Mega Man Zero

Siglos después de desaparecer al final de la serie Mega Man X , Zero es encontrado y despertado por Ciel, una científica humana de 12 años. Zero, sin saber quién es debido a una pérdida temporal de memoria, protege a Ciel y a su grupo de Reploids de un grupo enviado para destruirlos. Durante los eventos del juego, mientras Zero lucha contra varios intentos de destruir a los Reploids restantes, se revela lo que sucedió durante su ausencia de 100 años: Después de que la Guerra Maverick que tuvo lugar durante la serie Mega Man X —donde los humanos fueron purgados por Reploids malévolos, conocidos como Mavericks— llegara a su fin con la derrota total de los Mavericks, humanos y Reploids pudieron vivir en armonía en un estado utópico conocido como Neo Arcadia. Desafortunadamente, esta paz duró poco debido a la crisis de escasez de energía que llevó al asesinato de innumerables Reploids inocentes para reducir el consumo de energía. Ciel entonces se unió a los Reploids y fundó la Resistencia. También se revela que una copia de X —antiguo aliado y mejor amigo de Zero— es el líder de Neo Arcadia y el cerebro detrás del genocidio Reploid. Tras derrotar a los Cuatro Guardianes —los generales de confianza de la copia de X—, Zero finalmente se enfrenta a ella y la vence en combate. Al morir, la copia de X se autodestruye y Zero apenas logra escapar. Entonces se encuentra en un desierto infinito, rodeado de tropas neoarcadianas. Sabiendo que Neo Arcadia centrará su atención en él, Zero decide quedarse en el desierto y luchar sin descanso con la esperanza de darle a Ciel y a la resistencia el tiempo necesario para escapar.

Un año después de los eventos del primer juego, se revela que Zero ha estado persiguiendo a las fuerzas neoarcadianas en el desierto. Tras derrotar a otro grupo de estas fuerzas, Zero finalmente se desploma agotado. Sin embargo, por razones desconocidas, es rescatado por Harpuia, una de las Cuatro Guardianas y ahora líder de Neo Arcadia. Aunque son enemigas, Harpuia lleva a Zero a un lugar cercano a la Base de la Resistencia, donde finalmente es encontrado por los miembros de la Resistencia y reparado por Cerveau.

Mientras Ciel intenta desarrollar una nueva fuente de energía para acabar con la guerra, el nuevo líder de la Resistencia, Elpizo, se prepara para una invasión frontal de Neo Arcadia. La invasión resulta un fracaso total, siendo Elpizo el único superviviente. Frustrado por su impotencia, abandona la Resistencia para buscar al Elfo Oscuro, un poderoso y malévolo Ciber-Elfo que causó una destrucción sin precedentes en la Tierra durante las Guerras Élficas, un evento que tuvo lugar durante los 100 años de ausencia de Zero.

Elpizo finalmente revive al Elfo Oscuro al encontrar y destruir el cuerpo físico del Mega Man X original, que actuaba como un sello para mantenerlo contenido. Elpizo absorbe al Elfo Oscuro para obtener una cantidad colosal de poder, pero Zero lo derrota por poco. El juego termina con el Elfo Oscuro escapando y el X original —ahora un Cyber-Elfo— diciéndole a Zero que el Elfo Oscuro alguna vez fue conocido como la Madre Elfa, cuyo propósito original era curar el Virus Maverick —que transformó a los Reploids en Mavericks— para poner fin a la Guerra Maverick durante la serie Mega Man X.

