taxón oscuro

Un taxón oscuro ( pl. taxones oscuros ) es un término que generalmente se usa para denotar taxones pertenecientes a grupos para los cuales el número estimado de especies supera ampliamente el número de especies descritas actualmente . ^{[ 1 ] [ 2 ]} El concepto se creó en respuesta al avance de técnicas moleculares como el código de barras de ADN , que han permitido a los taxónomos estimar con mayor precisión el número de especies no descritas en un grupo taxonómico. ^{[ 3 ] [ 4 ] [ 2 ]}

Aunque la definición exacta del término puede variar entre los estudios de diferentes ramas del árbol de la vida , dependiendo de sus principales métodos de estudio, los taxones oscuros generalmente son difíciles de identificar y aislar de otros taxones similares o relacionados. El surgimiento del concepto de taxón oscuro ha resaltado la divergencia entre los métodos morfológicos tradicionales en taxonomía y los métodos moleculares más recientes . ^{[ 5 ] [ 1 ]}

Debido a las diferencias en los métodos utilizados para identificar y describir nuevas especies en el árbol de la vida, existen múltiples definiciones de lo que constituye un taxón oscuro. El término "taxón oscuro" fue acuñado por primera vez por Roderic DM Page en una publicación de blog de 2011 que mostraba el creciente número de secuencias en GenBank que carecían de nombres taxonómicos. ^{[ 6 ] [ 2 ]} Ampliando su definición en un artículo de 2016, ^{[ 3 ]} Page utilizó el término taxón oscuro para referirse específicamente a los códigos de barras generados a partir de secuencias en bases de datos que no han sido asignadas a una especie conocida y formalmente descrita. ^{[ 3 ] [ 6 ]} Desde la introducción del término, la definición de "taxón oscuro" se ha expandido y diversificado de acuerdo con los desafíos específicos en el estudio de taxones en diferentes ramas del árbol de la vida.

En entomología y micología , se han utilizado métodos moleculares como el código de barras de ADN a gran escala y el metabarcoding de ADN ambiental para estimar el número de especies no descritas en un grupo taxonómico calculando la proporción de unidades taxonómicas operativas (OTU) para las que existe una especie conocida descrita asociada, respecto del número total de OTU obtenidas mediante el muestreo de insectos a gran escala. ^{[ 4 ] [ 1 ]} Los grupos taxonómicos donde el número de "especies" obtenidas mediante la agrupación de secuencias en OTU supera ampliamente el número de especies conocidas descritas se denominan taxones oscuros. ^{[ 2 ]} Hartop et al. 2022 definen los taxones oscuros como grupos taxonómicos donde el número estimado de especies supera las 1000, mientras que el número de especies actualmente descritas es inferior al 10 % de esa estimación. Esta definición enfatiza la gran diversidad en un grupo taxonómico en contraste con el número mucho menor de taxones en ese grupo que han sido descritos. ^{[ 2 ]}

Nilsson et al. (2023) definen los taxones oscuros (en el contexto de la micología) como aquellos que no parecen producir ninguna estructura morfológica observable y que parecen imposibles de cultivar en condiciones de laboratorio .

Los taxones oscuros no deben confundirse con la diversidad oscura , un concepto ecológico que se refiere a las especies ausentes de una comunidad local a pesar de las condiciones ambientales adecuadas.

El concepto de taxón oscuro existe en todos los estudios sobre la diversidad de los organismos vivos, pero los factores que crean los taxones oscuros pueden variar entre los diferentes grupos taxonómicos.

En taxonomía y sistemática de insectos, la existencia de taxones oscuros se atribuye a menudo al impedimento taxonómico . ^{[ 7 ] [ 8 ]} Una combinación de la falta de taxónomos, la falta de financiación para la taxonomía y el lento ritmo de algunos grupos taxonómicos más complejos son responsables de la discrepancia entre el número de especies de insectos descritas y estimadas. ^{[ 7 ] [ 9 ] [ 10 ]}

Si bien el impedimento taxonómico está presente en otros grupos taxonómicos, otros desafíos también pueden ralentizar la tasa de descripción de nuevas especies, causando la discrepancia entre los taxones estimados y conocidos, lo que lleva a la designación de taxones oscuros. En micología, algunos taxones de hongos suelen ser difíciles de cultivar en condiciones de laboratorio o tienen pocas características morfológicas distintivas. ^{[ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]} Según las directrices para la nomenclatura de especies, el Código Internacional de Nomenclatura para algas, hongos y plantas (ICN) requiere la designación de un espécimen tipo al describir una nueva especie de hongo, a menudo en forma de un espécimen cultivado. ^{[ 14 ] [ 11 ]} Esto ralentiza significativamente el proceso de descripción de nuevas especies, exacerbando la prevalencia de taxones oscuros en micología.

Los enfoques adoptados para describir taxones oscuros varían entre disciplinas. Algunos taxónomos han sugerido abandonar el uso de métodos morfológicos tradicionales en favor de métodos moleculares para abordar el problema de los taxones oscuros. ^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]} Bajo estos sistemas propuestos, las descripciones de nuevas especies podrían realizarse completamente a través del análisis de secuencias de ADN. Sin embargo, el nivel de aceptación de este nuevo sistema varía entre disciplinas y ha sido desaconsejado por muchos taxónomos en favor de un sistema más integrado que utilice métodos descriptivos tanto moleculares como morfológicos. ^{[ 5 ] [ 19 ] [ 2 ] [ 7 ] [ 20 ]}

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