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Articulo de referencia

Base de datos de movimientos moleculares

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La base de datos de movimientos macromoleculares es una base de datos bioinformática y una herramienta de software como servicio que intenta categorizar los movimientos macromoleculares , también conocidos como cambios conformacionales . [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] Fue desarrollada originalmente por Mark B. Gerstein , Werner Krebs y Nat Echols en el Departamento de Biofísica Molecular y Bioquímica de la Universidad de Yale . [ 7 ] [ 8 ]

Discusión

Desde su introducción a finales de la década de 1990, los artículos revisados ​​por pares en la base de datos han recibido miles de citas. [ 9 ] [ 10 ] La base de datos ha sido mencionada en artículos de noticias en importantes revistas científicas, [ 4 ] [ 6 ] capítulos de libros, [ 5 ] y en otros lugares. [ 7 ] [ 8 ]

Los usuarios pueden buscar en la base de datos un movimiento específico por nombre de proteína o número de identificación del Protein Data Bank . [ 1 ] Sin embargo, normalmente los usuarios acceden a la base de datos a través del Protein Data Bank , que suele proporcionar un enlace a la entrada de molmovdb para las proteínas que se encuentran en ambas bases de datos.

La base de datos incluye una herramienta web (el servidor Morph) que permite a usuarios no expertos animar y visualizar ciertos tipos de cambios conformacionales de proteínas mediante la generación de vídeos cortos. Este sistema utiliza técnicas de modelado molecular para interpolar los cambios estructurales entre dos conformaciones proteicas diferentes y generar un conjunto de estructuras intermedias. Posteriormente, se envía al usuario por correo electrónico un enlace a los resultados de la animación. [ 3 ]

El Morph Server fue originalmente principalmente una herramienta de investigación en lugar de una herramienta general de animación molecular, y por lo tanto ofrecía solo un control limitado del usuario sobre la renderización, los parámetros de animación, el color y el punto de vista, y los métodos originales a veces requerían una cantidad considerable de tiempo de CPU para completarse. [ 11 ] Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y el servidor morph asociado han sido desarrollados para tratar de abordar algunas de estas deficiencias [ 2 ] [ 12 ] así como agregar nuevas características, como el análisis de modo normal . [ 13 ] Otros campos de investigación han desarrollado posteriormente sistemas alternativos, como MovieMaker Archivado el 24-01-2016 en la Wayback Machine de la Universidad de Alberta . [ 11 ]

Comercialización

El proveedor de bioinformática DNASTAR ha incorporado morfos de la base de datos a su producto comercial Protean3D. [ 14 ] [ 15 ] La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si es que existe, no está del todo clara.

Véase también

Notas

  • Gu, Jenny; Bourne, Philip E. (marzo de 2009). Bioinformática estructural (2.ª  ed.). Wiley-Blackwell. ISBN 978-0-470-18105-8.
  • Frauenfelder, Hans (10 de junio de 2010). «Capítulo 26 sobre el movimiento de las proteínas». Física de las proteínas: Introducción a la física biológica y la biofísica molecular (Física biológica y médica, Ingeniería biomédica) . Springer. ISBN 978-1441910431.
  • Frauenfelder H (20 de abril de 1989). "Nuevas miradas a los movimientos de las proteínas". Naturaleza . 338 (6217): 623– 4. Bibcode : 1989Natur.338..623F . doi : 10.1038/338623a0 . S2CID 33628943 . 
  • Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (marzo de 2005). "Modos normales para predecir movimientos de proteínas: una evaluación exhaustiva de la base de datos y una herramienta web asociada" . Protein Sci . 14 (3): 633–43 . doi : 10.1110/ps.04882105 . PMC 2279292. PMID 15722444 .  
  • Alexandrov V, Gerstein M (enero de 2004). " Uso de modelos ocultos de Markov 3D que representan explícitamente coordenadas espaciales para modelar y comparar estructuras proteicas" . BMC Bioinformatics . 5 :2. doi : 10.1186/1471-2105-5-2 . PMC 344530. PMID 14715091 .  
  • Echols N, Milburn D, Gerstein M (enero de 2003). "MolMovDB: análisis y visualización del cambio conformacional y la flexibilidad estructural" . Nucleic Acids Res . 31 (1): 478–82 . doi : 10.1093/nar/gkg104 . PMC 165551. PMID 12520056 .  
  • Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (septiembre de 2002). "Análisis de modos normales de movimientos macromoleculares en un marco de base de datos: desarrollo de la concentración de modos como una estadística de clasificación útil". Proteins . 48 ( 4): 682– 95. doi : 10.1002/prot.10168 . PMID 12211036. S2CID 1132091 .  

