Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Adquisición independiente de datos

En espectrometría de masas , la adquisición independiente de datos ( DIA ) es un método de determinación de la estructura molecular en el que todos los iones dentro de un rango ...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

En espectrometría de masas , la adquisición independiente de datos ( DIA ) es un método de determinación de la estructura molecular en el que todos los iones dentro de un rango m/z seleccionado se fragmentan y analizan en una segunda etapa de espectrometría de masas en tándem . [ 1 ] [ 2 ] Los espectros de masas en tándem se adquieren fragmentando todos los iones que entran al espectrómetro de masas en un momento dado (llamado DIA de banda ancha) o aislando y fragmentando secuencialmente rangos de m/z . [ 3 ] DIA es una alternativa a la adquisición dependiente de datos (DDA) donde se selecciona un número fijo de iones precursores y se analiza mediante espectrometría de masas en tándem .

Banda ancha

Uno de los primeros enfoques de DIA fue un método de disociación de boquilla-skimmer llamado disociación inducida por colisión de escopeta (CID). [ 4 ] [ 5 ] La fragmentación puede ocurrir en la fuente de iones del espectrómetro de masas aumentando el voltaje de la boquilla-skimmer en la ionización por electrospray .

MS E es una técnica DIA de banda ancha que utiliza CID de baja energía y CID de alta energía alternadas. El CID de baja energía se utiliza para adquirir espectros de masas de iones precursores , mientras que el CID de alta energía se utiliza para obtener información de iones producto mediante espectrometría de masas en tándem. [ 5 ]

Análisis de datos

El análisis de datos suele ser complejo para los métodos DIA, ya que los espectros de iones fragmento resultantes presentan una alta multiplexación. Por lo tanto, en los espectros DIA se pierde la relación directa entre un ion precursor y sus iones fragmento, dado que estos últimos pueden provenir de múltiples iones precursores (cualquier ion precursor presente en el rango m/z del que se derivó el espectro DIA).

Un enfoque para el análisis de datos DIA intenta utilizar motores de búsqueda basados ​​en bases de datos, empleados en la adquisición dependiente de datos, para buscar en los espectros multiplexados producidos. [ 4 ] [ 6 ] Este enfoque puede mejorarse asignando iones fragmento individuales a iones precursores observados en escaneos de iones precursores, utilizando el perfil de elución de los iones fragmento y los iones precursores, y luego buscando en los "pseudoespectros" resultantes. [ 5 ]

Un segundo enfoque para el análisis de datos DIA se basa en un análisis dirigido, también conocido como SWATH-MS (Adquisición secuencial con ventana de todos los espectros de masas de iones fragmento teóricos). [ 7 ] Este enfoque utiliza la extracción dirigida de trazas de iones fragmento directamente para su identificación y cuantificación sin un intento explícito de desmultiplexar los espectros de iones fragmento DIA.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Doerr, Allison (2014). "Espectrometría de masas DIA". Nature Methods . 12 (1): 35. doi : 10.1038/nmeth.3234 . ISSN 1548-7091 . S2CID 83712891 .  
  2. ↑ Law, Kai Pong; Lim, Yoon Pin (2014). "Avances recientes en espectrometría de masas: análisis independiente de datos y monitorización de hiperreacción". Expert Review of Proteomics . 10 (6): 551– 566. doi : 10.1586/14789450.2013.858022 . ISSN 1478-9450 . PMID 24206228. S2CID 29969570 .   
  3. ↑ Chapman, John D.; Goodlett, David R.; Masselon, Christophe D. (2014). "Espectrometría de masas en tándem multiplexada e independiente de datos para el perfilado global del proteoma". Mass Spectrometry Reviews . 33 (6): 452– 470. Bibcode : 2014MSRv...33..452C . doi : 10.1002/mas.21400 . ISSN 0277-7037 . PMID 24281846 .  
  4. 1 2 Purvine, Samuel; Eppel, Jason-Thomas; Yi, Eugene C.; Goodlett, David R. (2003). "Disociación de péptidos inducida por colisión de escopeta utilizando un analizador de masas de tiempo de vuelo". Proteomics . 3 (6): 847– 850. doi : 10.1002/pmic.200300362 . ISSN 1615-9853 . PMID 12833507 . S2CID 31639003 .   
  5. 1 2 3 Plumb, Robert S.; Johnson, Kelly A.; Rainville, Paul; Smith, Brian W.; Wilson, Ian D.; Castro-Perez, Jose M.; Nicholson, Jeremy K. (2006). "UPLC/MSE; un nuevo enfoque para generar información de fragmentos moleculares para la elucidación de la estructura de biomarcadores". Rapid Communications in Mass Spectrometry . 20 (13): 1989– 1994. Bibcode : 2006RCMS...20.1989P . doi : 10.1002/rcm.2550 . ISSN 0951-4198 . PMID 16755610 .  
  6. ↑ Venable JD, Dong MQ, Wohlschlegel J, Dillin A, Yates JR (2004). "Enfoque automatizado para el análisis cuantitativo de mezclas complejas de péptidos a partir de espectros de masas en tándem". Nat. Methods . 1 (1): 39– 45. doi : 10.1038/nmeth705 . PMID 15782151 . S2CID 9780065 .  
  7. ↑ Gillet LC, Navarro P, Tate S, Röst H, Selevsek N, Reiter L, Bonner R, Aebersold R (2012). "Extracción de datos dirigida de los espectros MS/MS generados por adquisición independiente de datos: un nuevo concepto para un análisis de proteoma consistente y preciso" . Mol . Cell. Proteomics . 11 (6) O111.016717. doi : 10.1074/mcp.O111.016717 . PMC 3433915. PMID 22261725 .  

Lecturas adicionales

  • Bilbao, Aivett; Varesio, Emmanuel; Luban, Jeremy; Strambio-De-Castillia, Caterina; Hopfgartner, Gérard; Müller, Markus; Lisacek, Frédérique (2015). "Estrategias de procesamiento y soluciones de software para la adquisición independiente de datos en espectrometría de masas" . Proteomics . 15 ( 5–6 ) : 964–980 . doi : 10.1002/pmic.201400323 . ISSN 1615-9853 . PMID 25430050. S2CID 24822571 .