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FAM163A

FAM163A , también conocida como cebelina y proteína secretora derivada del neuroblastoma (NDSP), es una proteína que en humanos está codificada por el gen FAM163A . [ 4 ] Esta p...

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FAM163A , también conocida como cebelina y proteína secretora derivada del neuroblastoma (NDSP), es una proteína que en humanos está codificada por el gen FAM163A . [ 4 ] Esta proteína ha sido implicada en la promoción de la proliferación y el crecimiento independiente del anclaje de las células cancerosas del neuroblastoma . [ 5 ] [ 6 ] Además, se ha encontrado que esta proteína está regulada positivamente en el tejido pulmonar de fumadores crónicos. [ 7 ] FAM163A se encuentra en el cromosoma humano 1q 25.2; su producto proteico es de 167 aminoácidos de longitud. FAM163A contiene una secuencia de péptido señal muy altamente conservada , codificada por los primeros ~37 aminoácidos en su secuencia; aunque solo se conserva en eucariotas, siendo el más distante de los cuales el pez arroz japonés .

Gene

Ubicación relativa de FAM163A en el cromosoma 1 humano

FAM163A tiene aproximadamente 2927 pares de bases de longitud y contiene cinco exones. Si bien no se han documentado dominios de función desconocida, la región codificante del gen es muy corta (~500 pares de bases), con una región 3' no traducida (UTR) excepcionalmente larga y aún no caracterizada . FAM163A se localiza en la cadena positiva del cromosoma 1, en el locus 126860, cerca de otros tres genes: TOR1AIP1 , TOR1AIP2 y TDRD5 . [ 8 ]

Análisis más detallado del entorno genético de FAM163A, producido por AceView [ 9 ].

ARNm

Se analizaron los niveles de ARNm en 45 muestras de tumores de neuroblastoma; en 43 de estas muestras se encontraron niveles elevados de NDSP, así como en cinco muestras de médula ósea . El NDSP se asocia con un mayor riesgo de desarrollar metástasis cancerosas en la médula ósea y en el tejido neural. [ 5 ] Las técnicas de inhibición de ARN aplicadas contra el NDSP disminuyeron la proliferación celular y la formación de colonias de células cancerosas. Además, se ha determinado que esta proteína actúa como factor de crecimiento a través de una vía mediada por ERK. [ 6 ]

Variantes de empalme

Se pueden utilizar varios programas para generar posibles variantes de empalme del ARNm de Fam163A . La base de datos Ensembl proporciona una posible variante de empalme, que codifica la proteína FAM163A. [ 10 ] Aceview del NCBI proporciona 23 posibles variantes de empalme, pero no hay evidencia experimental asociada a ellas. [ 11 ]

Proteína

La proteína humana tiene un peso molecular de 17,6 kilodaltons (kDa) y un punto isoeléctrico de 5,56. [ 12 ] Al compararlos entre ortólogos, estos valores se conservan bien. Por último, el programa ExPASy PSORTII predice una probabilidad del 39,1 % de que la proteína se localice en el núcleo; esta es la probabilidad más alta para cualquier localización. [ 13 ]

Homología

Los siguientes datos se generaron utilizando el programa NCBI BLAST. [ 14 ] Un motivo interesante en todas estas secuencias es la excepcional conservación de la secuencia del péptido señal; los estudios de Vasudevan, et al. incluyeron un análisis bioinformático que comparó una proteína paráloga (FAM163B) en humanos y el ortólogo FAM163A en ratones. [ 5 ] Sus resultados se alinearon con el análisis de los ortólogos presentados a continuación; si bien existen muchos más ortólogos para FAM163A en especies no listadas, el pez arroz japonés es la última especie ortóloga que comparte la secuencia del péptido señal, con el siguiente resultado más cercano que tiene un porcentaje de identidad de menos del 30 % y ningún dominio putativo de conservación.

