Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Banco de datos EM

{{cite journal |last1=wwPDB |first1=consortium |date=November 2024 |title=EMDB—the Electron Microscopy Data Bank |journal=Nucleic Acids Research |volume=52 |issue=D1 |pages=D456...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

El EM Data Bank o Banco de Datos de Microscopía Electrónica ( EMDB ) recopila mapas 3DEM y datos experimentales asociados, determinados mediante microscopía electrónica de muestras biológicas. Fue establecido en 2002 en el grupo MSD/PDBe del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) , donde se encuentra el sitio europeo del consorcio EMDataBank.org. [ 2 ] A partir de 2025El recurso contenía más de 50.000 entradas de mapas 3DEM con una resolución media de 7,6 Å, lo que refleja el crecimiento del campo desde 2015, cuando 2.600 entradas tenían una resolución media de 15 Å. [ 3 ]

El depósito de datos se realizaba originalmente a través de la interfaz de depósito EMdep, pero desde 2016 el depósito de datos se ha incorporado a la interfaz wwPDB OneDep. [ 4 ]

En el marco del Recurso Unificado de Datos para Criomicroscopía Electrónica de los NIH, la Colaboración de Investigación en Biología Estructural (RCSB) también actúa como centro de depósito, procesamiento y distribución de datos para la base de datos EMDB, mientras que el Centro Nacional de Imágenes Macromoleculares (NCMI) es un socio colaborador que proporciona servicios y herramientas relacionados con la EMDB.

EM Data Bank también proporciona la herramienta de búsqueda EMsearch, y los datos también se pueden consultar en RCSB , EMBL-EBI y PDBj.

EMDB es un archivo de mapas de densidad tridimensionales de todo tipo de estructuras biológicas, incluyendo ribosomas, chaperonas, polimerasas, enzimas multifuncionales y virus. Viper EMDB en Scripps es una base de datos independiente para mapas EM tridimensionales de virus.

Para comparar y evaluar métodos para la nueva generación de estructuras de mayor resolución (mejor que 5 Å), el EMDB organizó el primer Desafío de Mapas de Crio-EM y el Desafío de Modelos de Crio-EM, que se publicaron en un número especial del Journal of Structural Biology. [ 5 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ wwPDB, consorcio (noviembre de 2024). " EMDB: el banco de datos de microscopía electrónica" . Nucleic Acids Research . 52 (D1): D456-465. doi : 10.1093/nar/gkad1019 . PMC 10767987. PMID 37994703 .  
  2. ↑ EMDB. "Banco de datos de microscopía electrónica" . Banco de datos de microscopía electrónica . Consultado el 5 de agosto de 2021 .
  3. ↑ Esquivel-Rodríguez, J; Xiong, Y; Han, X; et al. (30 de mayo de 2015). " Navegación de mapas de microscopía electrónica 3D con EM-SURFER" . BMC Bioinform. 16 (181): 181. doi : 10.1186/s12859-015-0580-6 . PMC 4448178. PMID 26025554 .   
  4. ↑ Young, JY; Westbrook, JD; Feng, Z; et al. (2017). "OneDep: Sistema wwPDB unificado para la deposición, bioconservación y validación de estructuras macromoleculares en el archivo PDB" . Structure . 25 ( 3): 536– 545. doi : 10.1016/j.str.2017.01.004 . PMC 5360273. PMID 28190782 .   
  5. ↑ Lawson, Catherine; Chiu, Wah, eds. (2018). "El mapa de estructura de crio-EM y los desafíos del modelo" . Journal of Structural Biology . 204 (1). ISSN 1047-8477 . 

Bibliografía

  • Tagari, Mohamed; Newman, Richard; Chagoyen, Monica; Carazo, Jose-Maria; Henrick, Kim (2002). "Nueva base de datos y sistema de depósito de microscopía electrónica". Trends in Biochemical Sciences . 27 (11): 589. doi : 10.1016/s0968-0004(02)02176-x . PMID 12417136 . 
  • Fuller, Stephen D. (2003). "Depositando mapas de microscopía electrónica" . Structure . 11 (1): 11– 12. doi : 10.1016/s0969-2126(02)00942-5 . PMID 12517335 . 
  • Henrick, K; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). "EMDep: un sistema basado en la web para el depósito y validación de información estructural macromolecular de microscopía electrónica de alta resolución". Journal of Structural Biology . 144 ( 1– 2): 228– 237. doi : 10.1016/j.jsb.2003.09.009 . PMID 14643225 . 
  • Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Mónica; Belnap, David M. (2005). "Convenciones comunes para el intercambio y archivo de información de microscopía electrónica tridimensional en biología estructural". Journal of Structural Biology . 151 (2): 196– 207. doi : 10.1016/j.jsb.2005.06.001 . PMID 16043364 . 
  • Tagari, M.; Tate, J.; Swaminathan, GJ; et  al. (2006). "E-MSD: mejora de la deposición de datos y la calidad de la estructura" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): 287–290 . doi : 10.1093 / nar/gkj163 . PMC 1347525. PMID 16381867 .  
Lecturas relacionadas
6 articulos
Instituto Europeo de BioinformáticaInstituto Europeo de BioinformáticaEl Instituto Europeo de Bioinformática ( EMBL-EBI ) es una organización intergubernamental (OIG) que, como parte de la familia de Laboratorios Euro...Banco mundial de datos de proteínasBanco mundial de datos de proteínasEl Banco Mundial de Datos de Proteínas ( wwPDB ) es una organización que mantiene el archivo de la estructura macromolecular . Su misión es mantene...Banco de datos de proteínasBanco de datos de proteínasEl Protein Data Bank (PDB) [ 1 ] es una base de datos para los datos estructurales tridimensionales de grandes moléculas biológicas como proteínas ...Instituto Europeo de BioinformáticaInstituto Europeo de BioinformáticaEl Instituto Europeo de Bioinformática ( EMBL-EBI ) es una organización intergubernamental (OIG) que, como parte de la familia de Laboratorios Euro...Un químico de Scripps Research (Phil Baran) con una bata de laboratorio del institutoInvestigación ScrippsScripps Research es un centro de investigación médica estadounidense sin fines de lucro que se centra en la investigación y la educación en ciencia...Microscopía crioelectrónicaMicroscopía crioelectrónicaLa microscopía electrónica criogénica ( crio-EM ) es una técnica de microscopía electrónica de transmisión aplicada a muestras enfriadas a temperat...