y, sobre todo para nuestros propósitos, el banco de datos de ADN. ^[4] El NIG es una división de la Organización Japonesa de Investigación de Información y Sistemas, y actualmente está bajo la supervisión de su noveno director. ^[4] El NIG tiene como objetivo realizar investigaciones de alto nivel en la búsqueda de la racionalización de la información, así como la difusión de la información de la investigación en aplicaciones sociales. ^[4] Una herramienta creada por esta organización para este propósito es la base de datos de autofagia .

La base de datos de autofagia es una base de datos de proteínas involucradas en la autofagia . La base de datos de autofagia tiene como objetivo recopilar toda la información relevante, organizarla y ponerla a disposición del público para que sus usuarios puedan obtener fácilmente conocimientos actualizados. Específicamente, la base de datos de autofagia ofrece una herramienta "libre para todos" para aquellos con intereses, investigación y otros, en la autofagia. ^[3] Para lograr mejor este objetivo, la base de datos de autofagia disponible de NIG llama a los usuarios de la base de datos a difundir y compartir información, para que los datos relacionados con la autofagia puedan estar disponibles de forma gratuita para todos los que los necesiten. ^[1] Para una comunidad de investigación interesada, este modelo de difusión de la investigación es prometedor. A partir de abril de 2018 ; hace 6 años , había 582 proteínas revisadas disponibles en esta base de datos. ^[3] Incluyendo las proteínas autofágicas disponibles en HomoloGene , NCBI , hay más de 52,000 proteínas en total. ^[3] La base de datos de autofagia ofrece una comparación de proteínas homólogas entre 41 especies diferentes para buscar proteínas nuevas y antiguas relacionadas con la autofagia, de modo que se pueda agilizar la investigación actual sobre la autofagia. ^[1] La base de datos se puso a disposición del público en marzo de 2010 y actualmente incluye 7.444 genes/proteínas en 82 eucariotas.  ( 2018-04 )

La base de datos de autofagia humana es un producto del Instituto de Salud de Luxemburgo (LIH). ^[5] LIH tiene varias sucursales en todo Luxemburgo disponibles para Biomonitoreo , Infecciones e Inmunidad , Administración de la salud , Oncología , Medicina deportiva y Biobanco . Cada uno de estos departamentos tiene como objetivo respaldar la declaración de misión de LIH, que es "generar y traducir el conocimiento de la investigación en aplicaciones clínicas con un impacto en los desafíos futuros de la atención médica y la medicina personalizada". ^[5] Ofrecía herramientas. ^[5] El Laboratorio de Investigación Experimental del Cáncer de LIH ayudó a establecer una de estas herramientas, siendo esa herramienta la base de datos conocida como Base de datos de autofagia humana .

La base de datos de autofagia humana (HADb) es otro recurso disponible sobre autofagia. ^[2] A diferencia de la base de datos de autofagia , la base de datos de autofagia humana solo compara las proteínas que se encuentran en los humanos. HADb es la primera base de datos de autofagia solo para humanos, donde los investigadores pueden encontrar una lista actualizada de proteínas autofágicas relacionadas directa e indirectamente, dado que anteriormente no había una base de datos consistente disponible para compensar una gran expansión en la investigación sobre autofagia. ^[2] HADb no solo proporciona información sobre el gen de interés, sino que también tiene como objetivo evolucionar hacia una base de datos que pueda usarse para analizar el gen de interés. ^[2] Para este propósito, HADb se hizo lo más completo posible en términos de proteínas relacionadas con la autofagia, aunque diferentes usuarios pueden enviar proteínas y genes recién descubiertos a la sección de Envío . La información proporcionada por la base de datos de autofagia humana se puede utilizar más en aplicaciones bioinformáticas.