Parálogos

FAM163A tiene un único parálogo : FAM163B, ubicado en el cromosoma 9q34.2. La comparación entre ambas proteínas revela que la secuencia del péptido señal es idéntica; utilizando el programa CLUSTALW a través de Biology Workbench de SDSC, fue posible visualizar la identidad de las secuencias. [ 15 ]

Distribución tisular

FAM163A se expresa de forma ubicua a niveles muy bajos en la mayoría de los tejidos del cuerpo; su expresión es mayor en jóvenes y, como se ha observado anteriormente, en los pulmones de fumadores crónicos y en las células de neuroblastoma. [ 16 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000015484 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  3. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  4. ↑ "Gen FAM163a" . GeneCards . Instituto Weizmann de Ciencias . Consultado el 16 de mayo de 2014 .
  5. 1 2 3 Vasudevan SA, Shang X, Shang X, Chang S, Ge N, Diaz-Miron JL, Russell HV, Hicks MJ, Ludwig AD, Wesson CL, Burlingame SM, Kim ES, Khan J, Yang J, Nuchtern JG (2009). " La proteína secretora derivada del neuroblastoma es un nuevo factor secretado sobreexpresado en el neuroblastoma" . Mol. Cancer Ther . 8 (8): 2478– 89. doi : 10.1158/1535-7163.MCT-08-1132 . PMC 3618953. PMID 19671756 .  
  6. 1 2 Vasudevan SA, Russell HV, Okcu MF, Burlingame SM, Liu ZJ, Yang J, Nuchtern JG (2007). "Los niveles de ARN mensajero de la proteína secretora derivada del neuroblastoma se correlacionan con el neuroblastoma de alto riesgo". J. Pediatr. Surg . 42 (1): 148– 52. doi : 10.1016/j.jpedsurg.2006.09.064 . PMID 17208556 . 
  7. ↑ Consorcio de Tabaco y Genética (2010). " Los metaanálisis a nivel genómico identifican múltiples loci asociados con el comportamiento de fumar" . Nat. Genet . 42 (5): 441–7 . doi : 10.1038/ng.571 . PMC 2914600. PMID 20418890 .  
  8. ↑ "NCBI Gene" . Consultado el 16 de mayo de 2014 .
  9. ↑ "NCBI AceView" . NCBI .
  10. ↑ "Gen: FAM163A" . Navegador del genoma Ensembl . Wellcome Trust Genome Campus . Consultado el 17 de mayo de 2014 .
  11. ↑ "AceView: FAM163A" . AceView del NCBI .
  12. ↑ "ExPASy: pI/Mw" . ExPASy . CBS.
  13. ↑ "ExPASy: PSORTII" . ExPASy . CBS.
  14. ↑ "NCBI BLAST" . NCBI . Consultado el 17 de mayo de 2014 .
  15. ↑ "CLUSTALW" . Banco de trabajo de biología SDSC . Universidad de California, San Diego . Consultado el 17 de mayo de 2014 .
  16. ↑ Barrett T, Troup DB, Wilhite SE, Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M, Edgar R (enero de 2007). "NCBI GEO: minería de decenas de millones de perfiles de expresión: actualización de la base de datos y las herramientas" . Nucleic Acids Res . 35 (número especial sobre bases de datos): D760–5. doi : 10.1093/nar/gkl887 . PMC 1669752. PMID 17099226 .  

Lecturas adicionales

  • Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: un método simple para reemplazar la estructura de la caperuza de los ARNm eucariotas con oligorribonucleótidos". Gene . 138 ( 1–2 ): 171–4 . doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 . 
  • Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "Clonación de ADN mediante recombinación sitio-específica in vitro" . Genome Res . 10 (11): 1788– 95. doi : 10.1101/gr.143000 . PMC 310948. PMID 11076863 .  
  • Lehner B, Sanderson CM (2004). " Un marco de interacción de proteínas para la degradación del ARNm humano" . Genome Res . 14 (7): 1315–23 . doi : 10.1101/gr.2122004 . PMC 442147. PMID 15231747 .  
  • Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et  al. (2006). "La base de datos LIFEdb en 2006" . Nucleic Acids Res . 34 (Número especial sobre bases de datos): D415–8. doi : 10.1093/nar/ gkj139 . PMC 1347501. PMID 16381901 .