El desafío de Ebbe Nielsen

El Desafío Ebbe Nielsen es una competición científica internacional organizada anualmente desde 2015 por el Sistema Mundial de Información sobre la Biodiversidad (GBIF), que otorga premios en metálico a los investigadores que desarrollen software o enfoques que resuelvan con éxito un reto planteado por el GBIF en el campo de la bioinformática . Este desafío sucede al Premio Ebbe Nielsen , que el GBIF concedió anualmente entre 2002 y 2014. El nombre del desafío honra la memoria del destacado entomólogo y promotor de la bioinformática, Ebbe Nielsen , quien falleció de un infarto en Estados Unidos de camino a la reunión del Consejo de Administración del GBIF en 2001.

En 2001, GBIF creó el Premio Ebbe Nielsen para honrar al recientemente fallecido entomólogo danés-australiano Ebbe Nielsen , un ferviente defensor tanto de GBIF como de la disciplina de la bioinformática. ^{[ 1 ]} Este premio reconocía a un investigador o equipo de investigación de todo el mundo por su(s) contribución(es) retrospectiva(s) al campo de la bioinformática , según los criterios establecidos por GBIF en los términos del premio. A partir de 2015, GBIF relanzó el proceso del premio como una competencia entre individuos o equipos de investigadores de todo el mundo para crear nuevo software o enfoques para el uso de datos de biodiversidad según un tema anunciado anualmente para cada ronda de la competencia, y también para dividir el dinero del premio entre varios grupos en lugar de un solo ganador como en la era inicial del Premio. ^{[ 2 ]} Las convocatorias para participar en el concurso, ahora llamado "Ebbe Nielsen Challenge", se han publicado anualmente desde 2015 hasta la actualidad, y los ganadores se han anunciado mediante un proceso competitivo en todos los años excepto en 2017, cuando no se recibió un número suficiente de inscripciones. ^{[ 3 ]}

Desafío: "Utilice de forma significativa los datos gestionados por GBIF para ofrecer nuevas representaciones o perspectivas. Su propuesta podría abarcar diversos resultados (sitios web, aplicaciones independientes o móviles, o resultados de análisis) o bien, podría buscar mejorar diversos aspectos o procesos, como (pero no limitándose a) el análisis o la visualización de datos , los flujos de trabajo de datos, la carga de datos o las anotaciones." ^{[ 4 ]}

La lista de finalistas del Desafío 2015 está disponible aquí. ^{[ 5 ]}

Ganador del primer premio:

• " Métricas del conjunto de datos GBIF " - Peter Desmet, Bart Aelterman y Nicolas Noé (Bélgica) ^{[ 6 ]}

Ganador del segundo premio:

• " BioGUID.org " - Richard Pyle (Estados Unidos) ^{[ 7 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 8 ]}

Desafío: "En 2016, el Desafío se centrará en la cuestión de las lagunas y la exhaustividad de los datos, buscando herramientas, métodos y mecanismos que ayuden a analizar la idoneidad para el uso de los datos gestionados por GBIF y/o a orientar el establecimiento de prioridades para la movilización de datos sobre biodiversidad. Esperamos que tanto los usuarios como los poseedores de datos se beneficien del énfasis de este año en las lagunas y la exhaustividad." ^{[ 9 ] [ 10 ]}

Ganador del primer premio:

• " Explorando la ignorancia en el espacio y el tiempo " - Alejandro Ruete (Argentina) ^{[ 11 ]}

Ganadores conjuntos del segundo premio:

• " sampbias " - Alexander Zizka, Alexandre Antonelli y Daniele Silvestro (Suecia) ^{[ 12 ]}
• " Herramientas de evaluación de cobertura de GBIF " - Walter Jetz, Jeremy Malczyk, Carsten Meyer, Michelle Duong, Ajay Ranipeta y Luis J. Villanueva (Estados Unidos, Sudáfrica y Alemania) ^{[ 13 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 14 ]}

Desafío: "El Desafío Ebbe Nielsen 2017 de GBIF busca propuestas que reutilicen estos conjuntos de datos [en repositorios públicos de acceso abierto] y los adapten al formato Darwin Core Archive (DwC-A), el estándar interoperable y reutilizable que impulsa la publicación de casi 800 millones de registros de ocurrencia de especies de las cerca de 1000 instituciones de todo el mundo que actualmente participan en la red GBIF. El Desafío Ebbe Nielsen 2017 pedirá a desarrolladores y científicos de datos que creen aplicaciones web, scripts u otras herramientas que automaticen el descubrimiento y la extracción de datos relevantes de biodiversidad de repositorios de datos abiertos ." ^{[ 15 ]}

No se anunciaron ganadores, lo que indica que el premio en metálico de 2017 no se otorgó a ningún participante.

