Hispanopedia WikiESyPred3D es un programa de modelado de homología automatizado . Los alineamientos se obtienen combinando, ponderando y filtrando los resultados de varios programas de alineamiento múltiple. La estructura tridimensional final se construye utilizando el paquete de modelado MODELLER . [1]
Método
Para realizar el modelado de homología, el programa ESyPred3D primero busca una plantilla (una secuencia similar de estructura conocida), antes de alinear las secuencias de consulta y de plantilla. Luego, EsyPred3D construye los modelos 3D utilizando la alineación y la estructura de la plantilla, antes de evaluar el modelo 3D final.
Las secuencias de consulta y de plantilla se alinean utilizando un método de alineación de consenso. [2] Se crean diferentes alineaciones de secuencias múltiples utilizando diferentes programas de alineación en dos conjuntos de secuencias que incluyen la secuencia de consulta y la secuencia de plantilla. El método de consenso utiliza una red neuronal para encontrar los residuos mejor alineados y analizar todas las combinaciones posibles utilizando un algoritmo de eliminación de callejones sin salida.
El modelo 3D final se construye a partir de la alineación de la plantilla de destino y la estructura 3D de la plantilla utilizando MODELLER . MODELLER también se utiliza para construir los bucles faltantes.
Véase también
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
- Predicción de la estructura de las proteínas
- Modelado de homología
Referencias
- ^ Lambert, C.; Leonard, N.; De Bolle, X.; Depiereux, E. (1 de agosto de 2002). "ESyPred3D: Predicción de estructuras 3D de proteínas". Bioinformática . 18 (9): 1250–1256. doi : 10.1093/bioinformatics/18.9.1250 .
- ^ Lee, Minho; Jeong, Chan-seok; Kim, Dongsup (diciembre de 2007). "Predicción y mejora de la calidad de la alineación de secuencias de proteínas mediante regresión de vectores de soporte". BMC Bioinformatics . 8 (1): 471. doi : 10.1186/1471-2105-8-471 . PMC 2222655 .
Enlaces externos
- Servidor web ESyPred3D