El factor de Debye-Waller (DWF), que recibe su nombre de Peter Debye e Ivar Waller , se utiliza en física de la materia condensada para describir la atenuación de la dispersión de rayos X o la dispersión coherente de neutrones causada por el movimiento térmico. [ 1 ] [ 2 ] También se le denomina factor de temperatura . A menudo, el término «factor de Debye-Waller» se utiliza como término genérico que engloba el factor de Lamb-Mössbauer de la dispersión incoherente de neutrones y la espectroscopia Mössbauer .
El DWF depende del vector de dispersión q . Para un q dado , DWF( q )da la fracción de dispersión elástica ; 1 – DWF( q )correspondientemente da la fracción de dispersión inelástica (estrictamente hablando, esta interpretación de probabilidad no es cierta en general [ 3 ] ). En los estudios de difracción , solo la dispersión elástica es útil; en los cristales, da lugar a picos de reflexión de Bragg distintos . Los eventos de dispersión inelástica son indeseables ya que causan un fondo difuso , a menos que se analicen las energías de las partículas dispersas, en cuyo caso contienen información valiosa (por ejemplo, en la dispersión inelástica de neutrones o la espectroscopia de pérdida de energía de electrones ).
La expresión básica para la DWF viene dada por
donde u es el desplazamiento de un centro de dispersión, yIndica promediado térmico o temporal.
Suponiendo la harmonicidad de los centros de dispersión en el material en estudio, la distribución de Boltzmann implica quetiene una distribución normal con media cero. Entonces, utilizando por ejemplo la expresión de la función característica correspondiente , la DWF toma la forma
Cabe señalar que, si bien el razonamiento anterior es clásico, lo mismo se aplica a la mecánica cuántica.
Suponiendo también la isotropía del potencial armónico, se puede escribir:
donde q y u son las magnitudes (o valores absolutos) de los vectores q y u respectivamente, yes el desplazamiento cuadrático medio . En las publicaciones cristalográficas, los valores dea menudo se dan donde. Tenga en cuenta que si la onda incidente tiene longitud de onday se dispersa elásticamente con un ángulo de, entonces
En el contexto de las estructuras proteicas , se utiliza el término factor B. El factor B se define como
Se mide en unidades de Ų . Los factores B pueden considerarse indicadores del movimiento vibracional relativo de diferentes partes de la estructura. Los átomos con factores B bajos pertenecen a una parte de la estructura que está bien ordenada. Los átomos con factores B altos generalmente pertenecen a una parte de la estructura que es muy flexible. Cada registro ATOM ( formato de archivo PDB ) de una estructura cristalina depositada en el Protein Data Bank contiene un factor B para ese átomo.
Derivación
Introducción
Los experimentos de dispersión son un método común para estudiar los cristales . Estos experimentos suelen involucrar una sonda (por ejemplo, rayos X o neutrones ) y un sólido cristalino. Una sonda bien caracterizada que se propaga hacia el cristal puede interactuar con él y dispersarse de una manera particular. Las expresiones matemáticas que relacionan el patrón de dispersión, las propiedades de la sonda, las propiedades del aparato experimental y las propiedades del cristal permiten deducir las características deseadas de la muestra cristalina.
La siguiente derivación se basa en el capítulo 14 de The Oxford Solid State Basics de Simon [ 5 ] y en el informe Atomic Displacement Parameter Nomenclature de Trueblood et al. [ 6 ] (disponible en #Enlaces externos ). Se recomienda consultar estas fuentes para una explicación más detallada. Los antecedentes sobre la mecánica cuántica involucrada pueden encontrarse en Modern Quantum Mechanics de Sakurai y Napolitano [ 7 ] .
Los experimentos de dispersión suelen consistir en una partícula con momento cristalino inicial.incide sobre un sólido. La partícula pasa a través de un potencial distribuido en el espacio,y sale con impulso cristalinoEsta situación se describe mediante la regla de oro de Fermi , que da la probabilidad de transición por unidad de tiempo,, al autoestado de energíaa partir del autoestado de energía debido a la débil perturbación causada por nuestro potencial.