Referencias

  1. 1 2 Gerstein M, Krebs W (septiembre de 1998). " Una base de datos de movimientos macromoleculares" . Nucleic Acids Res . 26 (18): 4280–90 . doi : 10.1093/nar/26.18.4280 . PMC 147832. PMID 9722650 .  
  2. 1 2 Flores, S; Echols, N; Milburn, D; Hespenheide, B; Keating, K; Lu, J; Wells, S; Yu, EZ; Thorpe, M; Gerstein, M (2006). "La base de datos de movimientos macromoleculares: nuevas características añadidas en la década" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): D296–301. doi : 10.1093/nar/ gkj046 . PMC 1347409. PMID 16381870 .  
  3. 1 2 Krebs WG, Gerstein M (abril de 2000). "ENCUESTA Y RESUMEN: El servidor morph: un sistema estandarizado para analizar y visualizar movimientos macromoleculares en un marco de base de datos" . Nucleic Acids Res . 28 (8): 1665–75 . doi : 10.1093/nar/28.8.1665 . PMC 102811. PMID 10734184 .  
  4. 1 2 "Hot Picks". Science . 284 (5416): 871b–871. 1999-05-07. doi : 10.1126/science.284.5416.871b . ISSN 0036-8075 . S2CID 220104660 .  
  5. 1 2 Bourne PE, Helge W, eds. (2003). Bioinformática estructural . Hoboken, NJ: Wiley-Liss. pág . 229. ISBN  978-0-471-20199-1OCLC 50199108​​ 
  6. 1 2 Bourne, PE; Murray-Rust, J; Lakey JH (febrero de 1999). "Interacciones proteína-ácido nucleico Plegamiento y unión Alerta web". Current Opinion in Structural Biology . 9 (1): 9– 10. doi : 10.1016/S0959-440X(99)90000-3 .
  7. 1 2 "Morfos" . Proteopeida . Consultado el 30 de octubre de 2015 .
  8. 1 2 Borner (ed.). Herramientas de gestión y visualización del conocimiento en apoyo del descubrimiento (Informe del taller de la NSF) (PDF) (Informe). Taller de la Fundación Nacional de Ciencias. pág. 5. Archivado del original (PDF) el 4 de marzo de 2016. Recuperado el 26 de diciembre de 2015 . 
  9. ↑ "Mark Gerstein - Citas en Google Scholar" . scholar.google.com . Consultado el 26 de diciembre de 2015 .
  10. ↑ "Werner G. Krebs - Citas en Google Scholar" . scholar.google.com . Consultado el 26 de diciembre de 2015 .
  11. 1 2 Maiti R, Van Domselaar GH, Wishart DS (julio de 2005). "MovieMaker: un servidor web para la representación rápida de movimientos e interacciones de proteínas" . Nucleic Acids Res . 33 (número especial de servidores web): W358–62. doi : 10.1093/nar/gki485 . PMC 1160245. PMID 15980488 .  
  12. ↑ Alexandrov V, Gerstein M (enero de 2004). " Uso de modelos ocultos de Markov 3D que representan explícitamente coordenadas espaciales para modelar y comparar estructuras proteicas" . BMC Bioinformatics . 5 :2. doi : 10.1186/1471-2105-5-2 . PMC 344530. PMID 14715091 .  
  13. ↑ Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (marzo de 2005). "Modos normales para predecir movimientos de proteínas: una evaluación exhaustiva de la base de datos y una herramienta web asociada" . Protein Sci . 14 (3): 633–43 . doi : 10.1110/ps.04882105 . PMC 2279292. PMID 15722444 .  
  14. ↑ "La biblioteca de movimiento en la documentación de Protean3D" . www.dnastar.com . Consultado el 13 de noviembre de 2015 .
  15. ↑ "Descripción general de Protean3D" . www.dnastar.com . Consultado el 13 de noviembre de 2015 .
  • La base de datos de movimientos macromoleculares (molmovdb)
  • MovieMaker de la Universidad de Alberta. Archivado el 24 de enero de 2016 en Wayback Machine.