Desafío: "El Desafío Ebbe Nielsen 2018 es deliberadamente abierto, por lo que los participantes tienen un amplio margen para crear herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la utilidad o la calidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas." ^{[ 16 ] [ 17 ]}

Ganadores conjuntos del primer premio:

• " Receta de lista de verificación: una plantilla para la estandarización reproducible de datos de listas de verificación de especies " - Lien Reyserhove, Damiano Oldoni y Peter Desmet (Bélgica) ^{[ 18 ]}
• " Ozymandias: un grafo de conocimiento de la biodiversidad " - Roderic DM Page (Reino Unido) ^{[ 19 ]}

Ganadores conjuntos del segundo premio:

• " The bdverse " - Tomer Gueta, Yohay Carmel, Vijay Barve, Thiloshon Nagarajah, Povilas Gibas, Ashwin Agrawal (Israel, Estados Unidos, Sri Lanka, Lituania e India) ^{[ 20 ]}
• " GBIF Issues Explorer " - Luis J. Villanueva (Estados Unidos) ^{[ 21 ]}
• " Trampa inteligente para mosquitos en el oleoducto DwC " - Connor Howington y Samuel Rund (Estados Unidos) ^{[ 22 ]}
• " Editor de árboles taxonómicos " - Ashish Singh Tomar (España) ^{[ 23 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 24 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen 2019 es deliberadamente abierto, por lo que los participantes tienen un amplio margen para crear herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la utilidad o la calidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas. Se espera que las propuestas seleccionadas aporten soluciones prácticas y pragmáticas para la red GBIF, al tiempo que promuevan la bioinformática y la gestión de datos de biodiversidad en relación con la misión y el plan estratégico de GBIF.» ^{[ 25 ]}

Ganador del primer premio:

• " WhereNext: un sistema de recomendación para identificar prioridades de muestreo basado en modelos de disimilitud generalizada " - Jorge Velásquez-Tibatá (Colombia) ^{[ 26 ]}

Ganadores conjuntos del segundo premio:

• " occCite: Herramientas para permitir la citación integral de datos de biodiversidad " - Hannah L. Owens, Cory Merow, Brian S. Maitner, Vijay V. Barve y Robert Guralnick (Dinamarca, Estados Unidos) ^{[ 27 ]}
• " Organella " - Andrea Biedermann, Diana Gert, Dimitar Ruszev y Paul Roeder (Alemania) ^{[ 28 ]}
• " Preocupación menor rápida: evaluaciones automatizadas de plantas de menor riesgo para la Lista Roja de Especies Amenazadas de la UICN (Lista Roja) " - Steven Bachman, Barnaby Walker y Justin Moat (Reino Unido) ^{[ 29 ]}

Ganadores conjuntos del tercer premio:

• " Publicaciones ágiles de GBIF " - Evgeniy Meyke (Finlandia) ^{[ 30 ]}
• " Revisión de información sobre biodiversidad y apoyo a la toma de decisiones: el paquete BIRDS para R " - Debora Arlt, Alejandro Ruete y Anton Hammarström (Suecia) ^{[ 31 ]}
• " GB Sifter: Un analizador de datos de GBIF a GenBank " - Luis Allende (Estados Unidos) ^{[ 32 ]}
• " naturaList " - Arthur Vinicius Rodrigues y Gabriel Nakamura (Brasil) ^{[ 33 ]}
• " GeoNature-atlas: publique un atlas de biodiversidad en línea con datos GBIF de su área " - Jordan Sellies, Amandine Sahl (Francia) ^{[ 34 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 35 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen 2020 es deliberadamente abierto, por lo que los participantes tienen un amplio margen para crear herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la utilidad o la calidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas. Se espera que las propuestas seleccionadas aporten soluciones prácticas y pragmáticas para la red GBIF, al tiempo que promuevan la bioinformática y la gestión de datos de biodiversidad en relación con la misión y el plan estratégico de GBIF.» ^{[ 36 ]}

Ganador del primer premio:

• " ShinyBIOMOD: Una aplicación R para modelar la distribución de especies " - Ian Ondo, Wilfried Thuiller, Maya Gueguen, Alexandre Antonelli y Samuel Pironon (Reino Unido, Francia, Suecia) ^{[ 37 ]}

Ganadores conjuntos del segundo premio:

• " Vinculación de la nomenclatura con los especímenes tipo " - Maarten Trekels (Bélgica) ^{[ 38 ]}
• " InteractIAS: Un cuaderno Jupyter para apoyar la evaluación de riesgos de expertos sobre especies invasoras " - Quentin Groom (Bélgica, Sudáfrica) ^{[ 39 ]}

Ganadores conjuntos del tercer premio:

• " Navegador de códigos de barras de ADN " - Roderic DM Page (Reino Unido)
• " Voyager " - Ivvet Abdullah-Modinou y Ben Scott (Reino Unido) ^{[ 40 ]}
• " Herramienta de georreferenciación masiva " - Luis J. Villanueva (Estados Unidos) ^{[ 41 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 42 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen 2021 es deliberadamente abierto, por lo que los participantes tienen un amplio margen para crear herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la utilidad o la calidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas. Se espera que las propuestas seleccionadas proporcionen soluciones prácticas y pragmáticas para la red GBIF, al tiempo que promueven la bioinformática y la gestión de datos de biodiversidad en relación con la misión y el plan estratégico de GBIF.» ^{[ 43 ]}

Ganador del primer premio:

