Base de datos CeRNA

Hipótesis de los ARN endógenos competitivos ( ceRNA , también conocidos como esponjas de miRNA) : los ceRNA regulan otros transcritos de ARN (p. ej., PTEN) al competir por microARN compartidos . ^{[ 1 ]} Desempeñan funciones importantes en procesos de desarrollo, fisiológicos y patológicos , como el cáncer . Múltiples clases de ARN no codificantes (ARNnc largos, ARN circulares, pseudogenes) y ARNm codificantes de proteínas funcionan como ceRNA clave (esponjas) y regulan la expresión de ARNm en plantas y células de mamíferos . ^{[ 2 ]}

Esta base de datos y recursos de ARN endógeno competitivo (ceRNA) es una recopilación de bases de datos, portales web y servidores utilizados para la predicción de ceRNA y redes de ceRNA.

Referencias

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[1] Salmena, L; Poliseño, L; Tay, Y; Kats, L; Pandolfi, PP (5 de agosto de 2011). "Una hipótesis de ARNce: ¿la piedra Rosetta de un lenguaje de ARN oculto?" . Celúla . 146 (3): 353– 8. doi : 10.1016/j.cell.2011.07.014 . PMC 3235919 . PMID 21802130 .

[2] Tay, Y; Rinn, J; Pandolfi, PP (16 de enero de 2014). "La complejidad multicapa de la comunicación cruzada y la competencia de ceRNA" . Nature . 505 ( 7483): 344– 52. Bibcode : 2014Natur.505..344T . doi : 10.1038/nature12986 . PMC 4113481. PMID 24429633 .

[Li_D92-7-3] 1 2 Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (1 de enero de 2014). "starBase v2.0: decodificación de redes de interacción miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA y proteína-ARN a partir de datos CLIP-Seq a gran escala" . Nucleic Acids Research . 42 (1): D92–7. doi : 10.1093 / nar/gkt1248 . PMC 3964941. PMID 24297251 .

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[pmid21037263-5] Yang, J. -H.; Li, J. -H.; Shao, P.; Zhou, H.; Chen, Y. -Q.; Qu, L. -H. (2010). "StarBase: Una base de datos para explorar mapas de interacción microARN-ARNm a partir de datos Argonaute CLIP-Seq y Degradome-Seq" . Nucleic Acids Research . 39 (Número especial de bases de datos): D202– D209. doi : 10.1093/nar/ gkq1056 . PMC 3013664. PMID 21037263 .

[Chiu_et._al,_Genome_Res_2015-6] Chiu, Hua-Sheng; Llobet-Navas, David; Yang, Xuerui; Chung, Wei-Jen; Ambesi-Impiombato, Alberto; Iyer, Arcana; Kim, Hyunjae "Ryan"; Séviour, Elena G.; Luo, Zijun; Sehgal, Vasudha; musgo, tyler; Lu, Yiling; Ram, Prahlad; Silva, José; Molinos, Gordon B.; Califano, Andrea; Sumazin, Pavel (febrero de 2015). "Cupido: reconstrucción simultánea de redes de microARN objetivo y ceARN" . Investigación del genoma . 25 (2): 257– 67. doi : 10.1101/gr.178194.114 . PMC 4315299 . PMID 25378249 .

[7] Sumazin, P; Yang, X; Chiu, HS; Chung, WJ; Iyer, A; Llobet-Navas, D; Rajbhandari, P; Bansal, M; Guarnieri, P; Silva, J; Califano, A (14 de octubre de 2011). " Una extensa red de interacciones ARN-ARN mediada por microARN regula vías oncogénicas establecidas en el glioblastoma" . Cell . 147 (2): 370–81 . doi : 10.1016/j.cell.2011.09.041 . PMC 3214599. PMID 22000015 .

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