Hispanopedia WikiEl biopanning es una técnica de selección por afinidad que selecciona péptidos que se unen a un objetivo determinado . [ 1 ] Todas las secuencias de péptidos obtenidas mediante biopanning utilizando bibliotecas de péptidos combinatorias se han almacenado en una base de datos especial de acceso libre llamada BDB . [ 2 ] [ 3 ] Esta técnica también se utiliza a menudo para la selección de anticuerpos .
El biopanning implica 4 pasos principales para la selección de péptidos. [ 4 ] El primer paso es tener bibliotecas de presentación de fagos . Esto implica insertar segmentos de genes extraños deseados en una región del genoma del bacteriófago , de modo que el producto peptídico se mostrará en la superficie del virión del bacteriófago. Los más utilizados son los genes pIII o pVIII del bacteriófago M13 . [ 5 ] El siguiente paso es el paso de captura. Implica conjugar la biblioteca de fagos al objetivo deseado. Este procedimiento se denomina panning. Utiliza las interacciones de unión de modo que solo los péptidos específicos presentados por el bacteriófago se unan al objetivo. Por ejemplo, seleccionar anticuerpos presentados por bacteriófagos con antígeno recubierto en placas de microtitulación.
Tras la captura, se realiza el lavado para eliminar los fagos no unidos a la superficie sólida. Solo se conservan los fagos unidos con alta afinidad. El último paso consiste en la elución, donde los fagos unidos se liberan mediante cambios de pH u otras condiciones ambientales.
El resultado es que los péptidos producidos por los bacteriófagos son específicos. Los fagos filamentosos resultantes pueden infectar nuevamente bacterias gramnegativas para generar bibliotecas de fagos. Este ciclo puede repetirse muchas veces, dando como resultado péptidos que se unen con gran afinidad a la bacteria diana.
Referencias
- ↑ Ehrlich GK, Berthold W y Bailon P. Tecnología de visualización de fagos. Selección por afinidad mediante bioprospección. Métodos en biología molecular. 2000. 147:195-208
- ^ Él, Bifang; Chai, Guoshi; Duan, Yaocong; Yan, Zhiqiang; Qiu, Liuyang; Zhang, Huixiong; Liu, Zechun; Él, Qiang; Han, Ke (4 de enero de 2016). «BDB: banco de datos de biopanning» . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D1127-1132. doi : 10.1093/nar/gkv1100 . ISSN 1362-4962 . PMC 4702802 . PMID 26503249 .
- ^ Huang, J; Frotar; Zhu, P; Nie, F; Yang, J; Wang, X; Dai, P; Lin, H; Guo, FB; Rao, N (3 de noviembre de 2011). "MimoDB 2.0: una base de datos mimotope y más allá" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (1): D271–7. doi : 10.1093/nar/gkr922 . PMC 3245166 . PMID 22053087 .
- ↑ Mandecki W, Chen YC y Grihalde N. Un modelo matemático para la selección por afinidad (biopanning) utilizando bibliotecas de péptidos en fagos filamentosos. Journal of theoretical biology . 1995. 176:523-530
- ↑ Smith GP y Scott JK. Bibliotecas de péptidos y proteínas presentadas en fagos filamentosos . Methods in Enzymology . 1993. 217:228-257
- Métodos bioquímicos