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MCUB

La proteína CCDC109B ( que contiene un dominio de hélice enrollada 109B ) es una posible proteína uniportadora de calcio presente en la membrana de las células humanas y está co...

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La proteína CCDC109B ( que contiene un dominio de hélice enrollada 109B ) es una posible proteína uniportadora de calcio presente en la membrana de las células humanas y está codificada por el gen MCUB . Si bien la CCDC109B es una proteína transmembrana, no está claro si se localiza en la membrana celular o en la membrana mitocondrial.

Información genética

El gen CCDC109B se localiza en 4q25 y tiene una longitud de 128 520 pares de bases . Contiene ocho exones y se encuentra en la cadena positiva del cromosoma cuatro. El gen CCDC109B presenta nueve variantes de transcripción debido al empalme alternativo . [ 5 ] La versión no empalmada de este gen es la variante más larga y común que se encuentra en las células humanas y tiene una longitud de 1298 pares de bases.

Localización del gen CCDC109B en el cromosoma 4.

Información sobre proteínas

Una vez traducida, la proteína CCDC109B está compuesta por 336 aminoácidos y tiene un peso molecular de 39,1 kDa. El extremo 3' de esta proteína está altamente conservado y contiene dominios cruciales para su función.

dominios de proteínas

  • Dominio de función desconocida 607 (DUF607): La función de este dominio es en gran parte desconocida, aunque podría actuar como transportador de calcio cuando CCDC109B forma homo-oligómeros. DUF607 se conserva en los ortólogos y se localiza más cerca del extremo 3' de esta proteína, a pesar de estar presente a lo largo de casi toda su longitud. [ 6 ]
Descripción general de los principales dominios presentes en CCDC109B.
  • Región transmembrana: CCDC109B contiene dos regiones transmembrana, ubicadas dentro de DUF607, lo que la convierte en una proteína de membrana de múltiples pasos. Debido a la presencia de dos regiones transmembrana, tanto el extremo N como el extremo C se encuentran en un lado de la membrana y se localizan en el lado citosólico de la membrana celular. [ 6 ]
Vista general de CCDC109B como proteína transmembrana. La parte superior de la imagen muestra el extremo citosólico de la proteína. La parte inferior de la imagen muestra el motivo DIME, que está completamente conservado en todos los organismos que poseen CCDC109B o su parálogo, MCU.
  • Motivo DIME : Este motivo es una región completamente conservada que se encuentra en todos los ortólogos de esta proteína y se localiza dentro de DUF607 y entre los dominios transmembrana. El motivo DIME es una secuencia de 23 aminoácidos con la secuencia: QxGxLAxLTWWxYSWDIMEPVTYF, donde las letras corresponden a los residuos de aminoácidos reales y la "x" representa los aminoácidos que no se conservan en esta secuencia. En toda la proteína CCDC109B no existen otras secuencias de aminoácidos conservadas de más de tres aminoácidos de longitud. [ 6 ] Se hipotetiza que el motivo DIME desempeña un papel en el transporte de calcio y es muy probable que sea esencial en DUF607. [ 7 ]

Modificaciones postraduccionales

Sitios de fosforilación

La proteína CCDC109B contiene varios sitios de fosforilación probables en residuos de serina, treonina y tirosina. [ 8 ]

  • Sitios de fosforilación de serina: posiciones de aminoácidos 77, 213, 315 y 322.
  • Sitio de fosforilación de treonina: posición del aminoácido 53.
  • Sitio de fosforilación de tirosina: posición del aminoácido 274.

sitio de sumoilación

Existe un posible sitio de sumoilación dentro de CCDC109B en el residuo de aminoácido 306, que es una lisina. [ 9 ] Este residuo está altamente conservado entre los ortólogos.

Estructura terciaria

Aunque se sabe que CCDC109B es una proteína transmembrana, el correcto plegamiento de sus extremos N y C no está claro.

Homología

CCDC109B muestra conservación en vertebrados, incluyendo mamíferos, aves, reptiles y anfibios. Parece existir cierta conservación en organismos más primitivos como moscas, gusanos y plantas, pero el porcentaje de identidad es muy bajo y estos organismos poseen numerosas estructuras ortólogas que podrían no ser CCDC109B. Los ortólogos encontrados en organismos no vertebrados podrían ser, de hecho, parálogos de CCDC109B, lo que aún genera cierta identidad con CCDC109B.

La tabla que aparece a continuación muestra la conservación del gen CCDC109B entre los organismos vertebrados:

Árbol filogenético de los ortólogos de CCDC109B. La longitud entre organismos está relacionada con su grado de parentesco. Una menor longitud se correlaciona con una mayor conservación.

