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Articulo de referencia

DAVID

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DAVID (la base de datos para anotación, visualización y descubrimiento integrado ) es un recurso bioinformático en línea gratuito desarrollado por el Laboratorio de Retrovirología Humana e Inmunoinformática ( LHRI ). [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Todas las herramientas de los Recursos Bioinformáticos DAVID tienen como objetivo proporcionar una interpretación funcional de grandes listas de genes derivadas de estudios genómicos, por ejemplo, estudios de microarrays y proteómica . DAVID se puede encontrar en https://david.ncifcrf.gov/

Los recursos bioinformáticos DAVID constan de la base de conocimientos DAVID y cinco conjuntos de herramientas integradas de anotación funcional basadas en la web: la herramienta de clasificación funcional de genes DAVID, la herramienta de anotación funcional DAVID, la herramienta de conversión de identificadores de genes DAVID, el visor de nombres de genes DAVID y el navegador de genomas de patógenos DAVID NIAID. La base de conocimientos DAVID ampliada integra ahora casi todos los recursos bioinformáticos públicos más importantes y conocidos, centralizados mediante el concepto de gen DAVID, un método de enlace único para agrupar decenas de millones de identificadores de genes/proteínas y términos de anotación diversos procedentes de diversas bases de datos bioinformáticas públicas. Para cualquier lista de genes cargada, DAVID Resources ahora proporciona no solo el análisis típico de enriquecimiento de términos genéticos, sino también nuevas herramientas y funciones que permiten a los usuarios condensar grandes listas de genes en grupos funcionales, convertir entre identificadores de genes y proteínas, visualizar relaciones entre muchos genes y muchos términos, agrupar términos redundantes y heterogéneos, buscar genes o términos interesantes y relacionados, visualizar dinámicamente los genes de sus listas en rutas biológicas y mucho más.

La actualización DAVID 2021 se publicó en diciembre de 2021. [ 8 ] Se programó que la base de conocimientos se actualizara trimestralmente.

Funcionalidad

DAVID proporciona un conjunto completo de herramientas de anotación funcional para que los investigadores comprendan el significado biológico de grandes listas de genes. Para cualquier lista de genes, las herramientas de DAVID permiten:

  • Identificar temas biológicos enriquecidos, en particular términos GO.
  • Descubra grupos de genes funcionalmente relacionados y enriquecidos
  • Agrupar términos de anotación redundantes
  • Visualiza los genes en los mapas de vías metabólicas de BioCarta y KEGG.
  • Visualización de relaciones entre múltiples genes y múltiples términos en una vista bidimensional.
  • Buscar otros genes funcionalmente relacionados que no estén en la lista
  • Enumerar las proteínas que interactúan
  • Explorar nombres de genes en lote
  • Vincular asociaciones entre genes y enfermedades
  • Resaltar los dominios y motivos funcionales de las proteínas.
  • Redirigir a literatura relacionada
  • Convertir identificadores de genes de un tipo a otro.
  • https://david-d.ncifcrf.gov/
  • Anotación GO de plantas para 165 especies y análisis de enriquecimiento GO. Archivado el 8 de febrero de 2017 en Wayback Machine.

Referencias

  1. ↑ "Licencia: Los usuarios de instituciones académicas, sin fines de lucro y gubernamentales pueden usar EASE libremente" . Archivado del original el 15 de octubre de 2011. Consultado el 4 de febrero de 2012 .
  2. ↑ Huang DW, Lempicki RA (2009). "Análisis sistemático e integrador de grandes listas de genes utilizando los recursos bioinformáticos DAVID". Nature Protocols . 4 (1): 44– 57. doi : 10.1038/nprot.2008.211 . PMID 19131956 . S2CID 10418677 .  
  3. ↑ Sherman BT, Huang DW, Tan Q, Guo Y, Bour S, Liu D, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "DAVID Knowledgebase: una base de datos centrada en genes que integra recursos heterogéneos de anotación de genes para facilitar el análisis funcional de genes de alto rendimiento" . BMC Bioinformatics . 8 : 426. doi : 10.1186/1471-2105-8-426 . PMC 2186358. PMID 17980028 .  
  4. ↑ Huang DW, Sherman BT, Tan Q, Collins JR, Alvord WG, Roayaei J, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "La herramienta de clasificación funcional de genes DAVID: un nuevo algoritmo centrado en módulos biológicos para analizar funcionalmente grandes listas de genes" . Genome Biol . 8 (9): R183. doi : 10.1186/gb-2007-8-9-r183 . PMC 2375021. PMID 17784955 .  
  5. ↑ Huang Da, HC; Sherman, BT; Tan, Q; Kir, J; Liu, D; Bryant, D; Guo, Y; Stephens, R; et al. (2007). "Recursos bioinformáticos DAVID: base de datos de anotaciones ampliada y nuevos algoritmos para extraer mejor la biología de grandes listas de genes" . Nucleic Acids Research . 35 (número especial de servidor web): W169–75. doi : 10.1093 / nar/gkm415 . PMC 1933169. PMID 17576678 .   
  6. ↑ Hosack; Dennis Jr, G; Sherman, BT; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "Identificación de temas biológicos dentro de listas de genes con EASE" . Genome Biology . 4 (10): R70. doi : 10.1186/gb-2003-4-10-r70 . PMC 328459. PMID 14519205 .  
  7. ↑ Dennis Jr; Sherman, BT; Hosack, DA; Yang, J; Gao, W; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). " DAVID: Base de datos para anotación, visualización y descubrimiento integrado" . Genome Biology . 4 (5): P3. doi : 10.1186/gb-2003-4-5-p3 . PMC 193660. PMID 12734009 .  
  8. ↑ Información sobre la versión y el lanzamiento, Recursos bioinformáticos de DAVID.
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