FC Bakú

Dirigido por Shamil Heydarov, el Dinamo terminó segundo y entró en la Copa de la UEFA 1998-99 , pero fue eliminado por Argeş Piteşti 1-7 en el global en la ronda preliminar. En la temporada 1997-98 , el Dinamo nombró a Ruslan Abdullayev como su nuevo entrenador. Bajo la dirección de Abdullayev, el equipo pasó bien la primera parte del torneo, aunque el tercer lugar y 52 puntos no fueron suficientes para medallas o copas europeas, y el Dinamo terminó la temporada en sexto lugar. ^{[ 1 ]} Las dos temporadas siguientes, el Dinamo también terminó sexto, pero desde 2000, el equipo fue dirigido por el hijo de Ruslan Abdullayev, Elkhan Abdullayev, y fue renombrado como Dinamo Bakılı. En la temporada 2001-02 , tras un desempeño desastroso, el Dinamo Bakılı descendió a la Primera División de Azerbaiyán , pero debido a un conflicto entre los clubes y la AFFA , el siguiente campeonato se celebró dos años después, en el que el equipo participó con el nombre de Dinamo por última vez en su historia. ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}

En 2004, el club pasó a llamarse FC Baku , tras los cambios introducidos por el nuevo presidente. La nueva directiva comenzó con cambios radicales. Elkhan Abdullayev fue sustituido por Asgar Abdullayev inmediatamente después de la segunda semana de la temporada. El FC Baku consiguió importantes victorias sobre sus rivales y se mantuvo en la primera posición hasta febrero de 2005. Al final de la temporada, Asgar Abdullayev se centró en la Copa de Azerbaiyán , donde su equipo llegó a la final. En la temporada 2004-05 , el Baku logró terminar en quinto lugar. ^{[ 6 ]}

El regreso del equipo a la competición europea resultó infructuoso. En el primer partido de clasificación para la Copa de la UEFA 2004-05 , Bakú perdió ante el equipo eslovaco MŠK Žilina por un global de 2-3, aunque ganó el partido de ida por 1-0 en Bakú . ^{[ 7 ] [ 8 ]}

En 2008, el Baku nombró a Gjoko Hadžievski como su entrenador, y tras una mala primera temporada, el club celebró su segundo título. Bajo su dirección, el FC Baku se convirtió en el primer equipo azerbaiyano en clasificarse para la tercera ronda previa de la Liga de Campeones de la UEFA . El equipo venció al FK Ekranas en la segunda ronda previa tras un empate 2-2 en Lituania y una victoria 4-2 en el Estadio Tofik Bakhramov en el partido de vuelta. ^{[ 9 ]} Perdieron contra el Levski Sofia en la siguiente ronda por un global de 2-0, con el Baku empatando 0-0 en el partido de ida en casa. ^{[ 10 ]}

En 2010, el club fue sancionado con dos partidos de suspensión por la UEFA por alinear a Joël Epalle en el partido de ida de la segunda ronda de clasificación de la Europa League contra el FK Budućnost , quien no era elegible para jugar en ese momento. ^{[ 11 ] [ 12 ]} El Bakú ganó el partido de ida 2-1, pero la UEFA otorgó al Budućnost una victoria de 3-0 debido a que el Bakú alineó a un jugador suspendido. Aunque el Bakú ganó el partido de vuelta 2-1, perdió 4-2 en el global debido a la victoria otorgada.

Tras el éxito de 2008, se produjo un largo periodo de declive que se extendió hasta finales de la década. A pesar de la contratación de figuras destacadas como Bülent Korkmaz , Winfried Schäfer , Aleksandrs Starkovs , Božidar Bandović y Milinko Pantić , el club no logró ningún éxito y despilfarró grandes sumas de dinero en fichajes fallidos. ^{[ 13 ]}

En 2014, las dificultades financieras del propietario del club, Hafiz Mammadov, obligaron a varios jugadores y personal a buscar nuevos clubes, dejando el futuro del club en la incertidumbre. ^{[ 14 ] [ 15 ]} El club descendió de la Premier League en la temporada 2014-15 y jugó en la Primera División de Azerbaiyán en la temporada 2015-16. El club dejó de existir como club profesional al año siguiente.