- . (1)
Al insertar un conjunto completo de estados de posición y luego utilizar la expresión de onda plana que relaciona la posición y el momento, encontramos que el elemento de matriz es simplemente una transformada de Fourier del potencial.
- . (2)
Arriba, la longitud de la muestra se denota porAhora suponemos que nuestro sólido es un cristal periódico donde cada celda unitaria está etiquetada por un vector de posición de la red.La posición dentro de una celda unitaria viene dada por un vector. de tal manera que la posición general en el cristal se puede expresar como. Debido a la invariancia traslacional de nuestras celdas unitarias, la distribución potencial de cada celda es idéntica y.
- . (3)
ecuación de Laue
Según la fórmula de suma de Poisson :
- . (4)
es un vector de red recíproca del potencial periódico yes el volumen de su celda unitaria . Al comparar (3) y (4), encontramos que la ecuación de Laue debe cumplirse para que ocurra la dispersión:
- . (5)
(5) es una afirmación sobre la conservación del momento cristalino. Las partículas dispersas en un cristal experimentan un cambio en el vector de onda igual al vector de la red recíproca del cristal. Cuando esto ocurre, la contribución al elemento de matriz es simplemente una constante finita. Por lo tanto, encontramos una relación importante entre las partículas dispersas y el cristal dispersor. La condición de Laue, que establece que el momento cristalino debe conservarse, es equivalente a la condición de Bragg., lo que exige interferencia constructiva para las partículas dispersas. Ahora que vemos cómo el primer factor de (3) determina si las partículas incidentes se dispersan o no, consideramos cómo el segundo factor influye en la dispersión.
Factor de estructura
El segundo término del lado derecho de (3) es el factor de estructura .
- (6)
Para un vector de red recíproca dado (que corresponde a una familia de planos de red etiquetados por índices de Miller)), la intensidad de las partículas dispersas es proporcional al cuadrado del factor de estructura.
- . (7)
En (6) se encuentran aspectos detallados de la estructura cristalina que vale la pena distinguir y discutir.
Factor de Debye-Waller
La consideración del factor de estructura (y nuestra suposición sobre la invariancia traslacional) se complica por el hecho de que los átomos en el cristal pueden desplazarse de sus respectivos sitios de la red. Si consideramos que el potencial de dispersión es proporcional a la densidad de la materia dispersora, reescribimos el factor de estructura.
- . (8)
A partir de ahora, se entiende que la integral se toma sobre la celda unitaria.es la densidad de materia dispersora. Los corchetes angulares indican un promedio temporal de cada celda unitaria, seguido de un promedio espacial sobre cada celda unitaria. Además, suponemos que cada átomo se desplaza independientemente de los demás átomos.
- . (9)
El número de átomos en la celda unitaria esy el factor de ocupación para el átomoes.representa el punto en la celda unitaria para el cual nos gustaría conocer la densidad de materia dispersora.es la densidad de materia dispersada por el átomoen una posición separada de la posición nuclearpor un vector.es la función de densidad de probabilidad para el desplazamiento.es el sitio de la red de referencia desde el cual el átomopuede ser desplazado a una nueva posición. Si es suficientemente simétrico (por ejemplo, simétrico esféricamente),es simplemente la posición nuclear media. Al considerar la dispersión de rayos X, la densidad de materia dispersa consiste en la densidad electrónica alrededor del núcleo. Para la dispersión de neutrones, tenemos-funciones ponderadas por una longitud de dispersiónpara el núcleo correspondiente (véase el pseudopotencial de Fermi ). Nótese que en la discusión anterior, asumimos que los átomos no eran deformables. Teniendo esto en cuenta, (9) puede sustituirse en la expresión (8) para el factor de estructura.
- ;. (10)
Ahora vemos que el factor de estructura general puede representarse como una suma ponderada de factores de estructura.correspondiente a cada átomo. Establecemos el desplazamiento entre la ubicación en el espacio para la cual queremos conocer la densidad de dispersión y la posición de referencia del núcleo igual a una nueva variable.Haga lo mismo para el desplazamiento entre las posiciones nucleares desplazada y de referencia.. Sustituir en (10).