Han pasado dos meses desde la derrota de Elpizo, y el paradero del Elfo Oscuro sigue siendo desconocido. Durante este tiempo, Ciel ha finalizado su investigación sobre una nueva fuente de energía que permitía una generación de energía prácticamente ilimitada, denominada "Sistema Ciel". Mientras se dirigía a Neo Arcadia para proponer el Sistema Ciel con la esperanza de lograr la paz, ya que no habría razón para continuar el genocidio contra los Reploids, una gran nave espacial con la lectura de energía del Elfo Oscuro se estrella contra la Tierra. Zero es enviado a investigar y obtener más información sobre la lectura de energía, pero en su lugar, encuentra a los tres Guardianes Cuatro restantes luchando contra un Reploid gigantesco llamado Omega y se topa con un científico acompañante llamado Dr. Weil; ambos fueron desterrados al espacio de por vida debido a sus crímenes al instigar las Guerras Élficas al corromper a la Madre Elfa y convertirla en el Elfo Oscuro. El Dr. Weil revela entonces que ha resucitado a Copy X, quien retoma su reinado en Neo Arcadia y obliga a los Guardianes Cuatro a someterse a su voluntad, degradándolos posteriormente. Los Cuatro Guardianes, sospechando que Copy X está siendo fuertemente influenciado por Weil, abandonan el ejército de Neo Arcadia. El Elfo Oscuro reaparece pronto en un distrito residencial humano de Neo Arcadia. Con la intención de capturarlo, el Dr. Weil y Copy X autorizan el lanzamiento de un misil contra el distrito para incapacitar al Elfo Oscuro. Aunque logran capturarlo, el ataque con misiles causa miles de bajas humanas inocentes. Tras este nefasto suceso, Ciel retira su oferta de proponer el Sistema Ciel, lo que lleva al Dr. Weil y a Copy X a tachar a la Resistencia de Mavericks y, posteriormente, a lanzar una invasión a gran escala contra ella. La Resistencia consigue retrasar la invasión hasta que Zero llega hasta Copy X y lo mata una vez más, haciendo que la invasión pierda fuerza. Sin embargo, el Dr. Weil sucede a Copy X como nuevo gobernante de Neo Arcadia y anuncia su verdadera intención al capturar al Elfo Oscuro: fusionarlo con Omega y conectarlos mediante un transmisor de frecuencia colosal que le permitiría controlar las mentes de todos los Reploids en la Tierra. El Dr. Weil justifica esto como una venganza contra la humanidad y los Reploids por su exilio en el espacio. Zero finalmente se enfrenta a Omega y lo mata en dos formas diferentes, pero Omega revela entonces su verdadera forma: un cuerpo idéntico a Zero. Weil aparece en segundo plano y revela que, mientras Zero estaba apagado durante su hibernación, su conciencia y recuerdos fueron transferidos a un cuerpo de copia. Weil robó el cuerpo original de Zero para que Omega lo utilizara debido a sus inigualables habilidades de combate. A pesar de la revelación de este hecho, Zero, con la ayuda de los Cuatro Guardianes, destruye su cuerpo original y mata a Omega definitivamente. La muerte de Omega provoca una gran explosión que libera al Elfo Oscuro de Omega y lo libera de la corrupción de Weil. X le cuenta la verdad sobre Zero y su cuerpo a la Resistencia antes de desaparecer para siempre.La Elfa Oscura, ahora conocida de nuevo como la Elfa Madre, lleva a Zero de vuelta a la Base de la Resistencia, antes de que esta también desaparezca, poniendo fin al juego.

A pesar de la destrucción de Omega, Weil continuó su venganza contra humanos y Reploids por igual, instaurando un régimen dictatorial en Neo Arcadia y privando a sus ciudadanos de gran parte de sus derechos. Esto provocó que muchos humanos huyeran y fundaran sus propios asentamientos. En respuesta, Weil bautizó a los fugitivos como Mavericks y comenzó a exterminarlos, al igual que a los Reploids.

El juego comienza con Zero, Ciel y los miembros de la Resistencia encontrándose con un grupo de humanos que huyen de las fuerzas de Weil. Zero protege a los humanos, quienes luego revelan a la Resistencia que se dirigen a un gran asentamiento rodeado de naturaleza en el Área Cero, el lugar donde se estrelló la colonia de Eurasia durante los eventos de Mega Man X5 hace más de 100 años.

La gran población de asentamientos como el Área Cero atrae la atención de Weil, quien revela un plan para usar un cañón espacial del tamaño de un meteorito llamado Ragnarok para vaporizar toda la naturaleza y convertir a Neo Arcadia en el único lugar habitable de la Tierra, lo que obligaría a la gente a permanecer bajo su tiránico dominio. Zero finalmente se dirige hacia Ragnarok y derrota a Weil, pero no antes de que Weil programe a Ragnarok para estrellarse contra el Área Cero en un intento de causar una destrucción inmensa en la Tierra.

Sabiendo que solo había una opción para salvar la Tierra, Zero rechaza la súplica de Ciel de ser transferido de Ragnarok a la Base de la Resistencia y sacrifica su vida para destruir el núcleo de Ragnarok antes de que se estrelle contra la Tierra. Ciel, al ver caer los restos de Ragnarok, promete reconstruir la Tierra como un lugar mejor donde reine la paz entre Reploids y humanos. La serie termina con una imagen del casco destrozado de Zero en el suelo junto con los escombros de Ragnarok.