Hispanopedia WikiConsensusPathDB es una base de datos de interacciones funcionales moleculares que integra información sobre interacciones proteicas , interacciones genéticas , señalización, metabolismo , regulación génica e interacciones fármaco-diana en humanos. Actualmente (versión 30), ConsensusPathDB incluye dichas interacciones de 32 bases de datos. [ 1 ] ConsensusPathDB está disponible gratuitamente para uso académico en http://ConsensusPathDB.org .
Bases de datos integradas
- Reactome ( vías metabólicas y de señalización )
- KEGG (solo se han integrado las vías metabólicas en ConsensusPathDB)
- Ciclo humano (rutas metabólicas)
- PID - Base de datos de interacción de vías metabólicas (vías de señalización)
- BioCarta (vías de señalización)
- Rutas de señalización ( Netpath )
- IntAct (interacciones proteicas)
- DIP (interacciones proteicas)
- MINT (interacciones proteicas)
- HPRD (interacciones proteicas)
- BioGRID (interacciones proteicas)
- SPIKE (interacciones proteicas, reacciones de señalización)
- WikiPathways ( vías metabólicas y de señalización )
- y muchos más.
Funcionalidades
Se puede acceder a ConsensusPathDB a través de una interfaz web que ofrece diversas funciones.
Búsqueda y visualización
Mediante la interfaz web, los usuarios pueden buscar entidades físicas (p. ej., proteínas , metabolitos , etc.) o rutas metabólicas utilizando nombres comunes o números de acceso (p. ej., identificadores UniProt ). Las interacciones seleccionadas se pueden visualizar en un entorno interactivo como redes expandibles. Actualmente, ConsensusPathDB permite a los usuarios exportar sus modelos en formato BioPAX o como imagen en varios formatos.
Camino más corto
Los usuarios pueden buscar las rutas más cortas de interacciones funcionales entre entidades físicas, basándose en todas las interacciones de la base de datos. La búsqueda de rutas puede restringirse prohibiendo el paso a través de ciertas entidades físicas.
Carga de datos
Los usuarios pueden cargar sus propias redes de interacción en archivos BioPAX , PSI-MI o SBML para validar y/o ampliar dichas redes en el contexto de las interacciones en ConsensusPathDB.
Análisis de sobrerrepresentación
Mediante la interfaz web de la base de datos, se puede realizar un análisis de sobrerrepresentación, basado en rutas bioquímicas o en conjuntos de entidades vecinales (NEST), que constituyen subredes de la red de interacción general y contienen todas las entidades físicas alrededor de una central dentro de un radio determinado (número de interacciones desde el centro). Para cada conjunto predefinido (ruta/NEST), se calcula un valor p basado en la distribución hipergeométrica . Este valor refleja la significancia de la superposición observada entre la lista de genes de entrada específica del usuario y los miembros del conjunto predefinido.
Los análisis de sobrerrepresentación pueden realizarse con genes o metabolitos especificados por el usuario.
Referencias
- 1 2 Kamburov, Atanas; Pentchev Konstantin; Galicka Hanna; Wierling Christoph; Lehrach Hans; Herwig Ralf (enero de 2011). " ConsensusPathDB: hacia una imagen más completa de la biología celular" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos). Inglaterra: D712-7. doi : 10.1093/nar/gkq1156 . PMC 3013724. PMID 21071422 .
Enlaces externos
- Sitio web oficial
- Bases de datos biológicas
- Biología de sistemas