C11orf86

El gen C11orf86 se localiza en el brazo largo del cromosoma 11, en la región 11q13.2. Consta de 1732 pares de bases y se encuentra en la cadena positiva. Entre los genes vecinos de C11orf86 se incluyen el gen no caracterizado LOC105369355, el microARN 6860, el microARN 3163, la sinaptotagmina 12, el miembro D de la familia de homólogos de Ras y la piruvato carboxilasa . ^{[ 7 ]}

El programa ElDorado, de Genomatix, identificó la región promotora de C11orf86 en la cadena positiva desde 66974707 hasta 66975464, para una longitud total de 758 pares de bases. ^{[ 8 ]}

C11orf86 parece expresarse principalmente en el tracto gastrointestinal . ^{[ 9 ]} Su expresión se produce en la ascitis , el intestino, el estómago , los tumores gastrointestinales y en tejidos no neoplásicos. ^{[ 10 ]}

Según AceView, la transcripción del gen produce tres ARNm diferentes , dos de los cuales son variantes de empalme alternativo , mientras que el tercero es una forma no empalmada. ^{[ 11 ]} Las tres variantes podrían codificar proteínas funcionales . El transcrito utilizado en este artículo consta de dos exones , con un total de 1185 pares de bases, y tiene el número de referencia NM_001136485.1. ^{[ 12 ]}

La proteína C11orf86 tiene una longitud de 115 aminoácidos . ^{[ 6 ]} El peso molecular de C11orf86 es de 13,2 kdal. ^{[ 13 ]} Se predice que su punto isoeléctrico es 11,9. ^{[ 14 ]}

1 MGTGLRSQSL REPRPSYGKL QEPWGRPQEG QLRRALSLRQ GQEKSRSQGL ERGTEGPDAT 61 AQERVPGSLG DTEQLIQAQR RGSRWWLRRY QQVRRRWESF VAIFPSVTLS QPASP 

La mayor parte de la proteína C11orf86 está compuesta por arginina (15,7 %), glutamina (12,2 %), serina (10,4 %), glicina (10,4 %) y leucina (9,6 %). No se encuentran residuos de cisteína , histidina ni asparagina en esta proteína. ^{[ 13 ]}

A: 6 (5,2%); C: 0 (0,0%); D: 2 (1,7%); E: 9 (7,8%); F: 2 (1,7%) G: 12 (10,4%); H: 0 (0,0%); I: 2 (1,7%); K: 2 (1,7%); L: 11 (9,6%) M: 1 (0,9%); N: 0 (0,0%); P: 9 (7,8%); Q: 14 (12,2%); R: 18 (15,7%) S: 12 (10,4%); T: 5 (4,3%); V: 4 (3,5%); W: 4 (3,5%); Y: 2 (1,7%) 

El gen C11orf86 no presenta grupos de carga positiva, negativa o mixta. Sin embargo, se observa una mayor presencia de arginina , que tiene carga positiva.

1 00000+0000 +-0+0000+0 0-000+00-0 00++0000+0 00-+0+0000 -+00-00-00 61 00-+000000 -0-000000+ +00+000++0 000+++0-00 0000000000 00000 

Esta proteína forma parte de la superfamilia DUF4633. Las proteínas que pertenecen a esta familia suelen tener entre 94 y 123 aminoácidos de longitud. ^{[ 15 ]} Este dominio se encuentra en bacterias , virus , hongos , plantas , insectos , reptiles , aves y mamíferos . ^{[ 16 ]}

Se predice que C11orf86 tiene nueve posibles sitios de fosforilación , de los cuales ocho son serina y uno es treonina . ^{[ 17 ]} También se predice que tiene diez sitios de glicosilación O-ligada . ^{[ 18 ]}

C11orf86 está compuesto principalmente por hélices aleatorias y hélices alfa . ^{[ 19 ] [ 20 ]}

Se predice que esta proteína es una proteína nuclear . ^{[ 21 ]} Parece haber una secuencia de localización nuclear bipartita que comienza en la posición 80. ^{[ 22 ]}

La proteína C11orf86 se conserva en mamíferos , y sus ortólogos se pueden rastrear fácilmente hasta marsupiales , monotremas y reptiles . No parecen existir ortólogos de C11orf86 en plantas , hongos , peces , anfibios ni aves . No hay parálogos de C11orf86. La tabla a continuación muestra algunos ortólogos que se encontraron mediante BLAST . ^{[ 23 ]} Las fechas de divergencia se obtuvieron de TimeTree , utilizando la estimación del tiempo molecular medio. ^{[ 24 ]}