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El Arrow fue confiscado por el gobernador de Luisiana en 1861 y entregado al Ejército Confederado. Equipado como cañonera , el Arrow operó en el estrecho de Misisipi protegiendo la ruta marítima entre Nueva Orleans y Mobile . El 13 de julio de 1861 navegó junto con el Oregon hacia las cercanías del faro de Ship Island, donde intentaron sin éxito atraer al USS Massachusetts bajo las baterías costeras. Ayudó a expulsar a las tropas confederadas de Ship Island, Misisipi , durante septiembre de 1861. Cuando la Confederación evacuó Nueva Orleans en abril, navegó río arriba por el río West Pearl . Allí, el 4 de junio de 1862, fue incendiado para evitar su captura. ^{[ 1 ]}