Dado que estas bases de datos son un gran almacén de información biológica, se pueden utilizar en aplicaciones bioinformáticas para simplificar la recopilación y el análisis de información. La bioinformática busca vincular los descubrimientos biológicos con los macrodatos, para ayudar a mejorar los descubrimientos científicos. Cada base de datos se puede utilizar para estudiar una proteína o gen autofágico de interés, donde estas bases de datos se mantienen mediante envíos de los usuarios. La información de cada gen se puede utilizar para acceder a Entrez , Ensembl y PubMed . La secuencia FASTA también está disponible para el análisis de secuencias mediante sitios como BLAST . A continuación, se muestran los usos específicos disponibles para la base de datos de autofagia y la base de datos de autofagia humana .

La base de datos de autofagia tiene varias funciones disponibles para buscar proteínas relacionadas con la autofagia en diferentes especies.

El usuario puede acceder a la base de datos de autofagia en http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html. La imagen que se muestra, "Opciones para ADb", muestra la variedad de opciones disponibles para esta base de datos. Todas las pestañas no resaltadas ofrecen información adicional e información de contacto no relacionada con la búsqueda de genes. El usuario puede consultar:

• La lista de proteínas , resaltada en amarillo, donde el usuario puede seleccionar un organismo y buscar sinónimos , ID de gen y acceso a proteínas , entre otras funciones. Estas funciones ofrecen al usuario múltiples opciones sobre cómo buscar información sobre genes de interés. Las opciones disponibles en la base de datos de autofagia para la lista de proteínas se pueden ver en el ejemplo que se muestra a la derecha. La selección de varias opciones, como Sinónimos , permite al usuario buscar utilizando consultas específicas.
• Las coincidencias de proteínas relacionadas con la autofagia entre homólogos y ortólogos se muestran en la pestaña Homólogos , resaltada en verde. Esto se puede utilizar según la imagen de la derecha, Homólogos , donde se pueden comparar ortólogos y homólogos entre diferentes organismos y taxones seleccionando las casillas requeridas.
• Búsqueda de genes específicos. Esto se puede lograr mediante la búsqueda por palabra clave , resaltada en azul, y también se puede utilizar para hacer coincidir un gen conocido de interés con una especie determinada. Esto ayuda a determinar posibles ortólogos.

• Homólogos y ortólogos de un gen de interés. La búsqueda de homología , resaltada en naranja, se puede utilizar para buscar una secuencia FASTA o de texto sin formato de un gen conocido. Esto puede ayudar a encontrar proteínas relacionadas con la autofagia conectadas, o a encontrar homólogos u ortólogos. El usuario puede comparar homólogos y ortólogos dentro o entre especies, dadas las diferentes opciones de especies y taxones, como se ve en la figura asociada.
• Analizar las conexiones entre un gen y los genes de autofagia disponibles en la base de datos. Los análisis originales , resaltados en gris, se pueden utilizar para encontrar posibles coincidencias genéticas relacionadas con la autofagia con un gen conocido. Para utilizar mejor estas funciones, el usuario debe consultar la pestaña "Descargar" para descargar todos los archivos genéticos, de modo que se pueda utilizar por completo la función de la base de datos de autofagia .

La base de datos de autofagia humana tiene funciones disponibles para buscar genes y agrupar . ^[2]

Al acceder a http://autophagy.lu/index.html, se puede acceder a estas opciones. Los interesados ​​también pueden enviar nuevas proteínas de autofagia humana a la base de datos. Un usuario puede utilizar la base de datos de acuerdo con las siguientes opciones:

• Un usuario puede buscar un gen por nombre en la categoría Buscar gen . Se puede buscar un gen por su símbolo genético, número de acceso de Ensembl , ubicación cromosómica o una palabra clave relevante. En la figura de "Buscar gen: HADb" se ofrecen instrucciones sencillas sobre cómo acceder a un gen de interés utilizando este método. Brevemente, el usuario accedería al sitio web, seleccionaría la pestaña resaltada y buscaría su gen de interés utilizando las pestañas disponibles que se muestran en la imagen asociada. Específicamente, el usuario seleccionaría qué opción le gustaría utilizar en la tabla asociada y luego completaría la información para la pestaña deseada, ya sea Símbolo o Sinónimo , Cromosoma , Número de acceso o Palabra clave . Una vez seleccionada la pestaña, se puede ingresar información y buscarla para determinar cualquier proteína relacionada con la autofagia vinculada.

