BioMOBY

BioMOBY es un registro de servicios web utilizados en bioinformática . Permite la interoperabilidad entre los servidores de datos biológicos y los servicios analíticos mediante la anotación de estos últimos con términos extraídos de ontologías estándar. BioMOBY se publica bajo la Licencia Artística . ^{[ 1 ]}

El proyecto BioMoby se inició en la Conferencia MOBY-DIC (Model Organism Bring Your Own Database Interface Conference) , celebrada en Emma Lake, Saskatchewan , el 21 de septiembre de 2001. Surgió de una conversación entre Mark D. Wilkinson y Suzanna Lewis durante una reunión de desarrolladores de Gene Ontology en el Instituto Carnegie de Stanford , donde se discutieron y compararon las funcionalidades de las herramientas de anotación genómica Genquire y Apollo. La falta de un estándar sencillo que permitiera a estas herramientas interactuar con la multitud de fuentes de datos necesarias para anotar un genoma con precisión era una necesidad crítica para ambos sistemas.

La financiación del proyecto BioMOBY fue posteriormente asumida por Genome Prairie (2002-2005), Genome Alberta (2005-actualidad), en parte a través de Genome Canada , una institución sin ánimo de lucro que lidera las iniciativas X-ómicas canadienses.

El proyecto BioMOBY se divide en dos ramas principales. Una se basa en servicios web, mientras que la otra utiliza tecnologías de la Web Semántica. Este artículo se centrará únicamente en las especificaciones de los servicios web. La otra rama del proyecto, Semantic Moby , se describe en una entrada aparte.

El proyecto Moby define tres ontologías que describen tipos de datos biológicos, formatos de datos biológicos y tipos de análisis bioinformáticos. La mayoría de las funcionalidades interoperables de Moby se logran mediante las ontologías de Objeto (formato de datos) y Espacio de nombres (tipo de datos).

La ontología de espacios de nombres MOBY se deriva de la lista de abreviaturas de referencias cruzadas del proyecto Gene Ontology. Se trata simplemente de una lista de abreviaturas para los diferentes tipos de identificadores que se utilizan en bioinformática. Por ejemplo, GenBank tiene identificadores "gi" que se utilizan para enumerar todos sus registros de secuencias; esto se define como "NCBI_gi" en la ontología de espacios de nombres.

La ontología de objetos MOBY es una ontología que consta de relaciones IS-A, HAS-A y HAS entre formatos de datos. Por ejemplo, una secuencia de ADN es IS-A GenericSequence y HAS-A String que representa el texto de la secuencia. Todos los datos en Moby deben representarse como algún tipo de objeto MOBY. La API de Moby define una serialización XML de esta ontología, de modo que cualquier nodo de la ontología tenga una estructura XML predecible.

De este modo, entre estas dos ontologías, un proveedor de servicios y/o un programa cliente pueden recibir un fragmento de XML de Moby y conocer inmediatamente tanto su estructura como su "intención" (semántica).

El componente central final de Moby es el registro de servicios web MOBY Central. ^{[ 2 ]} MOBY Central conoce las ontologías de Objeto, Espacio de Nombres y Servicio, y por lo tanto puede conectar a los consumidores que tienen datos de Moby disponibles con los proveedores de servicios que afirman consumir ese tipo de datos (o algún tipo de datos ontológico compatible) o realizar una operación específica sobre ellos. Esta " coincidencia semántica " ayuda a garantizar que solo se identifiquen los proveedores de servicios relevantes en una consulta de registro y, además, garantiza que los datos disponibles se puedan pasar a ese proveedor de servicios tal cual . De este modo, la interacción entre un consumidor y un proveedor de servicios puede automatizarse parcial o totalmente, como se muestra en los clientes Gbrowse Moby ^{[ 3 ]} y Ahab, respectivamente. ^{[ 4 ]}

BioMOBY no utiliza los estándares RDF ni OWL del W3C para sus operaciones principales . Esto se debe, en parte, a que ninguno de estos estándares era estable en 2001, cuando comenzó el proyecto, y en parte a que la compatibilidad de las bibliotecas con estos estándares no era algo común en ninguno de los lenguajes más utilizados (como Perl y Java) en aquel entonces.

No obstante, el sistema BioMOBY exhibe comportamientos que solo pueden describirse como propios de la Web Semántica . La Ontología de Objetos de BioMOBY controla las estructuras de datos válidas exactamente igual que una ontología OWL define una instancia de datos RDF . Los Servicios Web de BioMOBY consumen y generan XML de BioMOBY, ^{[ 5 ]} cuya estructura está definida por la Ontología de Objetos de BioMOBY. De este modo, los Servicios Web de BioMOBY han actuado como servicios web semánticos prototípicos desde 2001, a pesar de no utilizar los estándares RDF/OWL definitivos.

Sin embargo, BioMOBY utiliza los estándares RDF/OWL desde 2006 para la descripción de sus objetos, espacios de nombres, servicios y registro. Cada vez más, estas ontologías se utilizan para controlar el comportamiento de todas las funciones de BioMOBY mediante razonadores de lógica difusa.

Existen varias aplicaciones cliente que permiten buscar y explorar el registro de servicios de BioMOBY. Una de las más populares es el entorno de desarrollo Taverna, creado como parte del proyecto MyGrid . El primer cliente de BioMOBY fue Gbrowse Moby, ^{[ 6 ]} escrito en 2001 para permitir el acceso a la versión prototipo de los servicios de BioMOBY. Gbrowse Moby, además de ser un navegador de BioMOBY, ahora funciona en conjunto con el entorno de desarrollo Taverna para crear flujos de trabajo SCUFL que reflejan la sesión de navegación de Gbrowse Moby y que luego pueden ejecutarse en un entorno de alto rendimiento. El applet Seahawk también permite exportar el historial de la sesión como un flujo de trabajo de Taverna, lo que constituye una funcionalidad de programación por ejemplo . ^{[ 7 ]}

El cliente Ahab es una herramienta de minería de datos totalmente automatizada. ^{[ 4 ]} Dado un punto de partida, descubrirá y ejecutará todos los servicios posibles de BioMOBY y proporcionará los resultados en una interfaz interactiva.

• Fundación Abierta de Bioinformática
• SADI, el marco de descubrimiento e integración semántica automatizada

• Gordon, Paul MK; Sensen, Christoph W. (18 de junio de 2007). "Seahawk: más allá del HTML en el análisis bioinformático basado en la web" . BMC Bioinformatics . 8 (1): 208. doi : 10.1186/1471-2105-8-208 . ISSN 1471-2105 . PMC 1906838. PMID 17577405 .   

• Sitio web oficial de BioMOBY
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