Clamidia (bacteria)

Los criterios anteriores para diferenciar las especies de clamidia no siempre funcionaban bien. Por ejemplo, en aquel entonces, C. psittaci se distinguía de C.  trachomatis por su resistencia a la sulfadiazina , aunque no todas las cepas identificadas como C.  psittaci en ese momento eran resistentes; y C.  pneumoniae se clasificaba por su apariencia bajo microscopía electrónica (ME) y su capacidad para infectar a los humanos, aunque la apariencia en ME puede variar de un grupo de investigación a otro, y muchas de estas especies infectaban a los humanos.

Una importante redescripción del orden Chlamydiales en 1999, utilizando las entonces novedosas técnicas de análisis de ADN, separó tres de las especies del género Chlamydia y las reclasificó en el entonces recién creado género Chlamydophila ( en adelante , Cp. ). Se añadieron cinco nuevas especies mediante la separación de especies existentes: ^{[ 8 ]}

Según los autores del estudio de 1999, la diferencia media de reasociación ADN-ADN que distingue a Chlamydophila de Chlamydia es del 10,1 %, un valor aceptado para la separación de géneros. Aunque las secuencias del gen del ARN ribosomal 16S de ambos son casi idénticas en un 95 %, a diferencia de otros géneros previamente establecidos, los autores consideraron una similitud inferior al 95 % solo como una guía para establecer nuevos géneros en familias de clamidias. En el estudio, los autores utilizaron la similitud de las ubicaciones de los genes que codifican proteínas y ARN ribosomal en el genoma (grupos de genes) para ayudar a distinguir Chlamydophila de Chlamydia . Además, los genes del ARN ribosomal 23S de longitud completa de las especies de los dos géneros eran menos del 95 % idénticos. ^{[ 8 ]} También se emplearon criterios de apoyo como la detección de antígenos , ^{[ 10 ]} la tinción de glucógeno , la asociación con el huésped y la morfología de EM  , según la aplicabilidad y disponibilidad.

En 2001, muchos bacteriólogos se opusieron firmemente a la reclasificación. ^{[ 1 ]} Los análisis genómicos comparativos de 2006 identificaron varias proteínas características que estaban presentes exclusivamente en especies de los géneros Chlamydia y Chlamydophila , lo que apoyó la distinción de Chlamydophila , pero no apoyó un escenario de "separación temprana" como lo sugería el ARNr . ^{[ 11 ]}

En 2009, la validez de Chlamydophila fue cuestionada por técnicas de análisis de ADN más recientes (que utilizaban 100  proteínas concatenadas en lugar de  ARNr 16S), lo que llevó a una propuesta para "reunir las Chlamydiaceae en un solo género, Chlamydia ". Los autores señalaron el bajo soporte de bootstrap del árbol de ARNr de 1999, que demostró una división en solo el 68% de los árboles muestreados, y argumentaron que el  estudio de 2006 no proporcionó un soporte suficientemente fuerte para la separación. ^{[ 12 ]} Esta reversión parece haber sido aceptada por la comunidad ^{[ 13 ]} y fue validada formalmente en 2015, ^{[ 14 ] [ 15 ]} elevando el número de especies de Chlamydia (válidas) a 9 a partir de 2017. ^{[ 16 ]} La fusión del género Chlamydophila de nuevo en el género Chlamydia es, para 2018, generalmente aceptada. ^{[ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]}

Sin embargo, los análisis mucho más recientes de la Base de Datos de Taxonomía Genómica que utilizan 120  proteínas concatenadas muestran nuevamente que una división de esos dos géneros es válida (ver §  Filogenia más abajo), y ha llevado a la resurrección del género en las taxonomías GTDB y GBIF . ^{[ 21 ] [ 22 ]} Joseph et al. 2015, que propuso nuevas especies a partir de cepas anteriormente conocidas como C.  psittaci , también recuperó un clado coherente de Chlamydophila en su árbol de genoma completo, pero con una topología inusual que muestra a Chlamydophila como hermana de C.  muridarum . ^{[ 6 ]} Gupta et al. (2015) encuentra 1  CSI + 19  CSP específicos para Chlamydophilia y 2  CSI + 19  CSP específicos para la versión de tres especies de Chlamydia . ^{[ 23 ]}

Posteriormente se aislaron muchas especies probables, pero nadie se molestó en nombrarlas. Muchas especies nuevas pertenecen al clado Chlamydophilia y fueron clasificadas originalmente como cepas aberrantes de C. psittaci . Para complicar aún más la situación, este clado muestra signos de recombinación interespecífica. ^{[ 6 ]}

• En 2013 se añadió una décima especie, C. ibidis , conocida únicamente por ejemplares asilvestrados de ibis sagrado en Francia. ^{[ 24 ]}
• En 2014 se añadieron dos especies más (pero se validaron en 2015): C. avium , que infecta a palomas y loros, y C. gallinacea, que infecta a pollos, gallinas de Guinea y pavos. ^{[ 6 ]}
• Dos de las especies propuestas para Chlamydophila en 1999 ( C. abortus , C. felis ) se fusionaron formalmente en 2015. ^{[ 1 ]} C. caviae fue cubierta por la misma publicación, pero solo fue validada en 2024. ^{[ 25 ]}
• C. poikilotherma fue validada en 2022, como una corrección de la "Chlamydia poikilothermis" de 2019. ^{[ 1 ]}
• C. buteonis fue validado en 2023. ^{[ 1 ]}
• C. crocodili fue validado en 2023. ^{[ 1 ]}

Hay una especie de Chlamydophilia publicada inválidamente que no ha sido transferida de nuevo a Chlamydia hasta 2025: " Chlamydophila parapsittaci ", ^{[ 26 ]} representante de una etapa intermedia entre C. abortus y C. psittaci . ^{[ 27 ]} Véase Chlamydia psittaci §  Psittaci-abortus intermedio para una discusión al respecto.