Fiyi (software)

Fiji ^{[ 4 ] [ 5 ]} es un paquete de procesamiento de imágenes de código abierto basado en ImageJ2 .

El objetivo principal de Fiji es proporcionar una distribución de ImageJ2 con numerosos complementos integrados . Fiji cuenta con un sistema de actualización integrado y busca ofrecer a los usuarios una estructura de menú coherente, documentación exhaustiva con descripciones detalladas de algoritmos y tutoriales, y la posibilidad de evitar la necesidad de instalar múltiples componentes de diferentes fuentes.

Fiji también está dirigido a desarrolladores, mediante el uso de un sistema de control de versiones , un sistema de seguimiento de incidencias, canales de desarrollo dedicados y una infraestructura de creación rápida de prototipos en forma de editor de scripts que admite BeanShell , Jython , JRuby , Clojure , Groovy , JavaScript y otros lenguajes de scripting, así como el desarrollo Java justo a tiempo .

Existen muchos complementos para ImageJ, que tienen una amplia gama de aplicaciones, pero también una amplia gama de calidad. ^{[ 6 ]}

Además, algunos complementos requieren versiones específicas de ImageJ, versiones específicas de bibliotecas de terceros o componentes Java adicionales, como el compilador de Java o Java 3D .

Uno de los principales objetivos de Fiji es facilitar al máximo la instalación de ImageJ, Java, Java 3D, los complementos y otros componentes útiles. Como consecuencia, Fiji cuenta con un número cada vez mayor de usuarios activos. ^{[ 7 ]}

Aunque Fiji fue concebido originalmente para neurocientíficos (y sigue siéndolo ^{[ 8 ]} ), acumuló suficiente funcionalidad para atraer a científicos de diversos campos, como biología celular, ^{[ 9 ]} parasitología, ^{[ 10 ]} genética, ciencias de la vida en general, ciencia de los materiales, etc. Como se indica en el sitio web oficial, el enfoque principal son las "ciencias de la vida", aunque Fiji proporciona muchas herramientas que ayudan con el análisis de imágenes científicas en general. ^{[ 11 ]}

Fiji es muy popular en la comunidad de ciencias de la vida , donde el visor 3D ^{[ 12 ]} ayuda a visualizar datos obtenidos a través de microscopía óptica , y para lo cual Fiji proporciona registro , ^{[ 13 ]} segmentación y otros algoritmos avanzados de procesamiento de imágenes.

El componente Fiji TrakEM2 se utilizó y mejoró con éxito para analizar los linajes neuronales en cerebros de larvas de Drosophila . ^{[ 14 ]}

Fiji fue destacada en un suplemento de revisión de Nature Methods sobre visualización. ^{[ 15 ]}

El espaciado de las franjas de la red de puntos cuánticos de CdSe se analizó utilizando Fiji. ^{[ 16 ]}

Fiji es completamente de código abierto . Su código fuente se encuentra en un repositorio Git público .

Fiji fue aceptada como organización en el programa Google Summer of Code 2009 y completó dos proyectos.

El entorno de scripting, compatible con JavaScript , Jython , JRuby , Clojure , BeanShell y otros lenguajes, es fundamental para el desarrollo de Fiji. Muchos desarrolladores crean prototipos de sus complementos en alguno de estos lenguajes y, gradualmente, los convierten en código Java . Para ello, como parte de los proyectos de Google Summer of Code, se añadió un editor de scripts con resaltado de sintaxis y ejecución de código en contexto.

El marco de trabajo para la creación de scripts está incluido en las versiones de Fiji, de modo que los usuarios avanzados puedan utilizar dichos scripts en su flujo de trabajo habitual.

El desarrollo se beneficia de hackatones ocasionales , donde científicos de la vida con formación en computación se reúnen y mejoran sus respectivos complementos de interés.

El editor de scripts de Fiji admite la creación rápida de prototipos de scripts y complementos de ImageJ, lo que convierte a Fiji en una herramienta poderosa para desarrollar nuevos algoritmos de procesamiento de imágenes y explorar nuevas técnicas de procesamiento de imágenes con ImageJ. ^{[ 17 ] [ 18 ]}

Fiji funciona en Windows, Linux y Mac OS X, tanto en procesadores Intel de 32 como de 64 bits, con soporte limitado para MacOSX/PPC.

• Sitio web oficial
• Fiyi en GitHub
• ImageJ2 , la versión de ImageJ sobre la que se basa Fiji.
• Tutorial de Fiji para científicos, Easy Fiji ( https://www.youtube.com/@easyfiji4858/featured ) - Tutoriales en vídeo para científicos sobre el uso de la macro Fiji.