Hispanopedia WikiEl método de secuencias polimórficas amplificadas y clivadas ( CAPS ) es una técnica de biología molecular para el análisis de marcadores genéticos . Es una extensión del método de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP), que utiliza la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para analizar los resultados con mayor rapidez.
Al igual que RFLP, CAPS funciona según el principio de que las diferencias genéticas entre individuos pueden crear o eliminar sitios de restricción de endonucleasas , y que estas diferencias pueden detectarse en la longitud del fragmento de ADN resultante después de la digestión.
En el método CAPS, la amplificación por PCR se dirige a través del sitio de restricción modificado, y los productos se digieren con la enzima de restricción. Al fraccionarse mediante electroforesis en gel de agarosa o poliacrilamida , los productos de PCR digeridos mostrarán patrones de bandas fácilmente distinguibles. Alternativamente, el segmento amplificado puede analizarse mediante sondas de oligonucleótidos alelo-específicas (ASO), un proceso que a menudo se puede realizar mediante un simple dot blot .
Ventajas
Los marcadores CAPS son marcadores genéticos codominantes, lo que significa que producen diferentes patrones de digestión para individuos homocigotos o heterocigotos para un alelo particular. [ 1 ] La variante CAPS derivada (dCAPS) permite la detección de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) que no crean ni destruyen naturalmente un sitio de restricción mediante el uso de un cebador de PCR no coincidente para diseñar un polimorfismo. [ 2 ]
Aplicaciones
En genética y mejoramiento vegetal, los marcadores CAPS se utilizan para el mapeo genético y la selección asistida por marcadores, y también se han utilizado en análisis de diversidad genética y estructura poblacional. [ 3 ] Una revisión de 2024 describe los marcadores CAPS como importantes en cultivos hortícolas para la delimitación de QTL y para la identificación de loci vinculados a la resistencia a enfermedades, el rendimiento y los rasgos de calidad. [ 4 ]
Véase también
Referencias
- ↑ Konieczny, A.; Ausubel, FM (1993). "Un procedimiento para mapear mutaciones de Arabidopsis utilizando marcadores basados en PCR codominantes específicos de ecotipo" . The Plant Journal .
- ↑ Neff, MM; Neff, JD; Chory, J.; Pepper, AE (1998). "dCAPS, una técnica simple para el análisis genético de polimorfismos de un solo nucleótido: aplicaciones experimentales en la genética de Arabidopsis thaliana" . The Plant Journal . doi : 10.1046/j.1365-313X.1998.00124.x .
- ↑ "Estudios de diversidad genética vegetal: perspectivas a partir de análisis de marcadores de ADN" . Revista Internacional de Biología Vegetal . MDPI. 2024.
- ↑ "Marcadores de secuencias polimórficas amplificadas clivadas en cultivos hortícolas: estado actual y perspectivas futuras" . Agronomía . MDPI. 2024.
Enlaces externos
- nih.gov
- técnicas de perfilado de ADN
- Biología molecular
- Esbozos de biología molecular y celular