- . (11)
Dentro de los corchetes de (11), convolucionamos la densidad de materia dispersora del átomocon la función de densidad de probabilidad para algún desplazamiento nuclear. Luego, entre llaves, aplicamos la transformada de Fourier a la convolución resultante. El paso final es multiplicar por una fase que depende de la posición de referencia (por ejemplo, la media) del átomo.. Pero, según el teorema de convolución , la transformada de Fourier de una convolución es lo mismo que multiplicar las dos funciones transformadas de Fourier. Igualamos el desplazamiento entre la ubicación en el espacio para la cual queremos conocer la densidad de dispersión y la posición del núcleo a una nueva variable..
- . (12)
Sustituye (12) en (10).
- . (13)
Eso es:
- ;,. (14)
es el factor de forma atómico del átomo; determina cómo la distribución de la materia dispersora alrededor de la posición nuclear influye en la dispersión.es el factor atómico de Debye-Waller; determina cómo la propensión al desplazamiento nuclear desde la posición de la red de referencia influye en la dispersión. La expresión dada paraEn la introducción del artículo, la diferencia radica en la decisión de tomar el promedio de tiempo o de red.
Parámetro de desplazamiento anisotrópico, U
Una simplificación común de (14) es la aproximación armónica, en la que la función de densidad de probabilidad se modela como una gaussiana . Bajo esta aproximación, se ignora el desorden de desplazamiento estático y se supone que los desplazamientos atómicos están determinados completamente por el movimiento (se han considerado modelos alternativos en los que la aproximación gaussiana no es válida en otros trabajos [ 8 ] ).
- ;;. (15)
Hemos eliminado el índice atómico.pertenece a la red directa mientraspertenecería a la red recíproca. Al elegir la base adimensional conveniente, garantizamos quetendrá unidades de longitud y describirá el desplazamiento. El tensoren (15) es el parámetro de desplazamiento anisotrópico. Con dimensión (longitud), está asociado con los desplazamientos cuadráticos medios. Para el desplazamiento cuadrático medio a lo largo del vector unitario, simplemente tomaLos esquemas relacionados utilizan los parámetroso B en lugar de(Para un análisis más completo, véase Trueblood et al. [ 6 ] ). Finalmente, podemos encontrar la relación entre el factor de Debye-Waller y el parámetro de desplazamiento anisotrópico.
- . (16)
De las ecuaciones (7) y (14), el factor de Debye-Wallercontribuye a la intensidad observada de un experimento de difracción. Y basándonos en (16), vemos que nuestro factor de desplazamiento anisotrópicoes responsable de determinarAdemás, (15) muestra quepuede estar directamente relacionado con la función de densidad de probabilidadpara un desplazamiento nucleardesde la posición media. Como resultado, es posible realizar un experimento de dispersión en un cristal, ajustar el espectro resultante para los diversos átomosvalores, y derivar la tendencia de cada átomo al desplazamiento nuclear a partir de.
Aplicaciones

Los parámetros de desplazamiento anisotrópico suelen ser útiles para visualizar la materia. A partir de (15), podemos definir elipsoides de probabilidad constante para los cuales, dóndees alguna constante. Tales " elipsoides de vibración " se han utilizado para ilustrar estructuras cristalinas. [ 9 ] Alternativamente, superficies de desplazamiento cuadrático medio a lo largo depuede definirse porConsulte los enlaces externos "Galería de ORTEP trazados con rayos", "Artículo de 2005 de Rowsell et al ." y "Artículo de 2009 de Korostelev y Noller" para obtener más imágenes. Los parámetros de desplazamiento anisotrópico también se refinan en programas (por ejemplo, GSAS-II [ 11 ] ) para resolver los espectros de dispersión durante el refinamiento de Rietveld .
The B-factor can also be used to analyze radiation damage caused by the X-ray crystallography process. Localized radiation damage tends to show up as an increase in B-factor of particular "damaged" atoms as the atoms are allowed to move around due to radiation causing chemical changes. By comparing the B-factors of damage-prone atoms (aspartate/glutamate side-chain oxygen atoms) and non-damage-prone atoms, an estimate can be made about the degree of radiation damage present.[12]
References
- ↑Debye, Peter (1913). "Interferenz von Röntgenstrahlen und Wärmebewegung". Annalen der Physik (in German). 348 (1): 49–92. Bibcode:1913AnP...348...49D. doi:10.1002/andp.19133480105.
