Energía proteica discreta optimizada

DOPE , o Energía Proteica Optimizada Discreta , [ ^{1 ] es} un potencial estadístico utilizado para evaluar modelos de homología en la predicción de la estructura de proteínas . DOPE se basa en un estado de referencia mejorado que corresponde a átomos no interactuantes en una esfera homogénea con un radio que depende de una estructura nativa de muestra; por lo tanto, tiene en cuenta la forma finita y esférica de las estructuras nativas. Está implementado en el popular programa de modelado por homología MODELLER y se utiliza para evaluar la energía del modelo de proteína generado a través de muchas iteraciones por MODELLER, que produce modelos de homología mediante la satisfacción de restricciones espaciales. Los modelos que devuelven los molpdf mínimos pueden elegirse como las mejores estructuras probables y pueden utilizarse posteriormente para su evaluación con la puntuación DOPE. Al igual que la versión actual del software MODELLER, DOPE está implementado en Python y se ejecuta dentro del entorno MODELLER. El método DOPE se utiliza generalmente para evaluar la calidad de un modelo de estructura en su conjunto. Como alternativa, DOPE también puede generar un perfil energético residuo por residuo para el modelo de entrada, lo que permite al usuario identificar la región problemática en el modelo estructural.

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