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CheShift

CheShift (pronunciado /tʃeʃɪft/) es una herramienta de software bioinformático que se utiliza para la predicción de desplazamientos químicos de resonancia magnética nuclear (RMN...

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CheShift (pronunciado /tʃeʃɪft/) es una herramienta de software bioinformático que se utiliza para la predicción de desplazamientos químicos de resonancia magnética nuclear (RMN) de proteínas y la validación de estructuras proteicas . El software funciona como un servidor web y como un complemento para el programa de gráficos moleculares PyMOL . Se utiliza principalmente para evaluar la calidad de los modelos de proteínas determinados experimentalmente o predichos computacionalmente, comparando sus desplazamientos químicos teóricos con los valores observados.

Principio

El principio fundamental de CheShift se basa en cálculos de mecánica cuántica . Predice los desplazamientos químicos de los átomos de carbono en la cadena principal de la proteína ( 13 C α y 13 C β ) en función de los ángulos de torsión (φ, ψ, ω y χ 1 , χ 2 ) de los 20 aminoácidos .

Versiones

El servidor CheShift original se introdujo en 2009. En 2012, se lanzó una versión actualizada llamada CheShift-2. Esta versión introdujo varias mejoras clave, incluida la predicción de desplazamientos químicos 13C β además de los desplazamientos 13C α originales , lo que proporciona más datos para la validación. [ 1 ]

Che Shift-2

Che Shift-2 puede devolver una lista de valores teóricos de desplazamiento químico a partir de un archivo PDB . También puede mostrar un modelo 3D de proteína basado en un archivo PDB cargado y valores de desplazamiento químico. El modelo 3D de proteína se colorea utilizando un código de cinco colores que indica las diferencias entre los valores de desplazamiento químico teóricos y observados. Las diferencias entre los desplazamientos químicos 13Cα y 13Cβ observados y predichos pueden utilizarse como una sonda sensible para detectar posibles defectos locales en las estructuras proteicas. [ 2 ] Si se proporcionan los desplazamientos químicos observados 13Cα y 13Cβ , Che Shift-2 intentará proporcionar una lista de ángulos torsionales alternativos de la cadena lateral χ1 y χ2 que reduzcan las diferencias entre los desplazamientos químicos observados y calculados; estos valores pueden utilizarse para corregir defectos en las estructuras proteicas. [ 3 ]

Se puede acceder a Che Shift-2 en línea o mediante el complemento PyMOL . [ 4 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ "Registro de cambios - CheShift" . cheshift.com . Consultado el 26 de octubre de 2024 .
  2. ↑ Martin, OA, Vila, JA y Scheraga, HA (2012). "CheShift-2: validación gráfica de estructuras proteicas" . Bioinformatics . 28 ( 11): 1538– 1539. doi : 10.1093/bioinformatics/bts179 . PMC 3356844. PMID 22495749 .  {{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  3. ↑ Martin OA Arnautova YA Icazatti AA Scheraga HA y Vila JA (2013). "Un método basado en la física para validar y reparar defectos en estructuras proteicas" . PNAS . 110 ( 42): 16826– 16831. doi : 10.1073/pnas.1315525110 . PMC 3801053. PMID 24082119 .  
  4. ↑ "Cheshift - PyMOLWiki" . pymolwiki.org . Consultado el 26 de octubre de 2024 .
  • Sitio web oficial
  • Complemento CheShift PyMOL
  • Repositorio de GitHub
  • http://www.cheshift.com