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Articulo de referencia

BitterDB

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BitterDB es una base de datos de compuestos que, según se ha informado, tienen sabor amargo para los humanos. [ 1 ] El objetivo de la base de datos BitterDB es recopilar información sobre compuestos naturales y sintéticos de sabor amargo, y sus receptores del gusto amargo correspondientes (T2R o TAS2R ). [ 2 ]

Resumen

La base de datos BitterDB incluye más de 670 compuestos que, según se ha informado, tienen un sabor amargo para los humanos. Estos compuestos se pueden buscar por nombre, estructura química , similitud con otros compuestos amargos, asociación con un receptor específico del gusto amargo en humanos y otras propiedades. La base de datos también contiene información sobre mutaciones en los receptores del gusto amargo que influyen en la activación de dichos receptores por parte de los compuestos amargos.

Descripción general de la base de datos

Compuestos amargos

Ejemplos de búsqueda de compuestos amargos en BitterDB

BitterDB contiene actualmente más de 670 compuestos citados en la literatura como amargos. Para cada compuesto, la base de datos ofrece información sobre sus propiedades moleculares, referencias sobre su amargor, incluyendo información adicional sobre la categoría de amargor (por ejemplo, una anotación "agridulce" o "ligeramente amargo"), diferentes identificadores de compuestos ( SMILES , número de registro CAS , nombre sistemático IUPAC ), una indicación de si el compuesto es de origen natural o sintético, un enlace a la entrada del compuesto en PubChem y diferentes formatos de archivo para su descarga (sdf, imagen, smiles). Más de 200 compuestos amargos se han vinculado experimentalmente con sus receptores del gusto amargo humanos correspondientes. Para estos compuestos, BitterDB proporciona información adicional, incluyendo enlaces a las publicaciones que indican estas interacciones ligando-receptor, la concentración efectiva para la activación del receptor y/o el valor EC50 , y enlaces a las entradas de los receptores del gusto amargo asociados en BitterDB.

Consultas y navegación

Los compuestos amargos se pueden consultar y explorar de diversas maneras. Por ejemplo, la opción de "búsqueda avanzada" permite al usuario recuperar compuestos que cumplan con distintos criterios, como una combinación de propiedades físicas específicas o una combinación de receptores del gusto amargo asociados. Además de las opciones de consulta, el usuario puede explorar una tabla ordenable con todos los compuestos de BitterDB.

Receptores del gusto amargo

BitterDB contiene datos sobre los 25 receptores del gusto amargo humanos conocidos. Se muestran varias propiedades para cada receptor. Los receptores del gusto amargo se pueden buscar utilizando diferentes criterios: nombre, ligandos conocidos y número de acceso UniProt . Mediante una tabla que presenta todos los receptores del gusto amargo y cierta información sobre ellos, el usuario puede explorar y ordenar por diversas opciones, como el número de ligandos amargos asociados al receptor.

Servicio BLAST local y alineación global

BitterDB ofrece dos funciones adicionales: un servicio BLAST local para determinar la similitud local entre una secuencia de consulta y los diferentes receptores del gusto amargo humanos, y una alineación global de los 25 receptores del gusto amargo humanos. La alineación se generó utilizando ClustalW2 y muestra la estructura secundaria de cada receptor, según lo predicho por el servidor TOPCONS.

Carga de compuestos

BitterDB ofrece la opción de «subir datos», donde se anima a los usuarios a enviar información sobre compuestos amargos. Estos datos serán revisados ​​por los autores y, posteriormente, se añadirán a la base de datos. Los usuarios pueden suscribirse a la lista de correo para recibir actualizaciones de la base de datos.

Ejemplos

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Wiener, Ayana; Shudler Marina; Levit Anat; Niv Masha Y (enero de 2012). "BitterDB: una base de datos de compuestos amargos" . Nucleic Acids Res . 40 (número especial sobre bases de datos). Inglaterra: D413–9. doi : 10.1093/nar/gkr755 . PMC 3245057. PMID 21940398 .  
  2. ↑ "BitterDB" . BitterDB . Consultado el 14 de febrero de 2022 .
  • https://bitterdb.agri.huji.ac.il/
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