Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

BeeBase

BeeBase era una base de datos bioinformática en línea que albergaba datos relacionados con Apis mellifera , la abeja melífera europea, junto con algunos patógenos y otras especi...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

BeeBase era una base de datos bioinformática en línea que albergaba datos relacionados con Apis mellifera , la abeja melífera europea, junto con algunos patógenos y otras especies. Fue desarrollada en colaboración con el Consorcio de Secuenciación del Genoma de la Abeja Melífera . [ 1 ] En 2020 fue archivada y reemplazada por la Base de Datos del Genoma de Himenópteros .

Datos y servicios

Los datos y servicios biológicos disponibles en BeeBase incluían:

  • Datos de secuencias de ADN y proteínas
  • Conjunto oficial de genes de abejas (desarrollado y alojado en Beebase)
  • navegador del genoma
  • mapas de enlace
  • servidor para buscar en el genoma de la abeja melífera usando BLAST

Servicios

En febrero de 2007, BeeBase constaba de un visor de genoma basado en GBrowser y un visor de mapas comparativos basado en Cmap , ambos módulos del proyecto Base de Datos de Organismos Modelo Genéricos (GMOD). El visor de genoma incluía pistas para genes conocidos de la abeja melífera, conjuntos de genes predichos (Ensembl, NCBI, EMBL-Heidelberg), marcadores STS (mapas de ligamiento de Solignac y Hunt), etiquetas de secuencia expresada (EST) de la abeja melífera , homólogos en la mosca de la fruta , el mosquito y otros insectos, y elementos transponibles . El visor de mapas comparativos de la abeja melífera mostraba mapas de ligamiento y el mapa físico (ensamblaje del genoma), resaltando los marcadores comunes entre los mapas.

Además, se planificó la creación de un visualizador de QTL y una base de datos de expresión génica . La secuencia del genoma serviría como referencia para vincular estos diversos tipos de datos.

Beebase organizó la anotación comunitaria del genoma de la abeja en colaboración con el Centro de Secuenciación del Genoma Humano del Baylor College of Medicine . [ 2 ]

Datos

El sitio ahora archivado alberga la secuencia del genoma de Apis mellifera junto con las de los siguientes patógenos: [ 1 ]

Se analizaron dos especies adicionales: [ 1 ]

Véase también

Referencias

  1. ^ Sitio web de BeeBase : http://hymenopteragenome.org/beebase/
  2. ↑ Elsik, CG; Worley, KC; Zhang, L.; Milshina, NV; Jiang, H.; Reese, JT; Childs, KL; Venkatraman, A.; Dickens, CM; Weinstock, GM; Gibbs, RA (25 de octubre de 2006). "Anotación comunitaria: procedimientos, protocolos y herramientas de apoyo" . Genome Research . 16 (11): 1329– 1333. doi : 10.1101/gr.5580606 . PMID 17065605 . 
  • BeeBase