Hispanopedia WikiBioLinux es un término utilizado en diversos proyectos destinados a facilitar el acceso al software bioinformático en una plataforma Linux mediante uno o más de los siguientes métodos:
- Suministro de sistemas completos
- Suministro de repositorios de software bioinformático
- Adición de paquetes bioinformáticos a las distribuciones estándar.
- DVD / CD en directo con software bioinformático incluido
- Sistemas de desarrollo y apoyo comunitario
Actualmente existen diversos proyectos con objetivos similares, tanto en sistemas Linux como en otros sistemas Unice, y a continuación se presenta una selección de ellos. Asimismo, el boletín informativo del Servicio de Asistencia Bioinformática Canadiense [ 1 ] incluye una descripción general que detalla algunos de los proyectos basados en Linux.
Repositorios de paquetes
Apple/Mac
Muchos paquetes de Linux son compatibles con Mac OS X y existen varios proyectos que intentan facilitar la instalación de determinados paquetes de Linux (incluido software de bioinformática) en un ordenador con Mac OS X. (fuente?)
BioArchLinux
El repositorio BioArchLinux contiene más de 3770 paquetes para Arch Linux y distribuciones basadas en Arch Linux. [ 2 ]
Debian
Debian es otra distribución de Linux muy popular que se utiliza en muchas instituciones académicas, y algunos bioinformáticos han puesto a disposición sus propios paquetes de software para esta distribución en formato .deb .
Sombrero rojo
Los repositorios de paquetes suelen ser específicos de la distribución de Linux que utiliza el bioinformático. En bioinformática, se utilizan varias variantes de Linux. Fedora es una versión de distribución libre del sistema comercial Red Hat . Red Hat se usa ampliamente en el ámbito empresarial, ya que ofrece soporte comercial y paquetes de formación. Fedora Core es una versión derivada de Red Hat con soporte de la comunidad y es popular entre quienes prefieren el sistema de Red Hat pero no requieren soporte comercial. Muchos usuarios de aplicaciones bioinformáticas han creado paquetes RPM (el formato de paquete de Red Hat) diseñados para funcionar con Fedora, que también se pueden instalar en sistemas Red Hat Enterprise Linux . Otras distribuciones, como Mandriva y SUSE, utilizan paquetes RPM, por lo que estos paquetes también podrían funcionar en ellas.
Slackware
Slackware es una de las distribuciones de Linux menos utilizadas . Es popular entre quienes tienen un mayor conocimiento del sistema operativo Linux y prefieren la línea de comandos a las diversas interfaces gráficas disponibles. Los paquetes están en formato .tgz o .tgx. La distribución en vivo más conocida basada en Slackware es Slax , que ha servido de base para muchas distribuciones de bioinformática.
DVDs/CDs en directo
Los DVD o CD de arranque no son la forma ideal de realizar tareas de computación bioinformática, ya que se ejecutan desde una unidad de CD/DVD. Esto implica que son más lentos que una instalación tradicional en disco duro y tienen opciones de configuración limitadas. Sin embargo, pueden ser útiles para soluciones puntuales donde no hay acceso a Linux y, incluso, pueden servir como base para una instalación de Linux.
Distribuciones estándar con buen soporte bioinformático.
En general, las distribuciones de Linux cuentan con una amplia gama de paquetes oficiales disponibles, pero estos no suelen incluir mucho apoyo científico. Existen excepciones, como las que se detallan a continuación.
- Gentoo Linux
Gentoo Linux ofrece más de 156 aplicaciones de bioinformática (véase Gentoo sci-biology herd en el árbol principal ) en forma de ebuilds , que compilan las aplicaciones a partir del código fuente. Además, hay 315 paquetes adicionales en Gentoo science overlay (para pruebas).
