Hélice rota

Jake conoce a una reportera llamada Sara Compton, quien le da un amplificador de enlace satelital. También le da una llave para un ascensor exprés que lleva hasta el Satlink. Instala el amplificador y el extraño hombre le habla del Proyecto Broken Helix y le da la contraseña para acceder al archivo. Jake obtiene el archivo sobre Broken Helix del Laboratorio de Nivel 3 y se lo entrega a Fitz en el Centro de Comando del Nivel 4. Black Dawn y su equipo entran al centro de comando y Fitz es asesinado. Jake se encuentra con un científico llamado Reese en el Nivel 6 y descubre por qué asesinaron a su padre. Reese lo lleva al Nivel 7, donde le muestra a Jake qué es realmente Broken Helix. "Su ADN se está desintegrando a un ritmo alarmante, causando extrañas mutaciones. Congelarlos era la única forma de detenerlos hasta que encontremos una cura".

Jack descubre que el Proyecto Hélice Rota era un experimento de guerra biológica. Extraía ADN de formas de vida alienígenas y transformaba a los humanos en híbridos alienígenas, pero un efecto secundario no intencionado hizo que los alienígenas los vieran como enemigos y, por lo tanto, los mataran. Por esta razón, el ejército quería clausurar el proyecto, ya que había ido demasiado lejos. Reese no quería que las formas de vida alienígenas murieran, así que bloqueó los ascensores del Nivel 6 para poder encontrar una cura que revirtiera los efectos de Hélice Rota. Puso a los alienígenas en un sueño criogénico, ya que Hélice Rota provocaba que su ADN se desintegrara y se convirtieran en híbridos mutantes. El padre de Jake había encontrado esta cura y fue asesinado por ello.

A Jake le ordenan que consiga un dispositivo de campo de fuerza del Nivel 10, que se lo lleve a Reese y a un alienígena vivo, y que coloque un explosivo en un droide reactor de fusión en el Nivel 9. El alienígena le da a Jake una parte de un arma alienígena. El alienígena le dice a Jake que cuando esta arma se combine con un componente orgánico, puede penetrar la armadura hecha a medida que hace invencibles a Black Dawn y a su tripulación. Sin embargo, alguien deja entrar a Black Dawn al Nivel 6 y Jake tiene que activar un teletransportador para que las formas de vida alienígenas puedan escapar. Jake mata a tres de los marines restantes, ya que dos murieron en su camino hacia el Nivel 6. Jake coloca los explosivos y él y Reese bajan al Nivel 10 para activar el droide. Se dirigen al otro lado del nivel para activar un dispositivo de campo de fuerza para contener la explosión. En su camino, se encuentran con Black Dawn y un traidor llamado Jenkins. Jake hace explotar a Black Dawn con el otro detonador y activan el dispositivo de campo de fuerza en una nave alienígena. Jenkins se reúne con los dos en la nave y Jake descubre que él fue quien mató a su padre. Jenkins deja inconsciente a Reese y la reina alienígena se lo come vivo. Jake mata a la reina alienígena. Jake y Reese se alejan del campo de fuerza para evitar ser destruidos junto con los alienígenas.

Jake y Reese salen de la base y se topan con un sargento. El extraño les da nuevas órdenes para que los dejen ir y Jake es evacuado. Jake y su esposa se retiran. En cuanto a Reese, desapareció dos días después del incidente del Área 51 y Jake nunca más lo volvió a ver.

Si Jake se desvía de la trama 1, obtiene una tarjeta de acceso morada de un científico aturdido en el Nivel 3. La usa para abrir una de las cámaras de observación, habla con uno de los híbridos y recibe otra llave con forma de llama azul. Jake la usa para activar las válvulas de gas e impedir que los híbridos mueran por el virus Goliat, y un híbrido le da un diamante azul como recompensa. Sin embargo, los humanos aún pueden morir por el virus con las válvulas de gas activadas, ya que estas fueron diseñadas para que los híbridos pudieran respirar dentro de las cámaras de observación.