Parálogo de CCDC109B

CCDC109B tiene un único parálogo en el genoma humano . Este parálogo es CCDC109A, más conocido como Uniportador de Calcio Mitocondrial (MCU) [ 7 ]. MCU se localiza en la membrana interna de la mitocondria y se encuentra como un oligómero que transporta iones de calcio al interior de la mitocondria. MCU es un componente esencial de la membrana mitocondrial y su silenciamiento anula la captación de calcio. El motivo DIME, que también se conserva en CCDC109B, es responsable de la captación de calcio y una mutación en esta región inhibe esta función. [ 7 ] CCDC109B y MCU comparten una identidad del 43%, en la que el motivo DIME está completamente conservado.

Perfil de expresión

Patrón de expresión de CCDC109B. CCDC109B se expresa en niveles elevados en el sistema inmunitario y también en diversos trastornos sanguíneos.

CCDC109B se expresa en altos niveles en el sistema inmunitario y el sistema circulatorio. [ 11 ] CCDC109B se expresa en células B , células dendríticas, células T y células asesinas naturales . La expresión de CCDC109B no está presente en el tejido adiposo humano, las glándulas suprarrenales, la vejiga, la médula ósea, el oído, el esófago, la laringe, las paratiroides, la hipófisis, el bazo, la tiroides, la tráquea ni el cordón umbilical. [ 12 ]

Papel en la enfermedad

CCDC109B puede contribuir a varias enfermedades, incluyendo diversos linfomas y leucemias. [ 13 ] También se observan cambios en la expresión de CCDC109B en otras enfermedades como glioblastomas , linfoma de Burkitt de Duchenne , distrofia muscular de Duchenne , carcinomas de mama y leucemia promielocítica HL-60. CCDC109B también puede contribuir a las lesiones cutáneas de dermatitis atópica y al síndrome de Job . [ 14 ] Sin embargo, los mecanismos que explican el papel de CCDC109B en estas enfermedades no están claros ni bien caracterizados mediante la investigación.

Interacción proteína-proteína

Factores de transcripción

CCDC109B posee una región promotora que contiene sitios de unión para factores de transcripción . Esta región promotora tiene aproximadamente 500 nucleótidos de longitud y se localiza justo antes del inicio de la traducción . Entre los factores de transcripción notables que se unen a CCDC109B se incluyen: [ 15 ]

  • Factores de dominio de cabeza de horquilla (FKHD)
  • Factores de dedo de zinc mieloide 1 (MZF1)
  • Gen del adenoma pleomórfico (PLAG)
  • Factores de transcripción de dedo de zinc Cys 2 His 2 (ZF02)
  • Familia de factores de transcripción SMAD de vertebrados (SMAD)
  • Subfamilia Twist de factores de transcripción bHLH de clase B (HAND)
  • CCAAT/Proteína de unión mejorada (CEBP)
  • Factor nuclear de células T activadas (NFAT)

Proteínas celulares

CCDC109B interactúa con ZBTB16 , un factor de transcripción con dedos de zinc que probablemente participa en la degradación de proteínas. La interacción de CCDC109B con ZBTB16 se determinó mediante un sistema de doble híbrido en levadura [ 16 ]. Aún no está claro cómo interactúa CCDC109B con ZBTB16.

Actualmente se desconocen otras proteínas con las que interactúa CCDC109B.

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000005059 – Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000027994 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. ↑ "NCBI AceView CCDC109B" . Consultado el 10 de octubre de 2016 .
  6. 1 2 3 4 "NCBI BLAST" .
  7. 1 2 3 Baughman JM, Perocchi F, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Koteliansky V, Mootha VK (2011). "La genómica integrativa identifica a MCU como un componente esencial del uniportador de calcio mitocondrial" . Nature . 476 ( 7360): 341– 345. Bibcode : 2011Natur.476..341B . doi : 10.1038/nature10234 . PMC 3486726. PMID 21685886 .  
  8. ↑ "NetPhos" .
  9. ↑ "Programa de análisis de gráficos SUMOPlot" .
  10. ↑ "Árbol del Tiempo" .
  11. ↑ "GEOProfile CCDC109B" .
  12. ↑ "NCBI EST" .{{cite web}}: CS1 maint: servicio de archivado obsoleto ( enlace )
  13. ↑ "Genevestigator" . Archivado del original el 11 de julio de 2011.
  14. ↑ Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M, et al. (mayo de 2012). "Mecanismos de apoptosis inducida por IFN-γ en queratinocitos de piel humana en pacientes con dermatitis atópica" . J Allergy Clin Immunol . 129 (5): 1297–1306 . doi : 10.1016/j.jaci.2012.02.020 . PMID 22445417 .  
  15. ↑ "Genomatix ElDorado" . Archivado del original el 2 de diciembre de 2021. Consultado el 11 de mayo de 2013 .
  16. ↑ "GeneCards ZBTB16" .
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