CCDC142

CCDC142 no tiene parálogos en Homo sapiens.

A continuación se muestra una tabla con varios ortólogos de CCDC142 cuya identidad de secuencia proteica se comparó con la secuencia de aminoácidos de la proteína Homo sapiens . CCDC142 tiene más del 73 % de similitud de aminoácidos en mamíferos , pero está menos conservada en otros vertebrados e invertebrados . ^{[ 9 ]}

CCDC142 está estrechamente relacionado en mamíferos, moluscos y anfibios , reptiles y aves , y en peces . ^{[ 9 ]} El gen CCDC142 se remonta a Drosophila melanogaster , que se separó del linaje humano hace 847 millones de años. CCDC142 ha mutado a una tasa mayor que el citocromo C (una proteína altamente conservada) y el fibrinógeno A (una proteína que muta rápidamente). Esto indica que CCDC142 es un gen que muta rápidamente con una tasa creciente de mutación (es decir, evolución) a lo largo del tiempo.

La isoforma principal de la proteína CCDC142 tiene una longitud de 743 aminoácidos y la segunda isoforma tiene una longitud de 665 aminoácidos. La diferencia de longitud se debe exclusivamente a los aminoácidos que faltan en el extremo C-terminal de la isoforma 2. ^{[ 5 ]}

CCDC142 Traducción conceptual

Leyenda de traducción conceptual CCDC142

El dominio de hélice enrollada predicho de CCDC142 se encuentra entre los aminoácidos 308 y 719. ^{[ 6 ]} También está presente un motivo RINT1_TIP1 entre los aminoácidos 490 y 621. RINT1_TIP1 es una familia que incluye RINT-1 (una proteína involucrada en el control del punto de control inducido por radiación) y TIP-1 (una proteína de levadura involucrada en el transporte del Golgi ). ^{[ 8 ]} Los ~250 aminoácidos adicionales encontrados en las proteínas ortólogas distantes CCDC142 no se encuentran en el genoma de Homo sapiens en el gen CCDC142 cercano.

Se predice que CCDC142 tiene 6 sitios de fosforilación , 4 sitios de metilación , 1 sitio de palmitoilación , 1 sitio de sumoilación y 1 señal de localización nuclear débil . ^{[ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]} Estas modificaciones indican que CCDC142 se localiza en el núcleo y el citosol . Consulte la Traducción Conceptual para obtener las anotaciones de estos sitios en la proteína.

La estructura secundaria de CCDC142 contiene solo hélices α , como predicen los programas Quick2D y Phyre2. ^{[ 15 ] [ 16 ]} Se predice que CCDC142 contiene ocho hélices α conservadas , seis de las cuales se encuentran en la región de hélice enrollada de la proteína. ^{[ 15 ] [ 16 ]} La estructura terciaria predicha de CCDC142 contiene un gran dominio de hélice enrollada desde los aminoácidos 308–719. ^{[ 6 ] [ 17 ]}

La región promotora de CCDC142 se identificó mediante el programa El Dorado de Genomatix y abarca las bases 74482896–74483908 en el cromosoma 2. ^{[ 18 ]} Esta región de 1013 pb se extiende desde 1071–58 pb aguas arriba del codón de inicio de CCDC142. ^{[ 18 ]} Existe una región en el promotor que se une a un gran número de factores de transcripción tipo Krueppel y proteínas de dedo de zinc BED . ^{[ 18 ]} Esta región no presenta polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). ^{[ 19 ]} Muchos de los factores de transcripción que se unen a la región promotora de CCDC142 tienen funciones relacionadas con la supresión de tumores, la neurogénesis , el daño al ADN y la fotorrecepción . ^{[ 18 ]} Esta región promotora también contiene una caja TATA LTR de tipo C de mamíferos que se superpone con el sitio de inicio de la transcripción del gen. ^{[ 18 ]}

Varias proteínas de unión a ARN se unen tanto a las regiones no traducidas 3' como 5' (UTR) del ARNm de CCDC142. Los sitios de unión de las proteínas PABPC1 y RBMX se presentan con alta frecuencia en la región 3' UTR, con 49 y 21 sitios respectivamente. ^{[ 20 ]}

