CS-ROSETA

CS-ROSETTA es un marco para el cálculo de la estructura de macromoléculas biológicas basado en información conformacional de RMN , construido sobre el software de diseño y modelado biomolecular llamado ROSETTA. El nombre CS-ROSETTA para esta rama de ROSETTA proviene de su origen en la combinación de datos de desplazamiento químico de RMN ( CS ) con protocolos de predicción de estructura de ROSETTA. ^{[ 1 ]} El paquete de software se amplió posteriormente para incluir parámetros conformacionales de RMN adicionales , como acoplamientos dipolares residuales ( RDC ), ^{[ 2 ]} restricciones de distancia NOE , ^{[ 3 ]} desplazamientos químicos de pseudocontacto ( PCS ) ^{[ 4 ]} y restricciones derivadas de proteínas homólogas. ^{[ 5 ]} Este software se puede utilizar junto con otros protocolos de modelado molecular, como el acoplamiento para modelar oligómeros de proteínas. ^{[ 6 ]} Además, CS-ROSETTA se puede combinar con algoritmos de asignación de resonancia de desplazamiento químico para crear una canalización de determinación de estructura de RMN totalmente automatizada . ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} El software CS-ROSETTA está disponible gratuitamente para uso académico y puede licenciarse para uso comercial ( guía de instalación ). En el sitio web de soporte https://csrosetta.chemistry.ucsc.edu/ se proporcionan un manual de software y tutoriales .

El software ROSETTA está escrito en C++. CS-ROSETTA se distribuye junto con un conjunto de herramientas escrito en Python que facilita la preparación de archivos de entrada, la configuración de cálculos a gran escala y el posprocesamiento de los resultados de la simulación. Los cálculos de CS-ROSETTA requieren un esfuerzo computacional considerable y generalmente se realizan con entre 200 y 2000 procesos paralelos en clústeres de computadoras que utilizan la Interfaz de Paso de Mensajes (MPI) para la comunicación.

Referencias

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Enlaces externos

CS-ROSETA
ROSETTA

[1] Shen, Y; Lange, O; Delaglio, F; Rossi, P; Aramini, JM; Liu, G; Eletsky, A; Wu, Y; et al. (2008). "Generación consistente de la estructura ciega de proteínas a partir de datos de desplazamiento químico de RMN" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (12): 4685– 90. Bibcode : 2008PNAS..105.4685S . doi : 10.1073/pnas.0800256105 . PMC 2290745. PMID 18326625 .

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[4] Schmitz, C; Vernon, R; Otting, G; Baker, D; Huber, T (2012). "Determinación de la estructura de proteínas a partir de desplazamientos de pseudocontacto utilizando ROSETTA" (PDF) . Journal of Molecular Biology . 416 (5): 668– 77. doi : 10.1016/j.jmb.2011.12.056 . PMC 3638895. PMID 22285518. Archivado del original (PDF) el 12 de julio de 2012.

[5] Thompson, J M.; Sgourakis, N G.; Liu, G; Rossi, P; Tang, Y; Mills, J L.; Szyperski, T; Montelione, G T.; Baker, D (2012-06-19). "Modelado preciso de la estructura de proteínas utilizando datos de RMN dispersos e información de estructura homóloga" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 109 (25): 9875– 9880. Bibcode : 2012PNAS..109.9875T . doi : 10.1073/pnas.1202485109 . ISSN 0027-8424 . PMC 3382498. PMID 22665781 .

[6] Sgourakis, N G.; Lange, O F.; DiMaio, F; André, I; Fitzkee, N C.; Rossi, P; Montelione, G T.; Bax, A; Baker, D (27-04-2011). "Determinación de las estructuras de oligómeros proteicos simétricos a partir de desplazamientos químicos de RMN y acoplamientos dipolares residuales" . Journal of the American Chemical Society . 133 (16): 6288– 6298. doi : 10.1021/ja111318m . ISSN 0002-7863 . PMC 3080108. PMID 21466200 .

[7] Lange, O F. (2014-07-01). "Asignación automática de NOESY en CS-RASREC-Rosetta". Journal of Biomolecular NMR . 59 (3): 147– 159. doi : 10.1007/s10858-014-9833-3 . ISSN 0925-2738 . PMID 24831340 . S2CID 28946271 .

[8] Evangelidis, T; Nerli, S; Nováček, J; Brereton, AE.; Karplus, PA; Dotas, RR.; Venditti, V; Sgourakis, NG.; Tripsianes, K (26 de enero de 2018). "Asignaciones automatizadas de resonancia de RMN y determinación de estructuras utilizando un conjunto mínimo de espectros 4D" . Comunicaciones de la naturaleza . 9 (1): 384. Código Bib : 2018NatCo...9..384E . doi : 10.1038/s41467-017-02592-z . ISSN 2041-1723 . PMC 5786013 . PMID 29374165 .

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