• El usuario también puede consultar Clustering , donde se pueden ver los genes en orden alfabético. En la imagen "Clustering: HADb" se muestra un mapa simplificado de cómo realizar esta búsqueda. El usuario debe consultar primero http://autophagy.lu/index.html, después debe seleccionar la pestaña resaltada en la imagen "Clustering" para acceder al gen de su interés. Luego, el usuario puede seleccionar el gen de su interés en orden alfabético para obtener más información. Aunque esta base de datos contiene solo genes de autofagia humana, el usuario no necesita descargar una base de datos para usarla, y puede encontrar genes y proteínas involucrados en el complejo proceso de la autofagia.

Cada base de datos ofrece sus propias fortalezas y debilidades.

• Base de datos de autofagia : conceptualmente, la base de datos de autofagia ofrece la oportunidad de acceder fácilmente a la información sobre las proteínas relacionadas con la autofagia en una variedad de especies. ^[3] Sin embargo, existen algunos problemas al usar esta base de datos. El usuario puede probar la variedad de opciones de pestaña disponibles Opciones para ADb , aunque estas opciones no se pueden utilizar sin descargar contenido de la base de datos de autofagia . Aunque el usuario puede acceder a la pestaña Descargar (vista en "Opciones para ADb" en blanco), esta solo ofrece salida de texto cuando se usa un servicio wifi con base en EE. UU. Como tal, el usuario no puede acceder a la variedad de opciones mencionadas anteriormente en un formato de GUI , sino que debe buscar la salida de texto. El usuario puede descargar la base de datos de autofagia , pero puede ser difícil acceder a estos archivos usando el sistema operativo Apple. Esto complica la facilidad de uso para el usuario con sede en EE. UU., lo que reduce la utilidad de la base de datos de autofagia . Esta es una complicación potencial de una base de datos disponible internacionalmente, que complica su facilidad de uso.
• Base de datos de autofagia humana : aunque también es una base de datos disponible a nivel internacional, la facilidad de uso de la base de datos de autofagia humana ha mejorado considerablemente. Se puede acceder a todas las opciones disponibles, aunque limitadas, mediante un servicio wifi con sede en EE. UU. La base de datos de autofagia humana está limitada en la variedad de opciones disponibles para la recopilación y el análisis de datos, ya que hay menos opciones disponibles que las que ofrece la base de datos de autofagia . La base de datos también almacena solo genes y proteínas relacionados con la autofagia humana, ^[2] mientras que la base de datos de autofagia tiene información sobre genes y proteínas relacionados con la autofagia disponibles para una variedad de especies diferentes.

Aunque cada base de datos tiene sus propias fortalezas y debilidades, cada una ayuda a llenar un vacío. ^[3] Las adiciones futuras pueden ayudar a mejorar estas bases de datos. Aunque puede haber bases de datos disponibles que parezcan más completas para búsquedas generales de genes o proteínas, como NCBI , HADb y la base de datos Autophagy ofrecen la información más completa sobre genes y proteínas relacionados con la autofagia. La GUI no está completamente refinada para cada una, y puede ser más difícil de acceder, pero cada una de estas bases de datos mantiene el enfoque en la autofagia , mientras que NCBI no usa el mismo enfoque centrado en la autofagia. Como tal, la base de datos HADb y Autophagy pueden ofrecer una ruta interesante para la exploración de genes y proteínas relacionados con la autofagia.

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• Ortólogo
• Homólogo
• Homologen
• Centro Nacional de Información Biotecnológica
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• Conjunto
• PubMed
• Rápido
• EXPLOSIÓN

• ¿Qué es la autofagia?
• Otra base de datos especializada en autofagia humana (http://autophagy.lu/) también está disponible públicamente.