• Expresión de CCDC142 en el Atlas del Cerebro Humano de Allen
• 
  Vista lateral Rojo = Baja expresión ¹¹
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  Vista frontal Verde = Alta expresión ¹¹

Arriba se muestran los datos de expresión del Atlas del Cerebro Humano de Allen sobre CCDC142, donde el rojo indica una expresión menor y el verde una expresión mayor. ^{[ 21 ]} En el cerebro de Homo sapiens , se encontró que CCDC142 se expresa en niveles bajos en la corteza cerebelosa , el tálamo y el hipotálamo . CCDC142 también se expresa en niveles altos en la sustancia negra , el puente , el claustro y el mesencéfalo . ^{[ 21 ]} También hay una expresión relativamente mayor de CCDC142 en la boca y el timo . ^{[ 22 ]}

• Datos de expresión geográfica del NCBI
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  Experimento de eliminación de MEKK 2/3 ¹³
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  ^{Experimento 13} sobre daño miocárdico
• 
  Experimento de sobreexpresión de SNAI ¹³

Los datos de expresión experimental anteriores muestran muchos hallazgos posibles para CCDC142. ^{[ 23 ]} La sobreexpresión de SNAI1 , una proteína de dedo de zinc , se correlaciona con la reducción de la expresión de CCDC142 en Homo sapiens . ^{[ 24 ]} Un ratón Mus musculus knockout de MEKK 2/3, que ayuda a regular la diferenciación de las células T auxiliares , también mostró una expresión reducida de CCDC142. ^{[ 25 ]} Otro experimento con Mus musculus centrado en la cardiomiopatía en ratones mostró niveles más bajos de CCDC142 en ratones con células miocárdicas dañadas . ^{[ 24 ]}

CCDC142 tiene una distribución de aminoácidos relativamente típica en comparación con otras proteínas de Homo sapiens . ^{[ 9 ]} Sin embargo, se observan algunas variaciones entre los ortólogos. ^{[ 9 ]} La leucina está presente en grandes cantidades en relación con otras proteínas (más del 15 % de la proteína) y la asparagina está presente en bajas cantidades en relación con otras proteínas (menos del 0,7 % de la proteína). ^{[ 9 ]}

El dominio de hélice enrollada y el motivo RINT1_TP1 de CCDC142 contienen mayores cantidades de leucina en relación con el resto de la proteína (en más del 16,6 % de la región), mayores cantidades de glutamina (en más del 8,4 % de la región) y cantidades igualmente bajas de asparagina (en menos del 0,7 % de la región). ^{[ 9 ]}

No se han encontrado interacciones proteicas para CCDC142.

La ganancia de número de copias en los loci CCDC142, que incluyen otros 25 genes, mostró un fenotipo de retraso del desarrollo y fenotipos morfológicos o del desarrollo significativos. ^{[ 26 ]} Un resultado con una pérdida de número de copias en los loci CCDC142, que incluyen otros 29 genes, mostró fenotipos de baja estatura, forma facial anormal, retraso en el desarrollo del habla y del lenguaje, superposición de dedos del pie, retraso del crecimiento intrauterino , conducto arterioso permeable y retraso en el desarrollo motor grueso. ^{[ 26 ]} Sin embargo, el efecto de CCDC142 puede haber sido confundido para estos fenotipos ya que también hubo anomalías en muchas otras secciones genómicas.

Existen varios SNP ubicados en el gen CCDC142. Algunos de ellos, situados en la región promotora y en la región 5' UTR, se encuentran dentro de secuencias de anclaje para factores de transcripción y, si se modifican, afectan la unión de dichos factores.

Existen numerosos SNP en la secuencia codificante de la proteína que modifican la composición de aminoácidos de CCDC142. Un SNP con una alta prevalencia en la población (1,8 %) destaca por su cambio químico, con una sustitución de tirosina por asparagina en el aminoácido 548. ^{[ 19 ]}

También existen numerosos SNP ubicados en la extensa región 3' UTR del gen, muchos de los cuales se unen a áreas que contienen estructuras de tallo-bucle en el ARNm. Un SNP con una prevalencia del 7,7% ( guanina a adenosina en bp4285) se encuentra en la región 3' UTR, pero no en la región conservada de tallo-bucle. ^{[ 19 ]}

Estos SNP se han anotado en la Traducción Conceptual ubicada en la sección de Proteínas más arriba.