BioBIKE

BioBike ^{[ 1 ] [ 2 ]} (anteriormente BioLingua ^{[ 3 ]} ) es una plataforma de biocomputación y bioinformática simbólica programable ( PaaS ) basada en la nube y accesible a través de la web , cuyo objetivo es hacer que la biología computacional , y especialmente la biocomputación inteligente (es decir, la aplicación de la Inteligencia Artificial a la biología computacional ), sea accesible a los científicos investigadores que no son programadores expertos. ^{[ 4 ]}

BioBIKE es una plataforma integrada de biocomputación simbólica y bioinformática, construida desde el principio como una arquitectura totalmente basada en la nube (lo que ahora se denomina así), donde todos los cálculos se realizan en servidores remotos y todo el acceso de los usuarios se realiza a través de navegadores web.

BioBIKE cuenta con un sistema de marco integrado donde se representan todos los objetos, datos y conocimientos. Esto permite que el código escrito en Lisp ( lenguaje nativo) , en el lenguaje de programación visual o mediante sistemas de reglas expresados ​​en el demostrador de teoremas SNARK , acceda a todo el conocimiento biológico de forma integrada.

En su momento (lanzado en 2002), fue único al permitir a los usuarios crear programas de biocomputación completamente funcionales que se ejecutaban en los servidores back-end a través de la interfaz de usuario del navegador web. (En términos modernos, fue uno de los primeros sistemas PaaS (Plataforma como Servicio) , anterior incluso a Salesforce en esta capacidad). Inicialmente, esta programación se realizaba en Lisp puro, pero el equipo de Jeff Elhai en VCU , con financiación de la NSF, creó un entorno de programación completamente gráfico sobre BioBIKE basado en los entornos de programación estilo Boxer. ^{[ 1 ]}

Al ser un sistema en la nube con múltiples cabezas, subprocesos, usuarios y tenencia, los usuarios de BioBIKE podían colaborar directamente a través de sus navegadores web, compartiendo de forma remota el mismo oyente y espacio de memoria. Esto permitió un tipo de colaboración único, analizado en Shrager (2007). ^{[ 5 ]}

Una rama especializada de BioBIKE llamada "BioDeducta" incluye el demostrador de teoremas SNARK de SRI , que ofrece capacidades únicas de "biocomputación deductiva". ^{[ 2 ]}

BioBIKE es un software de código abierto implementado utilizando el lenguaje de programación Lisp . El desarrollo continuo lo lleva a cabo el equipo de BioBIKE ^{[ 6 ]} con sede en la Universidad de Virginia Commonwealth .

BioBIKE se llamaba originalmente "BioLingua" y fue desarrollado por Jeff Shrager en el Departamento de Biología Vegetal del Instituto Carnegie de Washington y JP Massar con financiación de la División de Astrobiología de la NASA . Shrager y Massar querían crear una máquina Lisp multiusuario basada en la web , especializada en bioinformática . Otros colaboradores iniciales del proyecto fueron Mike Travers y Jeff Elhai de VCU . Elhai obtuvo financiación continua de la Fundación Nacional de Ciencias para el proyecto, que pasó a llamarse BioBIKE. Elhai y sus colegas añadieron el lenguaje de programación visual único de BioBIKE . Mientras tanto, Shrager colaboró ​​con Richard Waldinger en SRI para integrar el demostrador de teoremas de SRI ( SNARK ) en BioBIKE, creando un sistema de biocomputación deductiva llamado BioDeducta. ^{[ 2 ]}

Antes existían varias secciones especializadas de BioBIKE en diferentes dominios biológicos, incluidos patógenos virales, cianobacterias y otras bacterias, Arabidopsis thaliana y varias otras descritas en las referencias.

• Sistemas de gestión de flujos de trabajo bioinformáticos

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