En el Nivel 8, Jake entra en un pasaje lateral y usa este diamante para acceder a una habitación. La reina alienígena se comunica telepáticamente con Jake y le dice que necesita su ayuda, y que Reese la desterró al inframundo del Área 51. Él usa la gema en un pilar y se transforma en un híbrido con forma de araña. Una puerta se abre de golpe y un grupo de marines son liberados. La reina alienígena le ordena a Jake que consiga que un guerrero alienígena lo siga hasta su nave (ella quiere ir a su planeta natal, y el guerrero tiene las coordenadas). En el camino, se encuentra con Black Dawn y Psyches, un comandante de los marines y compañero de Black Dawn. Psyches lleva una armadura azul que no se ve en las otras tramas. Jake los mata, continúa su camino y entra en la nave con el guerrero alienígena.

La reina alienígena insiste en que Jake la acompañe para que no lo maten. Jake ayuda a pilotar la gigantesca nave y se prepara para su nueva vida.

Si Jake fracasa en este plan, la reina alienígena dirá que ya no le sirve y destruirá la Tierra con su OVNI.

Al principio de la trama 1, Jake puede desviarse a la trama 3 hablando con Sara después de que el hombre extraño le diga que no la lleve a conocer a Fitz. Si habla con Sara, ella le cuenta que tenía previsto entrevistar a Fitz, pero su camarógrafo, Robert, murió de camino al centro de mando en el Nivel 5 (el escondite de Fitz). Jake debe acompañar a Sara al Nivel 5 para que se encuentre con Fitz. En el camino, en el Nivel 3, se encuentran con un virus de gas verde llamado "Goliath", donde Jake y Sara deben encontrar pastillas de antídoto con la ayuda de un robot de mantenimiento.

Jake y Sara se reúnen con Fitz para la entrevista. En directo por televisión, Fitz muestra una cinta VHS de uno de los híbridos con aspecto de araña, quien luego asesina brutalmente a un grupo de tres científicos. La grabación se corta justo cuando el híbrido está a punto de matar al tercer científico. Como informante que conocía la verdad sobre el Área 51, Fitz sintió la necesidad de revelar al mundo el Proyecto Hélice Rota y lo explica detalladamente en televisión, tal como Reese le explicó a Jake en el primer episodio.

Black Dawn y su equipo se acercan al Nivel 5, y Jake, Sara, Fitz y un científico huyen a través del almacén subterráneo del centro de mando hacia los túneles de la mina en el Nivel 5. Fitz le da a Jake una llave del robot de guerra. Jake debe usar el robot para distraer a Black Dawn y su equipo, de modo que Fitz, Sara y el científico tengan tiempo suficiente para escapar a las minas, donde hay un túnel de escape. Después de eso, Jake necesita esconderse el tiempo suficiente para despistar a Black Dawn, lo que le dará la oportunidad de llegar a los pozos de la mina.

Fitz, Sara y el científico esperan junto a una plataforma de perforación, al lado de la barrera eléctrica que bloquea los túneles de escape. Fitz le ordena a Jake que desactive la barrera de la mina con un explosivo C4. Al igual que en la trama 1, Jake debe bajar hasta el nivel 10 para encontrar la fuente de energía de la barrera. Tras colocar el C4, se le ordena a Jake que regrese a los túneles de la mina en el nivel 5.

Con Fitz, Sara y el científico en la plataforma de perforación, Jake salta a la parte superior y el C4 se detona automáticamente para destruir la barrera eléctrica. Mientras la plataforma avanza por los túneles, Jake tiene que eliminar a todos los marines en las plataformas superiores, quienes esperaban que Fitz escapara por los túneles de la mina. Tras una dura batalla, Jake y su equipo llegan a la superficie, donde les espera un helicóptero de escape.

En la escena final, Fitz le da a Jake un pasaporte y una nueva identificación para que él y su esposa (cuyo nombre no se menciona en el juego) se reúnan en París. Jake, Fitz, Sara y un grupo de científicos suben juntos al helicóptero. Durante el vuelo, Jake reflexiona sobre lo poco que sabe del Área 51 y sobre cómo la historia de Fitz le resulta inquietante. También se pregunta qué ocurre en los niveles inferiores del Área 51, en ese mundo subterráneo alienígena, y añade: «Quizás nunca lo sepa».

Un avión militar dispara contra el helicóptero de Fitz, matando a Jake y a todos los demás a bordo. El hombre extraño observa desde la entrada del Área 51, diciendo: "Había una forma mejor...".

