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Articulo de referencia

Estructura de datos de imágenes cerebrales

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La Estructura de Datos de Imágenes Cerebrales ( BIDS ) es un estándar para organizar, anotar y describir los datos recopilados durante experimentos de neuroimagen . Se basa en una estructura formalizada de archivos y directorios, y en archivos de metadatos (basados ​​en JSON y TSV ) con vocabulario controlado . [ 2 ] Este estándar ha sido adoptado por multitud de laboratorios de todo el mundo, así como por bases de datos como OpenNeuro , SchizConnect, Developing Human Connectome Project y FCP-INDI, y su uso se está extendiendo a un número creciente de estudios. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]

Aunque originalmente se especificó para datos de resonancia magnética , BIDS se ha extendido a varias otras modalidades de imágenes, como MEG , [ 6 ] EEG , [ 7 ] y EEG intracraneal [ 8 ] (véase también Propuestas de extensión de BIDS ).

Historia

El proyecto es un esfuerzo impulsado por la comunidad. BIDS, originalmente OBIDS (Open Brain Imaging Data Structure), se inició durante una reunión del grupo de trabajo de intercambio de datos patrocinada por INCF (enero de 2015) en la Universidad de Stanford . Posteriormente, fue liderado y mantenido por Chris Gorgolewski . Desde octubre de 2019, el proyecto está dirigido por un Grupo Directivo [ 9 ] y mantenido por un equipo independiente de mantenedores, el Grupo de Mantenedores , según un documento de gobernanza que fue aprobado por la comunidad BIDS en una votación. BIDS ha avanzado bajo la dirección y el esfuerzo de los colaboradores, la comunidad de investigadores que aprecian el valor de estandarizar los datos de neuroimagen para facilitar su intercambio y análisis.

Propuestas de extensión del BIDS

BIDS se puede ampliar de forma retrocompatible y evoluciona con el tiempo. Esto se logra mediante Propuestas de Extensión de BIDS (BEP), que son procesos impulsados ​​por la comunidad que siguen directrices acordadas . Puede encontrar una lista completa de las BEP finalizadas y las que están en curso en el sitio web de BIDS.

