Lombriz nocturna de Diggs

El juego comienza con un cortometraje en el que Humpty Dumpty, dirigiéndose al jugador, le dice que sabe que pronto lo "eliminarán" y le pide que encuentre a su amigo, el detective privado Diggs Nightcrawler, para descubrir al responsable. El corto termina justo cuando el aparente asesino de Humpty entra en la habitación (aunque no se le ve). El jugador se reúne con Diggs en su oficina. Diggs acepta llevar al "niño" con él, pero solo porque fue una petición de Humpty. Un misterioso individuo trajeado aparece en la puerta y le entrega a Diggs una bomba de huevo, lo que desencadena una persecución por las calles de la ciudad, durante la cual la figura sombría escapa. Diggs y el jugador se dirigen a la escena del crimen donde, a pesar de las sospechas de los tres pequeños policías porcinos, encuentran los pedazos del caparazón de Humpty, que luego se utilizan para reconstruirlo. Pero, justo antes de colocar la última pieza, Diggs y los cerdos son golpeados al amparo de la oscuridad, solo para descubrir, cuando regresa la luz, que el cuerpo de Humpty ha desaparecido.

Diggs decide ir al Frying Pan, un club de jazz propiedad de Humpty, para ver a su novia Itsy Bitsy con la esperanza de obtener una nueva pista. Seeno, Hearno y Speakno le impiden la entrada, pero él encuentra la manera de sortearlos. Itsy le permite a Diggs esconderse en su camerino mientras ella actúa, donde él encuentra otro fragmento del caparazón de Humpty. Pensando que la "sombra" también podría estar intentando incriminar a Itsy, Diggs se dirige al escenario para advertirle. Poco después, los tres cerditos entran, convencidos de que Diggs es el asesino, lo que provoca una persecución hasta la salida trasera del club. Tras someter a los policías, Diggs encuentra a la sombra huyendo en su coche, con el cuerpo de Humpty en la parte trasera. El detective pide ayuda a los tres ratones ciegos para atrapar a la sombra.

Tras una persecución automovilística en la que se pierden algunos pedazos de Humpty, pero no logra atrapar a la sombra, Diggs se dirige a otras partes de Library City para recoger los fragmentos de concha perdidos, incluyendo el Muelle de los Piratas, donde descubre que LJ Silver y su tripulación están ayudando al villano robando páginas de otras historias; el prado de Bo Peep, donde se entera de que la falta de páginas en sus historias ha provocado que algunos personajes actúen de forma extraña, y Ma Goose, a quien Diggs ayuda reparando algunas historias. Finalmente, se dirige a Sherwood, donde Robin Hood se ha visto afectado por la falta de páginas en su historia. Desafortunadamente, Diggs es capturado por Seeno, Hearno y Speakno. Se libera brevemente, pero es recapturado y enviado a Horrortown, y el jugador descubre que la "sombra" es en realidad El Hombre Invisible.

Tras encontrar la entrada a un castillo abandonado a través de un cementerio, el jugador se reencuentra con Diggs, quien se encuentra retenido en la mazmorra. "Manny Invisible" aparece para burlarse de Diggs antes de que él y los tres monos sean llamados por el "jefe". Poco después, Bitsy aparece y convence a Diggs de que le dé los pedazos del caparazón de Humpty que ha recogido. Tras esto, revela que ella es la jefa y abandona a Diggs a su suerte. Sin embargo, el jugador rescata a Diggs y este se dirige a una habitación donde se revela el plan de Itsy: robando las mejores partes de otras historias y añadiéndolas a la suya, La Araña Itsy Bitsy se convertirá en "la mejor historia de la ciudad". Con la ayuda de Frankie, logra dar vida a su historia Frankenstein, pero, gracias a que Diggs lo recompone justo a tiempo, Humpty también resucita. Los tres héroes persiguen a Itsy por el castillo en un largo tiroteo, al final del cual reaparecen los tres cerditos para arrestar a Diggs, pero Humpty los pone en su sitio.

Finalmente, el grupo se dirige al imponente remolino de agua . Después de que Dumpty y los cerdos quedan incapaces de continuar, Diggs y el jugador llegan a la cima de la torre donde, tras una breve pelea por el libro, cuyo contenido inconexo se descontrola rápidamente, Itsy cae al remolino y es arrastrada hacia su aparente muerte.

Diggs y Humpty se reúnen de nuevo en la mansión del don, donde, tras relatar la aventura, Diggs reconoce formalmente al jugador como su compañero.