Búsqueda de EBI

EBI Search es un motor de búsqueda de texto escalable que proporciona acceso fácil y uniforme a los recursos y servicios de datos biológicos alojados en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI). ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

El propósito original y principal de EBI Search es proporcionar capacidades de búsqueda e indexación de datos biológicos disponibles públicamente, lo que permite la investigación en los campos de la bioinformática y las ciencias de la vida al apoyar tanto la investigación básica como a la comunidad científica en general, al hacer que los datos biológicos sean fácilmente accesibles y consultables. ^{[ 3 ]}

Además del sitio web de búsqueda de EBI, está disponible una interfaz API RESTful que permite realizar consultas de datos programáticas. Esto posibilita el aprovechamiento de sus capacidades de búsqueda y recuperación en flujos de trabajo y procesos analíticos.

Historia

El proyecto EBI Search se desarrolló en agosto de 2006 en el Instituto Europeo de Bioinformática como un software bajo el nombre EB-eye sobre el motor de búsqueda de código abierto Apache Lucene . ^{[ 3 ]} El proyecto pronto se amplió para incluir más de 62 conjuntos de datos distintos, que cubren alrededor de 400 millones de entradas, y se renombró como EBI Search . ^{[ 2 ]}^{[ 1 ]}

En 2017, EBI Search se mejoró mediante la implementación de la "búsqueda como servicio" a través de una API RESTful que permitió a otros sitios web integrar sus capacidades de búsqueda en sus plataformas, eliminando la necesidad de crear sistemas de búsqueda independientes. El servicio también se optimizó con funciones como la navegación por taxonomía jerárquica y sugerencias de entradas similares, al tiempo que se escaló para gestionar más de 300 millones de búsquedas y 1300 millones de registros que podían reindexarse en menos de 24 horas. ^{[ 4 ]}

En 2019, EBI Search se desarrolló aún más para incluir un nuevo mecanismo de caché HTTP que mejoró los tiempos de respuesta, recuperación ilimitada de referencias cruzadas, soporte para Cross-Origin Resource Sharing (CORS) e integración de nuevos recursos de datos como Europe PMC, BioSamples, Rfam y ChEMBL revisado. ^{[ 5 ]} Durante la pandemia de COVID-19 , el proyecto se actualizó para gestionar el aumento de las necesidades de datos. ^{[ 6 ]}

La actualización de 2025 ^{[ 7 ]} introdujo nuevas visualizaciones de datos, amplió las capacidades de consulta masiva y perfeccionó los procesos de indexación para mejorar la eficiencia. Además, EBI Search extendió la funcionalidad de reclamación de ORCID a múltiples conjuntos de datos, integró nuevos recursos de datos como AlphaFold y CancerModels.org, e introdujo soporte para la creación de portales de datos externos mediante plantillas reutilizables y bibliotecas NPM .

Actualmente, el motor de búsqueda del EBI indexa más de 170 recursos de datos diferentes, lo que lo convierte en una de las herramientas de búsqueda más completas para datos biológicos y biomédicos.

Recursos de datos

EMBL-EBI alberga una gran cantidad de datos moleculares y otra información indexada por EBI Search. Este motor de búsqueda indexa datos de diversas fuentes. Todos estos recursos son de acceso libre y se actualizan periódicamente a través del sistema de gestión de datos de EMBL-EBI .

El buscador del EBI solo puede buscar la información indexada. Esto implica que otros buscadores que trabajan con datos biológicos podrían arrojar resultados diferentes. Por lo general, el buscador del EBI indexa identificadores, nombres, descripciones, palabras clave y referencias cruzadas.

Los datos indexados incluyen secuencias de nucleótidos y de proteínas , familias de proteínas , datos estructurales, perfiles de expresión génica , interacciones proteicas, vías biológicas y moléculas pequeñas . Además, EBI Search indexa literatura académica , patentes e información institucional.

Interfaz de búsqueda

Cuando los usuarios introducen texto en las interfaces de búsqueda de EBI, ya sea a través de los cuadros de búsqueda o especificando el parámetro de consulta en las llamadas a la API RESTful, su entrada se convierte a un formato de consulta de búsqueda estandarizado. Esta consulta convertida es la que realmente recupera los resultados de la búsqueda.

Búsqueda mediante el sitio web

El usuario puede realizar búsquedas globales en todos los recursos de datos indexados por EBI Search mediante el cuadro de búsqueda de EBI. Simplemente escriba los términos de búsqueda en el cuadro de texto y pulse el botón de búsqueda (o la tecla Intro). De esta forma, el usuario puede realizar búsquedas globales en todos los recursos de datos de EBI Search. El sistema mostrará entonces una página de resumen con una lista de los distintos conjuntos de datos y el número de coincidencias encontradas en cada uno de ellos.