• " Bio-Dem: conocimiento y democracia sobre la biodiversidad " - Alexander Zizka, Oskar Rydén, Daniel Edler, Johannes Klein, Staffan Lindberg y Alexandre Antonelli (Alemania, Suecia, Reino Unido) ^{[ 44 ]}

Ganadores conjuntos del segundo premio:

• " Localización de Áreas Clave para la Biodiversidad: Un flujo de trabajo automatizado para identificar posibles Áreas Clave para la Biodiversidad " - Daniela Linero Triana (Colombia) ^{[ 45 ]}
• " plantR: Un paquete R para gestionar registros de especies de colecciones biológicas " - Renato A. Ferreira de Lima, Andrea Sánchez-Tapia, Sara R. Mortara, Hans ter Steege y Marinez F. de Siqueira (Brasil, Países Bajos) ^{[ 46 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 47 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen 2022 es deliberadamente abierto, por lo que los participantes tienen un amplio margen para crear herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la utilidad o la calidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas. Se espera que las propuestas seleccionadas aporten soluciones prácticas y pragmáticas para la red GBIF, al tiempo que promuevan la bioinformática y la gestión de datos de biodiversidad en relación con la misión y el plan estratégico de GBIF.» ^{[ 48 ]}

Ganadores conjuntos del primer premio:

• " bdc: Un conjunto de herramientas para estandarizar, integrar y limpiar datos sobre biodiversidad " - Bruno R. Ribeiro, Santiago José Elías Velazco, Karlo Guidoni-Martins, Geiziane Tessarolo, Lucas Jardim, Steven P. Bachman & Rafael Loyola (Brasil, Argentina, Reino Unido) ^{[ 49 ]}
• " GridDER: Detección y evaluación de cuadrículas en R " - Xiao Feng, Tainá Rocha, Hanna T Thammavong, Rima Tulaiha, Xin Chen, Yingying Xie y Daniel Park (Estados Unidos, Brasil)

Ganador del segundo premio:

• " GBIF LACS: Sistema de clasificación de resúmenes de literatura de GBIF " - Ángel Luis Robles Fernández y Nathan Upham (Estados Unidos)

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 50 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen 2023 es deliberadamente abierto, por lo que los participantes tienen un amplio margen para crear herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la utilidad o la calidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas. Se espera que las propuestas seleccionadas proporcionen soluciones prácticas y pragmáticas para la red GBIF, al tiempo que promueven la bioinformática y la gestión de datos de biodiversidad en relación con el marco estratégico de GBIF.» ^{[ 51 ]}

Ganador del primer premio:

• " Alerta GBIF: un sistema de alerta de sucesos basado en GBIF de código abierto " - Nicolas Noé, Peter Desmet, Tim Adriaens, Bram D'Hondt, Lien Reyserhove y Damiano Oldoni (Bélgica)

Ganador del segundo premio:

• " Datos sin fricción de Bionomia " - David Shorthouse (Canadá) ^{[ 52 ]}

Ganadores conjuntos del tercer premio:

• " Biblioteca de recursos de identificación " - Lars Willighagen (Países Bajos) ^{[ 53 ]}
• " Mapa de biodiversidad de datos abiertos " - Sam Wenaas Perrin, Philip Stanley Mostert y Ron Togunov (Noruega) ^{[ 54 ]}

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 55 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen es intencionalmente abierto. Los participantes tienen un amplio margen para crear y mejorar herramientas y técnicas que impulsen la ciencia abierta y mejoren el acceso, la calidad y la utilidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas. Se espera que las propuestas seleccionadas proporcionen soluciones prácticas y pragmáticas para la red GBIF, al tiempo que promueven la bioinformática y la gestión de datos de biodiversidad, en particular en consonancia con el marco estratégico de GBIF.» ^{[ 56 ]}

Ganador del primer premio:

• " ChatIPT " - Rukaya Johaadien (Noruega)

Ganador del segundo premio:

• " Base de Conocimientos Planetarios " - Qianqian (Hiris) Gu, Ben Scott y Vince Smith (Reino Unido)

Ganador del tercer premio:

• " Asistente CoreTech " - Chen Yao

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 57 ]}

Desafío: «El Desafío Ebbe Nielsen es intencionalmente abierto. Los participantes tienen un amplio margen para crear y mejorar herramientas y técnicas que promuevan la ciencia abierta y mejoren el acceso, la calidad y la utilidad de los datos gestionados por GBIF. Las propuestas pueden ser nuevas aplicaciones, métodos de visualización, flujos de trabajo o análisis, o bien, pueden basarse en herramientas y funciones existentes y ampliarlas». ^{[ 58 ]}

Ganadores conjuntos del primer premio:

• " BDQEmail " - Rukaya Johaadien (Noruega)
• " galaxias " - Dax Kellie, Amanda Buyan, Shandiya Balasubramaniam y Martin Westgate (Australia)

Ganador del segundo premio:

• " La biodiversidad a mi alrededor " - Amandine Sahl, Jacques Fize y Camille Monchicourt (Francia)

Los detalles están disponibles en el sitio web de GBIF aquí. ^{[ 59 ]}