DAVID

DAVID (la base de datos para anotación, visualización y descubrimiento integrado ) es un recurso bioinformático gratuito en línea desarrollado por el Laboratorio de Retrovirología Humana e Inmunoinformática (LHRI). ^[2]^[3]^[4]^[5]^[6]^[7] Todas las herramientas de los recursos bioinformáticos de DAVID tienen como objetivo proporcionar una interpretación funcional de grandes listas de genes derivados de estudios genómicos, por ejemplo, estudios de microarrays y proteómica . DAVID se puede encontrar en https://david.ncifcrf.gov/

Los recursos bioinformáticos de DAVID consisten en la base de conocimientos de DAVID y cinco suites integradas de herramientas de anotación funcional basadas en la web: la herramienta de clasificación funcional de genes de DAVID, la herramienta de anotación funcional de DAVID, la herramienta de conversión de identificadores de genes de DAVID, el visualizador de nombres de genes de DAVID y el explorador de genomas de patógenos de DAVID NIAID. La base de conocimientos de DAVID ampliada ahora integra casi todos los recursos bioinformáticos públicos más importantes y conocidos centralizados por el concepto de genes de DAVID, un método de enlace único para aglomerar decenas de millones de identificadores de genes/proteínas y términos de anotación diversos de una variedad de bases de datos bioinformáticas públicas. Para cualquier lista de genes cargada, DAVID Resources ahora proporciona no solo el típico análisis de enriquecimiento de términos genes, sino también nuevas herramientas y funciones que permiten a los usuarios condensar grandes listas de genes en grupos funcionales de genes, convertir entre identificadores de genes/proteínas, visualizar relaciones de muchos genes a muchos términos, agrupar términos redundantes y heterogéneos en grupos, buscar genes o términos interesantes y relacionados, ver dinámicamente genes de sus listas en bio-vías y más.

La actualización de DAVID 2021 se publicó en diciembre de 2021. ^[8] Se ha programado que la base de conocimientos se actualice trimestralmente.

Funcionalidad

DAVID ofrece un conjunto completo de herramientas de anotación funcional para que los investigadores comprendan el significado biológico de una gran lista de genes. Para cualquier lista de genes dada, las herramientas de DAVID pueden:

Identificar temas biológicos enriquecidos, particularmente términos GO
Descubra grupos de genes funcionalmente relacionados y enriquecidos
Términos de anotación redundante de clúster
Visualice genes en los mapas de vías de BioCarta y KEGG
Muestra muchos genes a muchos términos relacionados en una vista 2D.
Busque otros genes funcionalmente relacionados que no estén en la lista
Lista de proteínas que interactúan
Explorar nombres de genes en lote
Vincular las asociaciones entre genes y enfermedades
Resaltar los dominios y motivos funcionales de las proteínas
Redirigir a literatura relacionada
Convertir identificadores genéticos de un tipo a otro.

Enlaces externos

https://david-d.ncifcrf.gov/
Anotación GO de plantas para 165 especies y análisis de enriquecimiento GO Archivado el 8 de febrero de 2017 en Wayback Machine

