Emma Hodcroft

El trabajo doctoral de Hodcroft estudió los factores filogenéticos que influyen en la carga viral del VIH , analizando las secuencias genéticas de 8500 muestras de VIH en el Reino Unido . Descubrió que las variaciones en las cepas B del VIH eran responsables de solo una pequeña fracción de las variaciones de la carga viral en los pacientes, mientras que las cepas C del VIH mostraron un mayor grado de influencia viral sobre la carga viral. ^{[ 19 ] [ 16 ]} Completó su primer puesto postdoctoral con la iniciativa PANGEA_HIV, continuando en el laboratorio de Leigh Brown . Hodcroft desarrolló un modelo estocástico basado en agentes para la simulación de epidemias de VIH en África subsahariana. ^{[ 20 ]}

Hodcroft es desarrolladora del proyecto Nextstrain , ^{[ 5 ]} un proyecto de ciencia abierta que rastrea las cadenas de transmisión del SARS-CoV-2 y otros patógenos. Su trabajo incluyó la ampliación de Nextstrain para analizar de manera eficiente los patógenos bacterianos, que tienen genomas significativamente más grandes que los virus.

La investigación de Hodcroft se centró entonces en el enterovirus D68 , el virus implicado en brotes de un trastorno similar a la poliomielitis llamado mielitis flácida aguda . El trabajo culminó con la publicación de un análisis filogenético de la evolución, la propagación geográfica y la distribución demográfica del patógeno. ^{[ 21 ] [ 22 ]}

Durante la pandemia de COVID-19 , el interés científico y público en la dinámica viral aumentó considerablemente. Hodcroft realizó importantes contribuciones al mantener el análisis continuo del brote en Nextstrain, iniciar un nuevo sitio para rastrear las variantes del SARS-CoV-2 y explicar la dinámica del brote al público. ^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]} Como científico que rastrea la propagación del virus en todo el mundo, Hodcroft ha publicado y ha sido citado sobre múltiples temas, incluyendo cómo se propagó la pandemia inicial de un país a otro, el potencial de estacionalidad y la prevalencia y propagación de variantes preocupantes. ^{[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}

Al comienzo de la pandemia, Hodcroft se sintió intrigada por cómo un viajero solitario de Singapur pudo haber desencadenado un brote de casos en el Reino Unido. Publicó una infografía en Twitter que mostraba la propagación desde el viajero de Singapur, pasando por otros huéspedes en un chalet de esquí en Suiza, hasta el brote en el Reino Unido. Un colega le sugirió que publicara el trabajo; publicó el artículo el 26 de febrero y se publicó al día siguiente en Swiss Medical Weekly . ^{[ 23 ]}

Durante los meses siguientes, el análisis filogenético y las plataformas de ciencia abierta como Nextstrain desempeñaron un papel clave en los esfuerzos por comprender la epidemia. ^{[ 24 ]} Este trabajo ayudó a comprender los patrones de transmisión, rastrear mutaciones clave y estimar la velocidad de propagación de la epidemia. ^{[ 14 ]} En octubre de 2020, Hodcroft y el equipo de Nextstrain publicaron un análisis que mostró que la cepa que impulsaba una ola emergente en el Reino Unido había surgido primero en España, lo que indicaba que los viajes de vacaciones hacia y desde España eran una fuente probable del brote. ^{[ 25 ]} Hodcroft ha publicado sobre la historia de las cepas competidoras de SARS-CoV-2 para comprender mejor la aparición de variantes preocupantes. ^{[ 26 ] [ 27 ]} Hodcroft ha escrito sobre la naturaleza ininterrumpida de la recopilación, el análisis, la verificación de errores y la anotación del flujo de datos genómicos de todo el mundo. ^{[ 8 ] [ 14 ]}

En marzo de 2021, Hodcroft fue el autor principal de un comentario en Nature sobre cómo la comunidad científica podría rastrear variantes de virus más rápidamente. ^{[ 28 ]} El artículo recomendaba formas de "resolver el cuello de botella de la bioinformática ", incluyendo mejorar las reglas e incentivos para el intercambio de datos , replantear los incentivos para académicos de mediana carrera y adaptarse a los desafíos del análisis de grandes volúmenes de datos, a menudo provenientes de laboratorios que no habían recopilado ni publicado datos en tales volúmenes anteriormente. Señalaba que gran parte del seguimiento genético del SARS-CoV-2 no había sido realizado por las autoridades de salud pública, sino por académicos de mediana carrera que dejaron de lado su investigación para ayudar en los esfuerzos contra la pandemia. El artículo instaba a la comunidad científica a replantearse los incentivos para estos investigadores, para que sus esfuerzos no perjudicaran sus carreras. Asimismo, el artículo instaba a la comunidad a encontrar formas de estandarizar el intercambio de datos y garantizar que los investigadores pudieran compartir datos antes de su publicación sin que sus propios hallazgos fueran anticipados.

En 2020, creó CoVariants.org, un proyecto que rastrea las variantes del SARS-CoV-2. ^{[ 7 ]}

Hodcroft también se ha destacado como divulgadora científica, tanto en redes sociales como en la prensa. Ha sido citada en artículos sobre la transmisión del virus, ^{[ 29 ]} sobre la refutación de la teoría de que el virus fue creado artificialmente, ^{[ 30 ]} y describiendo el papel de los viajes de vacaciones en la propagación del virus, ^{[ 31 ]} y el impacto de las variantes emergentes preocupantes. ^{[ 32 ]}