Lenguaje común de flujo de trabajo

El Common Workflow Language ( CWL ) es un estándar para describir flujos de trabajo de análisis de datos computacionales. ^{[ 1 ]} El desarrollo de CWL se centra particularmente en servir a las ciencias intensivas en datos, como la bioinformática , ^{[ 2 ]} la imagen médica , la astronomía , la física y la química .

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Un objetivo clave del CWL es permitir la creación de un flujo de trabajo que sea portátil y, por lo tanto, pueda ejecutarse de forma reproducible en diferentes entornos computacionales. ^{[ 3 ]}

La CWL tuvo su origen en las conversaciones mantenidas en 2014 entre Peter Amstutz , John Chilton , Nebojša Tijanić y Michael R. Crusoe (en aquel momento sus respectivas afiliaciones eran: Galaxy , Arvados, Seven Bridges y la Universidad Estatal de Michigan ) en el evento de programación BOSC 2014 de la Open Bioinformatics Foundation .

CWL es compatible con múltiples plataformas y ejecutores de análisis ^{[ 4 ]} como Apache Airflow (a través de CWL-Airflow ^{[ 5 ]} ), Arvados , Rabix , ^{[ 6 ]} el motor de flujo de trabajo Cromwell , Toil , REANA - Reusable Analyses y CWLEXEC para IBM Spectrum LSF , y fue identificado en 2017 como una de las tendencias futuras para el desarrollo de pipelines bioinformáticos. ^{[ 2 ]} Varios entornos de análisis adicionales están implementando actualmente soporte para CWL, incluidos Pegasus ^{[ 7 ]} y Galaxy . ^{[ 8 ]}

Disponibilidad

El proyecto CWL ^{[ 9 ]} es un grupo de trabajo multiparticipativo compuesto por organizaciones e individuos. Como proyecto miembro de Software Freedom Conservancy , publica los estándares CWL disponibles gratuitamente a través de su repositorio GitHub bajo una licencia Apache 2.0 permisiva .

Referencias

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↑ "Implementaciones de CWL" . Lenguaje común de flujo de trabajo (CWL) . Consultado el 10 de octubre de 2021 .
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^ Kaushik, Gaurav; Ivković, Sinisa; Simonović, Janko; Tijanić, Nebojša; Davis-Dusenbery, Brandi; Kural, Deniz (enero de 2017). "Rabix: un ejecutor de flujo de trabajo de código abierto que respalda la recomputabilidad y la interoperabilidad de las descripciones de flujo de trabajo". Simposio del Pacífico sobre Biocomputación 2017 . Actas del Simposio del Pacífico. vol. 22. págs. 154– 165. doi : 10.1142/9789813207813_0016 . ISBN 978-981-320-780-6. PMC 5166558 . PMID 27896971 .
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↑ Crusoe, Michael R.; Abeln, Sanne; Iosup, Alexandru; Amstutz, Peter; Chilton, John; Tijanić, Nebojša; Ménager, Hervé; Soiland-Reyes, Stian; Gavrilović, Bogdan; Goble, Carole; The CWL Community (2022). "Methods Included: Standardizing Computational Reuse and Portability with the Common Workflow Language". Communications of the ACM . 65 : 54– 63. arXiv : 2105.07028 . doi : 10.1145/3486897 . S2CID 234742536 .

Enlaces externos

Especificación CWL v1.0 DOI
sitio web de CWL
Repositorio de CWL en GitHub
Entrada de CWL en el Observatorio Europeo de Normalización de las TIC.

[1] Peter, Amstutz; R., Crusoe, Michael; Nebojša, Tijanić; Brad, Chapman; John, Chilton; Michael, Heuer; Andrey, Kartashov; Dan, Leehr; Hervé, Ménager (2016-07-08). "Lenguaje común de flujo de trabajo, v1.0" . Figshare . doi : 10.6084/m9.figshare.3115156.v2 .{{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )

[Leipzig_2017-2] 1 2 Leipzig, Jeremy (2017-05-01). " Una revisión de los marcos de trabajo de las canalizaciones bioinformáticas" . Briefings in Bioinformatics . 18 (3): 530– 536. doi : 10.1093/bib/bbw020 . ISSN 1467-5463 . PMC 5429012. PMID 27013646 .

[Perkel2019-3] Perkel, Jeffrey M. (2019). " Los sistemas de flujo de trabajo transforman los datos brutos en conocimiento científico" . Nature . 573 (7772): 149– 150. Bibcode : 2019Natur.573..149P . doi : 10.1038/d41586-019-02619-z . ISSN 0028-0836 . PMID 31477884. S2CID 201713827 .

[4] "Implementaciones de CWL" . Lenguaje común de flujo de trabajo (CWL) . Consultado el 10 de octubre de 2021 .

[5] Barski, Artem; Kartashov, Andrey V.; Kotliar, Michael (2019-07-01). "CWL-Airflow: un gestor de canalizaciones ligero compatible con Common Workflow Language" . GigaScience . 8 ( 7). doi : 10.1093/gigascience/giz084 . PMC 6639121. PMID 31321430 .

[6] Kaushik, Gaurav; Ivković, Sinisa; Simonović, Janko; Tijanić, Nebojša; Davis-Dusenbery, Brandi; Kural, Deniz (enero de 2017). "Rabix: un ejecutor de flujo de trabajo de código abierto que respalda la recomputabilidad y la interoperabilidad de las descripciones de flujo de trabajo". Simposio del Pacífico sobre Biocomputación 2017 . Actas del Simposio del Pacífico. vol. 22. págs. 154– 165. doi : 10.1142/9789813207813_0016 . ISBN 978-981-320-780-6. PMC 5166558 . PMID 27896971 .

[7] "11.6. pegasus-cwl-converter — Documentación de Pegasus WMS 5.0.1" . pegasus.isi.edu . Consultado el 10 de octubre de 2021 .

[8] Chilton, John; Soranzo, Nicola. "Implementar un subconjunto del Common Workflow Language. por jmchilton · Pull Request #47 · common-workflow-language/galaxy" . GitHub . Consultado el 10 de octubre de 2021 .

[9] Crusoe, Michael R.; Abeln, Sanne; Iosup, Alexandru; Amstutz, Peter; Chilton, John; Tijanić, Nebojša; Ménager, Hervé; Soiland-Reyes, Stian; Gavrilović, Bogdan; Goble, Carole; The CWL Community (2022). "Methods Included: Standardizing Computational Reuse and Portability with the Common Workflow Language". Communications of the ACM . 65 : 54– 63. arXiv : 2105.07028 . doi : 10.1145/3486897 . S2CID 234742536 .

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