DNase-Seq

DNase-seq ( secuenciación de sitios hipersensibles a la DNasa I ) es un método de biología molecular utilizado para identificar la ubicación de regiones reguladoras, basado en la secuenciación de todo el genoma de regiones sensibles a la escisión por la DNasa I. [ ^{1 ] [ 2 ] [ 3 ] FAIRE} -Seq es un sucesor de DNase-seq para la identificación de todo el genoma de regiones de ADN accesibles en el genoma. Ambos protocolos para identificar regiones de cromatina abierta tienen sesgos que dependen de la estructura subyacente del nucleosoma . Por ejemplo, FAIRE-seq proporciona recuentos de etiquetas más altos en regiones no promotoras. ^{[ 4 ]} Por otro lado, la señal de DNase-seq es más alta en las regiones promotoras, y se ha demostrado que DNase-seq tiene mejor sensibilidad que FAIRE-seq incluso en regiones no promotoras. ^{[ 4 ]}

La secuenciación de ADN mediante DNasa requiere análisis bioinformáticos posteriores para obtener huellas de ADN en todo el genoma . Las herramientas computacionales propuestas se pueden clasificar en dos categorías: enfoques basados ​​en segmentación y enfoques centrados en sitios. Los métodos basados ​​en segmentación se basan en la aplicación de modelos ocultos de Markov o métodos de ventana deslizante para segmentar el genoma en regiones de cromatina abierta/cerrada. Ejemplos de estos métodos son: HINT, ^{[ 5 ]} el método de Boyle ^{[ 6 ]} y el método de Neph. ^{[ 7 ]} Por otro lado, los métodos centrados en sitios encuentran huellas a partir del perfil de cromatina abierta alrededor de sitios de unión predichos por motivos, es decir, regiones reguladoras predichas utilizando información de secuencia de ADN-proteína (codificada en estructuras como la matriz de peso de posición ). Ejemplos de estos métodos son CENTIPEDE ^{[ 8 ]} y el método de Cuellar-Partida. ^{[ 9 ]}

• Análisis de huella de DNasa I de datos de DNase-seq en R/Bioconductor
• SUGERENCIA  : Tutorial para la detección de huellas de ADNasa con HINT.
• Sitio web de CENTIPEDE