Gentoo Linux es un sistema muy flexible con un soporte comunitario superior a la media, aunque la necesidad de instalarlo desde el código fuente suele implicar una instalación lenta y un mantenimiento ocasional. El tiempo de compilación se puede reducir utilizando un servidor central para generar paquetes binarios. Es posible optimizar el rendimiento para que funcione a la máxima velocidad, aprovechando al máximo el procesador (por ejemplo, para usar las instrucciones de CPU SSE, AVX y AVX2). Las distribuciones basadas en binarios suelen proporcionar binarios que utilizan únicamente los conjuntos de instrucciones i686 o i386.
- FreeBSD
FreeBSD no es una distribución de Linux, sino una versión de Unix muy similar. Sus paquetes son análogos a los ebuilds de Gentoo. Sin embargo, el proyecto genera continuamente paquetes binarios precompilados para plataformas de primer nivel como x86 y ARM . Los usuarios también pueden compilar e instalar cualquier paquete desde el código fuente para habilitar optimizaciones no portables u otras opciones de compilación. La opción de compilar desde el código fuente también permite que el sistema de paquetes automatice la instalación de software con una licencia que no permite la redistribución.
La colección de puertos contiene más de 31 000 puertos, de los cuales más de 2200 pertenecen a categorías científicas y más de 240 están relacionados con la biología. Los nuevos puertos y las actualizaciones se publican en el sitio Fresh Ports [ 3 ] .
- paqueterc
El gestor de paquetes pkgsrc , derivado originalmente de los ports de FreeBSD , es mantenido por el proyecto NetBSD , pero su objetivo es ser compatible con todos los sistemas operativos compatibles con POSIX . Ha sido ampliamente probado en NetBSD , numerosas distribuciones de Linux , macOS y derivados de SunOS . Al igual que los ports de FreeBSD, se mantienen paquetes binarios precompilados para algunas plataformas. Los paquetes pueden compilarse desde el código fuente en cualquier plataforma, o si se desean optimizaciones u opciones adicionales. La colección de pkgsrc contiene más de 19 000 paquetes, de los cuales casi 800 pertenecen a categorías científicas y más de 60 están relacionados con la biología.
- Debian
Se incluyen más de cien paquetes de bioinformática como parte de la instalación estándar de Debian. Los paquetes de NEBC Bio-Linux [ 4 ] también se pueden instalar en un sistema Debian estándar, siempre que el paquete bio-linux-base esté instalado. Esto crea un directorio /usr/local/bioinf donde se instala el software de nuestros otros paquetes. Los paquetes de Debian también pueden funcionar en Ubuntu Linux u otras instalaciones derivadas de Debian.
Sistemas de desarrollo y apoyo comunitario
Brindar soporte y documentación debería ser una parte importante de cualquier proyecto BioLinux, para que los científicos que no son especialistas en informática puedan encontrar rápidamente respuestas a sus problemas específicos. Los foros de soporte o las listas de correo también son útiles para difundir el conocimiento dentro de la comunidad de investigación. Algunos de estos recursos se incluyen aquí.
Véase también
Referencias
- ↑ Resumen en el boletín informativo del servicio de asistencia bioinformática canadiense. Archivado el 15 de diciembre de 2005 en Wayback Machine .
- ↑ Zhang, Guoyi; Ristola, Pekka; Su, Han; Kumar, Bipin; Zhang, Boyu; Hu, Yujin; Elliot, Michael G; Drobot, Viktor; Zhu, Jie; Staal, Jens; Larralde, Martin; Wang, Shun; Yi, Yun; Yu, Haoran (2025). "BioArchLinux: repositorio de software reproducible y actualizado impulsado por la comunidad para las ciencias de la vida" . Bioinformatics btaf106. doi : 10.1093/bioinformatics/btaf106 . ISSN 1367-4811 . PMC 11925497 .
- ↑ Puertos frescos
- ↑ "NEBC Bio-Linux" . Archivado del original el 22 de abril de 2006. Consultado el 19 de diciembre de 2005 .
- Software de bioinformática
- Ciencia computacional
- Linux