Referencias

  1. ↑ Oliver-Taylor, Aaron; Li, Adam; Thomas, Adam; et  al. (12 de septiembre de 2024). "Especificación de la estructura de datos de imágenes cerebrales (BIDS)" . Zenodo. doi : 10.5281/zenodo.10175845 . Recuperado el 19 de agosto de 2025 .
  2. ↑ Gorgolewski, Krzysztof J.; Auer, Tibor; Calhoun, Vince D.; Craddock, R. Cameron; Das, Samir; Duff, Eugene P.; Flandin, Guillaume; Ghosh, Satrajit S.; Glatard, Tristan; Halchenko, Yaroslav O.; Handwerker, Daniel A.; Hanke, Michael; Keator, David; Li, Xiangrui; Michael, Zachary; Maumet, Camille; Nichols, B. Nolan; Nichols, Thomas E.; Pellman, John; Poline, Jean-Baptiste; Rokem, Ariel; Schaefer, Gunnar; Sochat, Vanessa; Triplett, William; Turner, Jessica A.; Varoquaux, Gaël; Poldrack, Russell A.; et al. (2016). "La estructura de datos de imágenes cerebrales, un formato para organizar y describir los resultados de los experimentos de neuroimagen" . Datos científicos . 3 : 160044. Bibcode : 2016NatSD...360044G . doi : 10.1038 / sdata.2016.44 . PMC 4978148. PMID 27326542 .   
  3. ↑ Poldrack, Russell A.; Congdon, Eliza; Triplett, William; Gorgolewski, Krzysztof J.; Karlsgodt, Katherine H.; Mumford, Jeanette A.; Sabb, Fred W.; Freimer, Nelson B.; London, Edythe D.; Cannon, Tyrone D.; Bilder, Robert M. (2016). " Un examen fenómico de la función neuronal y cognitiva" . Scientific Data . 3 : 160110. Bibcode : 2016NatSD...360110P . doi : 10.1038/sdata.2016.110 . PMC 5139672. PMID 27922632. S2CID 33368149 .   
  4. ↑ Bigdely-Shamlo, Nima; Makeig, Scott; Robbins, Kay A. (2016). "Preparación de datos EEG de laboratorio y del mundo real para análisis a gran escala: un enfoque en contenedores" . Frontiers in Neuroinformatics . 7 : 10. doi : 10.3389/fninf.2016.00007 . PMC 4782059. PMID 27014048 .  
  5. ^ Nichols, Thomas E.; Das, Samir; Eickhoff, Simon B; Evans, Alan C.; Glatard, Tristán; Hanke, Michael; Kriegeskorte, Nikolaus; Milham, Michael P.; Poldrack, Russell A.; Poline, Jean-Baptiste; Proal, Erika; Thirion, Bertrand; Van Essen, David C; Blanco, Tonya; Yeo, BT Thomas (2017). "Mejores prácticas en análisis e intercambio de datos en neuroimagen mediante resonancia magnética" . Neurociencia de la Naturaleza . 20 (3): 299– 303. doi : 10.1038/nn.4500 . PMC 5685169 . PMID 28230846 .  
  6. ↑ Niso, Guiomar; Gorgolewski, Krzysztof J.; Bock, Elizabeth; Brooks, Teon L.; Flandin, Guillaume; Gramfort, Alexandre; Henson, Richard N.; Jas, Mainak; Litvak, Vladimir; T. Moreau, Jeremy; Oostenveld, Robert; Schoffelen, Jan-Mathijs; Tadel, Francois; Wexler, Joseph; Baillet, Sylvain (19 de junio de 2018). "MEG-BIDS, la estructura de datos de imágenes cerebrales extendida a la magnetoencefalografía" . Scientific Data . 5 : 180110. Bibcode : 2018NatSD...580110N . doi : 10.1038/sdata.2018.110 . PMC 6007085. PMID 29917016 .  
  7. ↑ Pernet, Cyril R.; Appelhoff, Stefan; Gorgolewski, Krzysztof J.; Flandin, Guillaume; Phillips, Christophe; Delorme, Arnaud; Oostenveld, Robert (diciembre de 2019). "EEG-BIDS, una extensión de la estructura de datos de imágenes cerebrales para electroencefalografía" . Scientific Data . 6 (1): 103. Bibcode : 2019NatSD...6..103P . doi : 10.1038/ s41597-019-0104-8 . ISSN 2052-4463 . PMC 6592877. PMID 31239435 .   
  8. ^ Holdgraf, Christopher; Appelhoff, Stefan; Bickel, Stephan; Bouchard, Kristofer; D'Ambrosio, Sasha; David, Olivier; Devinsky, Orrin; Dichter, Benjamín; Flinker, Adeen; Foster, Brett L.; Gorgolewski, Krzysztof J.; Verde, Iris; Groppe, David; Gunduz, Aysegul; Hamilton, Libertad; Cariño, Christopher J.; Jas, Mainak; Caballero, Robert; Lachaux, Jean-Philippe; Lau, Jonathan C.; Lee-Messer, Christopher; Lundstrom, Brian N.; Miller, Kai J.; Ojemann, Jeffrey G.; Oostenveld, Robert; Petridou, Natalia; Piantoni, Gio; Pigorini, Andrea; Pouratian, Nader; Ramsey, Nick F.; Stolk, Arjen; Swann, Nicole C.; Tadel, François; Voytek, Bradley; Wandell, Brian A.; Winawer, Jonathan; Whitaker, Kirstie; Zehl, Lyuba; Hermes, Dora (diciembre de 2019). "iEEG-BIDS, extendiendo la especificación de la estructura de datos de imágenes cerebrales a la electrofisiología intracraneal humana" . Scientific Data . 6 (1): 102. Bibcode : 2019NatSD...6..102H . doi : 10.1038/s41597-019-0105-7 . ISSN 2052-4463 . PMC 6592874. PMID 31239438 .   
  9. ↑ "Conozca al Grupo Directivo de BIDS" . 31 de diciembre de 2019.
  • Sitio web oficial de BIDS
  • Versión HTML de la especificación BIDS
  • Fuente de la especificación BIDS en GitHub