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Articulo de referencia

CAZy

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CAZy es una base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZymes). [ 1 ] [ 2 ] La base de datos contiene una clasificación e información asociada sobre las enzimas involucradas en la síntesis, el metabolismo y el reconocimiento de carbohidratos complejos , es decir , disacáridos , oligosacáridos , polisacáridos y glicoconjugados . Se incluyen en la base de datos familias de glicósido hidrolasas , [ 3 ] glicosiltransferasas , [ 4 ] polisacárido liasas , [ 5 ] carbohidrato esterasas , [ 6 ] y módulos de unión a carbohidratos no catalíticos . [ 7 ] La base de datos CAZy también incluye una clasificación de enzimas redox de actividad auxiliar involucradas en la degradación de la lignocelulosa . [ 8 ]

CAZy se estableció en 1999 con el fin de proporcionar acceso en línea y constantemente actualizado a la clasificación de familias de CAZimas basada en secuencias de proteínas , [ 1 ] que se desarrolló originalmente a principios de la década de 1990 para clasificar las hidrolasas de glicósidos . [ 9 ] Se agregan nuevas entradas poco después de que aparecen en las versiones diarias de GenBank . La rápida evolución de la secuenciación de ADN de alto rendimiento ha dado como resultado el continuo crecimiento exponencial de la base de datos CAZy, [ 1 ] [ 2 ] [ 9 ] que ahora cubre cientos de miles de secuencias. [ 10 ] CAZy continúa siendo curado y desarrollado por el grupo de Glicogenómica en AFMB, un centro de investigación afiliado al Centro Nacional Francés de Investigación Científica y a la Universidad de Aix-Marsella . [ 11 ] [ 12 ]

La base de datos CAZy está vinculada con CAZypedia , que se lanzó en 2007 como una enciclopedia de CAZymes basada en wiki , impulsada por la comunidad de investigación. [ 13 ]

Clasificación

CAZy identifica familias evolutivamente relacionadas de glicosil hidrolasas utilizando la clasificación introducida por Bernard Henrissat. [ 3 ] [ 9 ] [ 14 ] A estas familias se les asigna un número para identificarlas, por ejemplo, la familia 1 de glicosil hidrolasas contiene enzimas que poseen un plegamiento de barril TIM . Estas familias se agrupan en 14 clanes diferentes que comparten similitud estructural. CAZy contiene 94 familias de enzimas glicosil transferasas, [ 4 ] 22 familias de liasas de polisacáridos [ 5 ] y 16 familias de carbohidrato esterasas.

Referencias

  1. 1 2 3 4 Lombard, V.; Golaconda Ramulu, H.; Drula, E.; Coutinho, PM; Henrissat, B. (2014). "La base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZy) en 2013" . Nucleic Acids Research . 42 (D1): D490– D495. doi : 10.1093 / nar/gkt1178 . PMC 3965031. PMID 24270786 .  
  2. 1 2 Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (enero de 2009). " La base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZy): un recurso experto para la glucogenómica" . Nucleic Acids Res . 37 (número especial de bases de datos): D233–8. doi : 10.1093/nar/gkn663 . PMC 2686590. PMID 18838391 .  
  3. 1 2 Henrissat, B.; Davies, G. (1997). "Clasificación estructural y basada en secuencias de las glicósido hidrolasas". Current Opinion in Structural Biology . 7 (5): 637– 644. doi : 10.1016/S0959-440X(97)80072-3 . PMID 9345621 . 
  4. 1 2 Coutinho, PM; Deleury, E.; Davies, GJ; Henrissat, B. (2003). "Una clasificación jerárquica evolutiva de familias de glicosiltransferasas". Journal of Molecular Biology . 328 (2): 307– 317. doi : 10.1016/S0022-2836(03)00307-3 . PMID 12691742 . 
  5. 1 2 Lombard, V.; Bernard, T.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Coutinho, PM; Henrissat, B. (2010). "Una clasificación jerárquica de liasas de polisacáridos para glucogenómica" . Biochemical Journal . 432 (3): 437– 444. doi : 10.1042/BJ20101185 . PMID 20925655 . 
  6. ↑ Nakamura, Aline M.; Nascimento, Alessandro S.; Polikarpov, Igor (2017). "Diversidad estructural de las esterasas de carbohidratos" . Biotechnology Research and Innovation . 1 (1): 35– 51. doi : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .
  7. ↑ Armenta, Silvia; Moreno-Mendieta, Silvia; Sánchez-Cuapio, Zaira; Sánchez, Sergio; Rodríguez-Sanoja, Romina (2017). "Avances en ingeniería molecular de módulos de unión a carbohidratos". Proteínas . 85 (9): 1602–1617 . doi : 10.1002/prot.25327 . PMID 28547780 . S2CID 26493197 .  
  8. ↑ Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (marzo de 2013). "Expansión del repertorio enzimático de la base de datos CAZy para integrar enzimas redox auxiliares" . Biotechnol Biofuels . 6 (1): 41. Bibcode : 2013BB......6...41L . doi : 10.1186/1754-6834-6-41 . PMC 3620520. PMID 23514094 .  
  9. 1 2 3 Davies GJ, Sinnott ML (2008). "Clasificando lo diverso: Las clasificaciones basadas en secuencias de enzimas activas en carbohidratos" (PDF) . The Biochemist . 30 (4): 26– 32. doi : 10.1042/BIO03004026 .
  10. ↑ Las estadísticas actuales están disponibles en cadapágina de la sección Glycoside Hydrolase Archived 2014-08-10 en Wayback Machine , Glycosyltransferase , Polysaccharide Lyase , Carbohydrate Esterase , Auxiliary-Activity Archived 2013-10-30 en Wayback Machine y Carbohydrate-Binding Module .
  11. ↑ "Acerca de" . CAZy.org . Consultado el 3 de septiembre de 2014 .
  12. ↑ "AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV" . www.afmb.univ-mrs.fr . Consultado el 3 de septiembre de 2014 .
  13. ↑ Consorcio CAZypedia (2018). "Diez años de CAZypedia : una enciclopedia viva de enzimas activas sobre carbohidratos" . Glycobiology . 28 (1): 3–8 . doi : 10.1093/glycob/cwx089 . hdl : 21.11116/0000-0003-B7EB-6 . PMID 29040563 . 
  14. ↑ Henrissat, B. (1991). " Una clasificación de las glicosil hidrolasas basada en las similitudes de la secuencia de aminoácidos" . The Biochemical Journal . 280 (Pt 2): 309–316 . doi : 10.1042/bj2800309 . PMC 1130547. PMID 1747104 .  
  • "CAZy - Base de datos de enzimas activas en carbohidratos" . Arquitectura y función de macromolécules biológicas, CNRS, Université de Provence Université de la Méditerranée.
  • "CAZypedia" . La enciclopedia de las enzimas activas sobre carbohidratos .