Quemador oscuro

En química , un supresor oscuro (también conocido como absorbente oscuro ) es una sustancia que absorbe la energía de excitación de un fluoróforo y la disipa en forma de calor ; mientras que un supresor típico ( fluorescente ) reemite gran parte de esta energía como luz . ^{[ 1 ]} Los supresores oscuros se utilizan en biología molecular junto con fluoróforos. Cuando ambos se encuentran cerca, como en una molécula o proteína , la emisión del fluoróforo se suprime. Este efecto puede utilizarse para estudiar la geometría y el movimiento molecular .

Un ejemplo de su uso se encuentra en los métodos de genotipado de SNP TaqMan o Invader . Por ejemplo, se utiliza un bucle en horquilla con un fluoróforo y un extintor en la base del tallo. Un cebador de PCR específico para SNP sin marcar (uno de muchos) con una cola 5' específica se une a la secuencia que se va a analizar, y la polimerasa Taq extiende la secuencia que tendrá un extremo 5' específico dependiente del SNP (insensible a los polimorfismos aguas arriba del SNP en cuestión). En la siguiente corrida, se extiende un cebador , complementario a esa cola, con un bucle en horquilla. En la siguiente corrida, la elongación de la hebra complementaria linealizará la horquilla separando el fluoróforo y el extintor. Una alternativa al uso de extintores es el uso de FRET, donde la combinación de dos colorantes produce una señal. ^{[ 2 ]}

Los extintores oscuros son colorantes sin fluorescencia intrínseca . Hasta hace pocos años, los extintores solían ser un segundo colorante fluorescente, por ejemplo, fluoresceína como marcador y tetrametilrodamina como extintor (sondas FAM/TAM). Sin embargo, la fluorescencia del extintor puede aumentar el ruido de fondo debido a la superposición entre los espectros de fluorescencia del extintor y del marcador. Esta limitación a menudo requiere el uso de análisis de datos complejos y filtros ópticos. Los extintores oscuros ofrecen una solución a este problema, ya que no ocupan un ancho de banda de emisión . Además, permiten la multiplexación (cuando se utilizan dos o más sondas marcador-extintor juntas).

Los colorantes fluorescentes absorben luz, lo que los coloca en un estado excitado; el colorante regresa al estado fundamental desde el estado excitado emitiendo luz (fluorescencia). En un sistema reportero-extintor, el colorante transfiere energía al extintor de forma no radiativa (sin luz). Esto hace que el colorante regrese al estado fundamental y genera el estado excitado del extintor. El extintor luego regresa al estado fundamental mediante decaimiento emisivo ( fluorescencia ) o de forma no radiativa (extinción en la oscuridad). En el decaimiento no radiativo o en la oscuridad, la energía se libera a través de vibraciones moleculares (calor). Con la concentración típica de muestra de μM o menos, el calor de la decaimiento no radiativo es demasiado pequeño para afectar la temperatura de la solución.

• El dabsyl (ácido dimetilaminoazobencenosulfónico) absorbe en el espectro verde y se usa frecuentemente con fluoresceína. (El dabsyl tiene una absorción casi idéntica, pero contiene cloruro de sulfonilo para formar conjugados más estables, en lugar de un éster de succinimidilo).
• Los supresores de agujeros negros son capaces de suprimir la luz en todo el espectro visible.
• Los supresores Qxl abarcan todo el espectro visible.
• El Iowa Black FQ absorbe en la parte verde-rosa del espectro.
• El filtro Iowa Black RQ bloquea la parte naranja-roja y fluorescente del espectro.
• IRDye QC-1 extingue los colorantes desde el rango visible hasta el infrarrojo cercano (500-900  nm). ^{[ 3 ]}

• J. Lakowicz, Principios de espectroscopia de fluorescencia , 2ª ed., Plenum, Nueva York, 1999 .
• Johansson, MK; Cook, RM (2003). "Dímeros intramoleculares: una nueva estrategia de diseño para sondas con extinción de fluorescencia" . Chem. Eur. J. 9 ( 15): 3466– 3471. Bibcode : 2003ChEuJ...9.3466J . doi : 10.1002/chem.200304941 . PMID 12898673 . 

• Manual de Invitrogen: Colorantes QSY.
• Extintor universal IRDye QC-1 (500-900 nm)