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Expasy

Logotipo Expasy 2020 Expasy es un recurso bioinformático en línea gestionado por el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) . Se trata de un portal extensible e integrador que p...

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Logotipo Expasy 2020

Expasy es un recurso bioinformático en línea gestionado por el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) . Se trata de un portal extensible e integrador que proporciona acceso a más de 160 bases de datos y herramientas de software, y que abarca diversas áreas de las ciencias de la vida y la investigación clínica, desde la genómica , la proteómica y la biología estructural , hasta la evolución y la filogenia , la biología de sistemas y la química médica . Los recursos individuales (bases de datos, herramientas de software web y descargables) están alojados de forma descentralizada por diferentes grupos del SIB y sus instituciones asociadas.

Motor de búsqueda

Las consultas de Expasy permiten:

  1. Búsquedas paralelas en bases de datos SIB a través de una única búsqueda
  2. Resultados de búsqueda agregados del conjunto completo de más de 160 recursos accesibles desde el portal. [ 1 ]

Expasy proporciona información actualizada de la versión más reciente de cada recurso.

Los términos utilizados en Expasy se basan en la ontología integral EDAM . [ 2 ]

Historia

Expasy se creó en agosto de 1993. Originalmente, se llamaba ExPASy ( Expert Protein Analysis System ) y funcionaba como un servidor de proteómica para analizar secuencias y estructuras de proteínas y electroforesis en gel bidimensional (electroforesis 2D Page). [ 3 ] Entre otros, ExPASy albergaba la base de datos de conocimiento de secuencias de proteínas, UniProtKB/Swiss-Prot , y su suplemento anotado por computadora, UniProtKB/TrEMBL. [ 4 ]

ExPASy fue el primer sitio web de ciencias de la vida y uno de los primeros 150 sitios web del mundo. A fecha de 5 de abril de 2007.  , ExPASy había sido consultado mil millones de veces desde su instalación el 1 de agosto de 1993. [ 5 ]

En junio de 2011, se convirtió en el Portal de Recursos Bioinformáticos SIB ExPASy: un catálogo diverso de recursos bioinformáticos desarrollado por los Grupos SIB. [ 6 ] La versión actual de Expasy se publicó en octubre de 2020. [ 7 ] [ 8 ]

Notas y referencias

  1. ↑ "Recursos SIB" . sib.swiss . Consultado el 27 de octubre de 2020 .
  2. ↑ Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H, et al. (mayo de 2013). " EDAM: una ontología de operaciones bioinformáticas, tipos de datos e identificadores, temas y formatos" . Bioinformatics . 29 (10): 1325–32 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt113 . PMC 3654706. PMID 23479348 .   
  3. ↑ Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (julio de 2003). "ExPASy: El servidor de proteómica para el conocimiento y análisis profundo de proteínas" . Nucleic Acids Research . 31 (13): 3784–8 . doi : 10.1093 / nar/gkg563 . PMC 168970. PMID 12824418 .  
  4. ↑ "UniProtKB/Swiss-Prot - SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Expasy" . www.expasy.org . Consultado el 15 de marzo de 2024 .
  5. ↑ ExPASy: Portal de recursos bioinformáticos de SIB
  6. ^ Artimo P, Jonnalgedda M, Arnold K, Baratin D, Csardi G, de Castro E, et al. (Julio de 2012). «ExPASy: portal de recursos bioinformáticos del SIB» . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (problema del servidor web): W597-603. doi : 10.1093/nar/gks400 . PMC 3394269 . PMID 22661580 .   
  7. ^ Duvaud, Séverine; Gabella, Chiara; Lisacek, Frédérique; Stockinger, Heinz; Ioannidis, Vassilios; Durinx, Christine (13 de abril de 2021). "Expasy, el portal suizo de recursos bioinformáticos, diseñado por sus usuarios" . Investigación de ácidos nucleicos . 49 (W1): W216– W227. doi : 10.1093/nar/gkab225 . ISSN 0305-1048 . PMC 8265094 . PMID 33849055 .   
  8. ↑ "Descubre el nuevo Expasy.org, el portal suizo de recursos bioinformáticos" . sib.swiss . Consultado el 26 de octubre de 2020 .
  • Sitio web oficial