Si Jake se niega a detonar una de las dos bombas y va directamente al Nivel 3, las cámaras de seguridad lo detectan y Fitz hace explotar los dos primeros niveles de la base. Fitz grita: "¡No más tratos! ¡El Proyecto Hélice Rota será destruido!" y cuando un científico le dice: "¡No, espera!", Fitz grita y detona la(s) bomba(s).

Black Dawn, Sweetie y el marine sin nombre mueren, y los niveles 1 y 2 quedan inaccesibles. Tonka, Frick y Frack logran sobrevivir. Tonka, a través del enlace de comunicación, se comunica con Jake, preguntándole si hay algún marine en el nivel 3 y que él y su equipo esperarían junto a las puertas del ascensor. Al encontrarse con Tonka, Jake recibe las siguientes órdenes que Black Dawn les había dado:

Mata a todos los científicos en los niveles 1-8, incluyendo a Fitz, y destruye el Centro de Comando en el nivel 5. Después de una búsqueda exhaustiva en cada nivel, activa a los exterminadores. Ellos se encargarán de cualquier cabo suelto. Burton (Jake) está armado y es peligroso. Mátalo en cuanto lo veas. Una reportera fue vista por última vez en el nivel 2, asegúrate de destruir cualquier grabación de cámara y elimínala. Borra los archivos de Broken Helix en el laboratorio del nivel 3 y mata a todos los híbridos en el nivel 3. El agente dentro del nivel 6 te dará acceso al laboratorio médico. Destruye el laboratorio médico, a Reese y sus hombres, y a todos los sujetos de prueba dentro de las cámaras criogénicas. El agente te dará órdenes adicionales.

Tonka le dice a Jake que "no sabemos quién es Burton", y Jake le miente diciéndole: "He oído hablar de él, está armado y es bastante peligroso". Luego, Jake tiene que permanecer cerca de Tonka todo el camino hacia el Centro de Mando, donde hay un desafío de "Máxima Muerte" en el que Jake tiene que matar a todos antes que Tonka para demostrar su deslealtad. Al llegar a la entrada del Nivel 5, Tonka le ordena a Jake que se separe del grupo para encontrar la tarjeta amarilla.

Incluso antes de conocer a Tonka, Jake puede explorar los niveles 3, 4 y 5 para recoger objetos y conseguir la tarjeta amarilla cuanto antes. También puede eliminar a todos los enemigos en estos niveles para facilitar el desafío del "Medidor de Muertes".

Jake y Tonka llegan al Nivel 6 y se encuentran con una barrera de campo de fuerza que Jenkins abre para ellos. Cuando Jenkins le dice a Jake que le resulta familiar y le pregunta su nombre delante de Tonka, Jake miente y le dice que se llama Hudson. Entonces Jake tiene que escoltar a Jenkins hasta el Nivel 7, mientras tanto Tonka mata a todos los científicos del Nivel 6. Dentro del Nivel 7, el trío se encuentra con Reese. Reese les ruega que no lo maten a él ni a las formas de vida alienígenas en las cámaras criogénicas, pero Reese muere de todos modos. Tras su muerte, las formas de vida alienígenas flotan en el aire y el trío debe acabar con todas ellas, mientras Jake tiene que proteger a Jenkins de sus ataques de orbes.

Tras matar a todos los alienígenas, Psyches llama a Jenkins y le dice que enviará a todos sus marines a bombardear el Área 51. Jenkins desactiva el campo de fuerza que rodea el Área 51. Jake, Tonka y Jenkins salen del Área 51, y el Sargento está furioso con Jake por desobedecer sus órdenes de desactivar las bombas. Jenkins defiende a Jake para evitar que lo sometan a un consejo de guerra. Mientras abordan un helicóptero solitario, Jake narra cómo se arrepiente de haberles arrebatado la vida a los alienígenas. Jenkins le dice al Sargento que Jake "era un buen marine", mientras que el Sargento se queja de que Jake es "un tipo impulsivo como su padre".

Se coloca una bomba secretamente debajo del helicóptero de Jake mientras está a bordo, matándolo. Al igual que en la trama 2, el hombre extraño observa desde la entrada del Área 51, diciendo: "Había una forma mejor...".