Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

CCDC78

La proteína CCDC78 ( que contiene el dominio de hélice enrollada 78 ) es una proteína humana codificada por el gen CCDC78. Tiene varios nombres alternativos, entre ellos C16orf2...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

La proteína CCDC78 ( que contiene el dominio de hélice enrollada 78 ) es una proteína humana codificada por el gen CCDC78. Tiene varios nombres alternativos, entre ellos C16orf25, FLJ34512, CNM4 y JFP10. [ 5 ] Se localiza en la cadena negativa del cromosoma 16 (16p13.3). Su entorno genético incluye NARFL (también en la cadena negativa), HAGHL, FAM173A y METRN. El gen CCDC78 tiene una longitud de 10.892 pares de bases y la proteína contiene 438 aminoácidos. [ 6 ] La proteína pesa aproximadamente 4,852 kDa. [ 7 ] Existen varias isoformas , incluida una asociada a una miopatía congénita única . [ 8 ] Diversos perfiles de expresión muestran una expresión ubicua a niveles moderados. Aunque no existen parálogos, sí existen varios ortólogos .

Función

Actualmente se desconoce la función de este gen. Existe evidencia de que CCDC78 participa en la contracción del músculo esquelético . Esto se apoya en similitudes estructurales con otras proteínas musculares y en ensayos de localización. La estructura predicha de CCDC78 fue similar a la de la tropomiosina (véase más adelante). [ 9 ] El producto génico se encuentra principalmente en la región perinuclear, la membrana sarcolémica y en el patrón reticular del sarcoplasma . Sin embargo, los ensayos de localización predicen que también se encuentra en el citoplasma . [ 8 ]

ARNm

Propiedades generales: [ 6 ]

  • Longitud del ADN genómico: 10.892 pb
  • Longitud de ARNm traducido más común: 1.317 pb
  • Región no traducida 5': 447 pb
  • 3' Región no traducida: 2188 pb

Variantes de transcripción: Existen 13 patrones de empalme alternativo conocidos. [ 5 ] Estos se pueden observar en la imagen adyacente. Uno de ellos está indicado en la enfermedad. [ 8 ]

Proteína

Propiedades generales: [ 7 ]

Expresión

Al observar los perfiles EST en humanos, CCDC78 parece mostrar una expresión ubicua en niveles moderados. [ 6 ]

Modificación postraduccional predicha: Se ha predicho la fosforilación de varios residuos de serina utilizando herramientas en ExPasy. [ 10 ]

Estructura secundaria prevista

La estructura secundaria de CCDC78 se predijo utilizando la herramienta de predicción de estructura secundaria de proteínas PELE. Como era de esperar en una proteína que contiene un dominio de hélice enrollada, hay varias hélices α . [ 7 ] El modelo predicho tuvo una precisión del 98 % para el 65 % de la proteína. La imagen predicha se puede ver a continuación. Este modelo predicho está estrechamente relacionado con la tropomiosina , una proteína contráctil. [ 9 ]

Interacciones proteína-proteína

Solo se ha encontrado una proteína que interactúa con CCDC78. Un análisis realizado a partir de IntAct mostró una interacción entre CCDC78 y dAK1_1 en Yersinia pestis . [ 11 ]

Homología

CCDC78 no tiene parálogos conocidos en el genoma humano. Sin embargo, posee varios ortólogos en otros organismos. Estos ortólogos se encuentran distribuidos por todo el reino animal. CCDC78 está altamente conservado en mamíferos. [ 7 ] El dominio de hélice enrollada está altamente conservado en todos los ortólogos, lo que demuestra la importancia de estos dominios.

Relevancia clínica

Se ha demostrado que una mutación en este gen causa una miopatía congénita única . [ 8 ] Esta mutación es causada por un empalme alternativo : una inserción en el marco de lectura de 222 pb. Un grupo de investigadores de la Universidad de Michigan analizó una familia con una miopatía congénita de herencia dominante. Después de un análisis de ligamiento seguido de captura de exoma completo y secuenciación de próxima generación , encontraron que CCDC78 estaba presente en los individuos afectados y ausente en más de 10 000 controles. [ 8 ] Luego modelaron con éxito esta miopatía congénita en el pez cebra . CCDC78 también se ha asociado con una respuesta inmune a la hepatitis B. [ 12 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000162004 – Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000071202 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. 1 2 GeneCards. "Gen CCDC78" . El Compendio de Genes Humanos . Consultado el 2 de mayo de 2013 .
  6. 1 2 3 "CCDC78" . Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  7. 1 2 3 4 Banco de trabajo de biología . Centro de supercomputación de San Diego http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#! .{{cite web}}: Falta o está vacío |title=( ayuda )
  8. 1 2 3 4 5 Majczenko K, Davidson AE, Camelo-Piragua S, Agrawal PB, Manfready RA, Li X, Joshi S, Xu J, Peng W, Beggs AH, Li JZ, Burmeister M, Dowling JJ (agosto de 2012). " Mutación dominante de CCDC78 en una miopatía congénita única con núcleos internos prominentes y núcleos atípicos" . American Journal of Human Genetics . 91 (2): 365– 71. doi : 10.1016/j.ajhg.2012.06.012 . PMC 3415545. PMID 22818856 .  
  9. 1 2 "Phyre2" . Grupo de Bioinformática Estructural .
  10. ↑ "ExPASy: Portal de recursos bioinformáticos del SIB - Inicio" . ExPasy . Instituto Suizo de Bioinformática.
  11. ↑ "Se encontraron 3 interacciones binarias para el término de búsqueda Ccdc78" . Base de datos de interacciones moleculares IntAct . EMBL-EBI . Consultado el 25 de agosto de 2018 .
  12. ↑ Davila S, Froeling FE, Tan A, Bonnard C, Boland GJ, Snippe H, Hibberd ML, Seielstad M (abril de 2010). "Nuevas asociaciones genéticas detectadas en un estudio de respuesta del huésped a la vacuna contra la hepatitis B". Genes and Immunity . 11 (3): 232– 8. doi : 10.1038/gene.2010.1 . PMID 20237496. S2CID 11183658 .