En los cuadros de búsqueda de EBI, puede introducir cualquier término significativo para encontrar información relevante escribiendo, por ejemplo, números/identificadores de acceso (como VAV_HUMAN ), símbolos genéticos (por ejemplo, tpi1 ), especies o palabras clave.

Resultados de la búsqueda

El sitio web de búsqueda de EBI presenta los resultados en un diseño de tres columnas, pensado para una exploración de datos eficiente . La columna izquierda muestra un resumen de los resultados por categoría/dominio, con filtros personalizables. La columna central enumera los resultados de búsqueda principales con enlaces directos a las entradas de datos originales. La columna derecha muestra datos relacionados y vistas alternativas. Para las consultas sobre genes y proteínas, aparecen resúmenes especializados sobre los resultados principales, que recopilan datos de múltiples recursos de EMBL-EBI según el dogma central de la biología molecular.

Características y herramientas

Los usuarios pueden interactuar con los resultados de búsqueda de varias maneras:

Exportación de datos: Los resultados se pueden descargar en varios formatos (XML, JSON, TSV, CSV) mediante el botón "Guardar resultado", con un límite actual de 100 entradas por descarga.

Herramientas de análisis: Lanzamiento directo de herramientas específicas del dominio (por ejemplo, BLAST para análisis de secuencias, Clustal Omega para alineación de secuencias múltiples ) desde los resultados de búsqueda seleccionados.

Alertas RSS: Los usuarios pueden crear fuentes RSS para monitorear las actualizaciones de sus consultas de búsqueda, lo cual es particularmente útil para rastrear nuevas publicaciones, entradas de proteínas o datos estructurales.

Referencias cruzadas: Los resultados incluyen enlaces a entradas relacionadas en diferentes bases de datos de EMBL-EBI, lo que facilita una exploración exhaustiva de los datos.

Relevancia del resultado

El orden de los resultados de búsqueda se basa principalmente en el sistema de puntuación de Apache Lucene, donde las coincidencias más cercanas reciben puntuaciones de relevancia más altas. Los usuarios pueden influir en la clasificación de los resultados mediante el símbolo de intercalación (^) seguido de un factor de ponderación; por ejemplo, "próstata^4 Y cáncer" otorga mayor peso a las entradas que coinciden con "próstata". Si bien EBI Search se puede configurar para ponderar dominios o campos específicos, se recomienda la ponderación en tiempo de ejecución para un control más preciso del orden de los resultados.

Búsqueda mediante la API

El buscador EBI proporciona servicios web RESTful que permiten el acceso programático a datos biológicos procedentes de sus recursos . Este servicio resulta especialmente útil para investigadores y desarrolladores que deseen integrar los resultados del buscador EBI en sus flujos de trabajo de código o simplemente utilizarlos con una interfaz personalizada.

Los detalles de la implementación y el seminario web se pueden encontrar en los sitios web oficiales del EMBL EBI.

Los usuarios pueden interactuar con la API a través de diversos puntos de acceso que admiten diferentes formatos de respuesta, como XML , JSON , RSS y CSV . El servicio permite realizar búsquedas facetadas , búsquedas de referencias cruzadas y funciones de autocompletado en múltiples bases de datos.

Actualmente, la API sigue la sintaxis de consulta de Apache Lucene y devuelve los códigos de estado HTTP apropiados para indicar el éxito o el fracaso de las solicitudes.

Referencias

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"EMBnet.News (Volumen 14, N.º 1, diciembre de 2007)" . EMBnetNews . Diciembre de 2007. Consultado el 1 de abril de 2009 .

Enlaces externos

Curso oficial de búsqueda de EBI
Documentación del motor de búsqueda de EBI
Documentación de la API RESTful de EBI Search
Documentación del despachador de trabajos de EBI
Formación programática de acceso del EMBL-EBI
El proyecto Apache Lucene
Sitio web de UniProt
Componentes de software genéricos GMOD para bases de datos de organismos modelo

[pmid25855807-1] 1 2 Squizzato S.; Park YM; Buso N.; Gur T.; Cowley A.; Li W.; Uludag M.; Pundir S.; Cham JA; McWilliam H.; Lopez R. (2015). "El motor de búsqueda EBI: proporciona funcionalidad de búsqueda y recuperación de datos biológicos de EMBL-EBI" . Nucleic Acids Res . 43 (W1): W585-8. doi : 10.1093/nar/gkv316 . PMC 4489232. PMID 25855807 .

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