Referencias

^ "Licencia: Los usuarios de instituciones académicas, sin fines de lucro y gubernamentales pueden utilizar EASE libremente". Archivado desde el original el 15 de octubre de 2011. Consultado el 4 de febrero de 2012 .
^ Huang DW, Lempicki RA (2009). "Análisis sistemático e integrador de grandes listas de genes utilizando recursos bioinformáticos de DAVID". Nature Protocols . 4 (1): 44–57. doi :10.1038/nprot.2008.211. PMID 19131956. S2CID 10418677.
^ Sherman BT, Huang DW, Tan Q, Guo Y, Bour S, Liu D, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "DAVID Knowledgebase: una base de datos centrada en genes que integra recursos de anotación de genes heterogéneos para facilitar el análisis funcional de genes de alto rendimiento". BMC Bioinformatics . 8 : 426. doi : 10.1186/1471-2105-8-426 . PMC 2186358 . PMID 17980028.
^ Huang DW, Sherman BT, Tan Q, Collins JR, Alvord WG, Roayaei J, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "La herramienta de clasificación funcional de genes DAVID: un nuevo algoritmo biológico centrado en módulos para analizar funcionalmente grandes listas de genes". Genome Biol . 8 (9): R183. doi : 10.1186/gb-2007-8-9-r183 . PMC 2375021. PMID 17784955 .
^ Huang Da, HC; Sherman, BT; Tan, Q; Kir, J; Liu, D; Bryant, D; Guo, Y; Stephens, R; et al. (2007). "Recursos de bioinformática DAVID: base de datos de anotaciones expandida y algoritmos novedosos para extraer mejor la biología de grandes listas de genes". Nucleic Acids Research . 35 (número de servidor web): W169–75. doi :10.1093/nar/gkm415. PMC 1933169 . PMID 17576678.
^ Hosack; Dennis Jr, G; Sherman, BT; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "Identificación de temas biológicos dentro de listas de genes con EASE". Genome Biology . 4 (10): R70. doi : 10.1186/gb-2003-4-10-r70 . PMC 328459 . PMID 14519205.
^ Dennis Jr; Sherman, BT; Hosack, DA; Yang, J; Gao, W; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "DAVID: Base de datos para anotación, visualización y descubrimiento integrado". Genome Biology . 4 (5): P3. doi : 10.1186/gb-2003-4-5-p3 . PMC 193660 . PMID 12734009.
^ Información sobre versiones y lanzamientos, Recursos de bioinformática de DAVID.

[1] "Licencia: Los usuarios de instituciones académicas, sin fines de lucro y gubernamentales pueden utilizar EASE libremente". Archivado desde el original el 15 de octubre de 2011. Consultado el 4 de febrero de 2012 .

[2] Huang DW, Lempicki RA (2009). "Análisis sistemático e integrador de grandes listas de genes utilizando recursos bioinformáticos de DAVID". Nature Protocols . 4 (1): 44–57. doi :10.1038/nprot.2008.211. PMID 19131956. S2CID 10418677.

[3] Sherman BT, Huang DW, Tan Q, Guo Y, Bour S, Liu D, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "DAVID Knowledgebase: una base de datos centrada en genes que integra recursos de anotación de genes heterogéneos para facilitar el análisis funcional de genes de alto rendimiento". BMC Bioinformatics . 8 : 426. doi : 10.1186/1471-2105-8-426 . PMC 2186358 . PMID 17980028.

[4] Huang DW, Sherman BT, Tan Q, Collins JR, Alvord WG, Roayaei J, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). "La herramienta de clasificación funcional de genes DAVID: un nuevo algoritmo biológico centrado en módulos para analizar funcionalmente grandes listas de genes". Genome Biol . 8 (9): R183. doi : 10.1186/gb-2007-8-9-r183 . PMC 2375021. PMID 17784955 .

[5] Huang Da, HC; Sherman, BT; Tan, Q; Kir, J; Liu, D; Bryant, D; Guo, Y; Stephens, R; et al. (2007). "Recursos de bioinformática DAVID: base de datos de anotaciones expandida y algoritmos novedosos para extraer mejor la biología de grandes listas de genes". Nucleic Acids Research . 35 (número de servidor web): W169–75. doi :10.1093/nar/gkm415. PMC 1933169 . PMID 17576678.

[6] Hosack; Dennis Jr, G; Sherman, BT; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "Identificación de temas biológicos dentro de listas de genes con EASE". Genome Biology . 4 (10): R70. doi : 10.1186/gb-2003-4-10-r70 . PMC 328459 . PMID 14519205.

[7] Dennis Jr; Sherman, BT; Hosack, DA; Yang, J; Gao, W; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "DAVID: Base de datos para anotación, visualización y descubrimiento integrado". Genome Biology . 4 (5): P3. doi : 10.1186/gb-2003-4-5-p3 . PMC 193660 . PMID 12734009.

[8] Información sobre versiones y lanzamientos, Recursos de bioinformática de DAVID.