¡Destruyan a todos los humanos! ¡Gran Willy desatado!

Crypto y Pox están viendo la televisión en Harbor City y se topan con las noticias de la noche. Bill Kincaid, un reportero , anuncia que la Corporación Big Willy (una parodia de Bob's Big Boy ) ha abierto su restaurante número quinientos y que el presidente Huffman ha dimitido, dando a entender que Crypto renunció a controlar el gobierno estadounidense . Las noticias se ven interrumpidas repentinamente por la heredera desaparecida llamada Patty Wurst (una parodia de Patty Hearst ), quien aparece en el canal usando una señal de televisión pirateada. Revela que Big Willy está utilizando cadáveres humanos para triturarlos y dárselos de comer al público, y que un cargamento de carne va a atracar en Harbor para demostrar su teoría. ^{[ 4 ]}

Antes de que Crypto mate a Patty Wurst, en el nuevo robot Big Willy, Pox descubre que su verdadero enemigo es el Coronel Kluckin (una parodia del Coronel Sanders ), dueño de un restaurante de comida rápida de la competencia, y que podría ser una amenaza para la franquicia Big Willy. Pox envía a Crypto a Fairfield , en la zona rural de Kentucky , donde se encuentra el nuevo restaurante Big Willy, para ver si puede encontrar alguna pista sobre el paradero de Kluckin. Tras el aterrizaje de Crypto, Pox observa que un grupo de chicas en patines salen del restaurante Big Willy con un maletín. Dentro está la receta secreta de la comida rápida Big Willy. Crypto las encuentra al fondo de un callejón; las mata a todas excepto a su líder, Mindy Peters, que logra esconderse. Aparece frente a Crypto, proclamando que los Furons y la franquicia Big Willy serán destruidos. Ataca a Crypto y escapa. Pox le informa a Crypto que sus armas y su mochila propulsora están averiadas. Regresa al platillo volador y mata a más chicas patinadoras. Después, Crypto secuestra al Rey Mazorca, el novio de Mindy Peters. La encuentra en una cabina telefónica, luego salta y la electrocuta. Finalmente, Pox le ordena a Crypto que destruya todo Fairfield (excepto su restaurante) para borrar todo rastro de sus acciones y se dirige a la siguiente zona.

Pox lleva a Crypto al Atolón Fantasía , una isla cercana a Malasia , como táctica para derrotar al Coronel Kluckin. Allí, Crypto conoce al Sr. Pork, el hombre que gobernaba la isla, y a Ratpoo, su sirviente (ambos parodias de los personajes de la Isla Fantasía , el Sr. Roarke y Tatoo). El Sr. Pork le promete a Pox un nuevo cuerpo y Pox acepta. Crypto debe encontrar las piezas para construir un nuevo cuerpo, pero resulta ser un engaño y lanza a Pox a algún lugar al otro lado de la isla. Crypto encuentra el módulo roto. Un representante de atención al cliente de Furon le explica a Crypto cómo reparar la Unidad HoloPox dañada, Pox se recupera y busca venganza. Crypto hipnotiza a Ratpoo, quien salta al volcán activo del Atolón cargando a Pork. Para su sorpresa, el Sr. Pork sobrevive y ataca con el Barco del Odio, un gigantesco buque de guerra. Tras destruir el barco del odio, Pox y Crypto van a Vietmahl para encontrar al Coronel Kluckin.

En Vietmahl , Kluckin revela que ha estado recolectando cadáveres de la guerra para molerlos y convertirlos en sus propios productos alimenticios. Crypto y Pox se enfrentan a un empleado traidor de Big Willy llamado Trahn, quien resulta ser un agente doble de Kluckin. Tras completar con éxito varios objetivos, incluyendo la muerte de Trahn, Crypto se sube al robot de Big Willy y logra derrotar a Kluckin en un templo robótico de Vietmahl. Sin embargo, al derrotar a Kluckin, Pox afirma que ya no le interesa la comida rápida. Aunque enfadado porque Pox abandona el restaurante abruptamente después de derrotar a Kluckin, Crypto se queda con las ganancias y le dice a Pox que él se encargará de las transacciones comerciales a partir de ahora, y que tiene una idea para el dinero que involucra un " pueblo en Nevada ". Ambos se alejan caminando hacia la distancia.

En Big Willy Unleashed, el jugador puede jugar en modo cooperativo o competitivo . En el modo cooperativo, el objetivo es proteger el restaurante de Big Willy y destruir la cocina de Kluckin. En el modo competitivo, el jugador debe tocar las balizas y eliminar a los demás. El jugador puede jugar en dos áreas tanto en el modo cooperativo como en el competitivo.