- ↑Waller, Ivar (1923). "Zur Frage der Einwirkung der Wärmebewegung auf die Interferenz von Röntgenstrahlen". Zeitschrift für Physik A (in German). 17 (1): 398–408. Bibcode:1923ZPhy...17..398W. doi:10.1007/BF01328696. S2CID 121962265.
- ↑Lipkin, Harry (2004). "Physics of Debye-Waller Factors". arXiv:cond-mat/0405023v1.
- ↑Bahar, Ivet; Atilgan, Ali Rana; Erman, Burak (1997). "Direct evaluation of thermal fluctuations in proteins using a single-parameter harmonic potential". Folding and Design. 2 (3): 173–181. doi:10.1016/S1359-0278(97)00024-2. PMID 9218955.
- ↑Simon, Steven H. (2013-06-20). The Oxford Solid State Basics. OUP Oxford. ISBN 9780199680771. OCLC 1038069097.
- 12Trueblood, K. N.; Bürgi, H. B.; Burzlaff, H.; Dunitz, J. D.; Gramaccioli, C. M.; Schulz, H. H.; Shmueli, U.; Abrahams, S. C. (1996-09-01). "Atomic Displacement Parameter Nomenclature. Report of a Subcommittee on Atomic Displacement Parameter Nomenclature". Acta Crystallographica Section A. 52 (5): 770–781. Bibcode:1996AcCrA..52..770T. doi:10.1107/s0108767396005697. ISSN 0108-7673.
- ↑ Sakurai, JJ; Napolitano, Jim (21 de septiembre de 2017). Mecánica cuántica moderna . Cambridge University Press. doi : 10.1017/9781108499996 . ISBN 9781108499996.
- ↑ "3. Más allá de la aproximación gaussiana" . ww1.iucr.org . Consultado el 15 de mayo de 2019 .
- 1 2 Burnett, MN; Johnson, CK (1996-07-01). ORTEP-III: Programa de diagramas de elipsoides térmicos de Oak Ridge para ilustraciones de estructuras cristalinas (Informe). doi : 10.2172/369685 . OSTI 369685 .
- ↑ Törnroos, KW (1994-11-15). "Octahidridosilasesquioxano determinado por difracción de neutrones". Acta Crystallographica Section C . 50 (11): 1646– 1648. Bibcode : 1994AcCrC..50.1646T . doi : 10.1107/S0108270194005342 .
- ↑ "Ayuda para GSAS-II" . subversion.xray.aps.anl.gov . Consultado el 30 de abril de 2019 .
- ↑ Shelley, Kathryn L.; Garman, Elspeth F. (14 de marzo de 2022). "Cuantificación y comparación del daño por radiación en el Protein Data Bank" . Nature Communications . 13 (1) 1314. Bibcode : 2022NatCo..13.1314S . doi : 10.1038/s41467-022-28934-0 . PMC 8921271. PMID 35288575 .
Enlaces externos
- Artículo de 2019 de Cristiano Malica y Dal Corso. Introducción al factor de Debye-Waller y sus aplicaciones en la teoría del funcional de la densidad: factor B atómico dependiente de la temperatura: un cálculo ab initio.
- Galería de mapas ORTEP generados mediante trazado de rayos - Universidad de Glasgow
- Artículo de 2005 de Rowsell et al . que describe elipsoides térmicos de estructuras metalorgánicas.
- Artículo de 2009 de Korostelev y Noller que describe elipsoides térmicos de ARNt: Análisis de la dinámica estructural en el ribosoma mediante refinamiento cristalográfico TLS.
- Artículo de Cruickshank de 1956 en Acta Crystallogr.: Análisis del movimiento térmico anisotrópico de las moléculas en los cristales.
- Informe de 1996 de Trueblood et al. - Nomenclatura de parámetros de desplazamiento atómico. Archivado el 30 de abril de 2016 en Wayback Machine.
- Cristalografía
- Dispersión
- Física de la materia condensada
- Pedro Debye